Theo Nghị định 31/2021/NĐ-CP , cơ quan lập hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư là Cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Ủy ban nhân dân cấp huyện. Tuy nhiên theo Nghị định số 25/2020/NĐ-CP thì ngoài cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh và UBND cấp huyện còn có cơ quan trực thuộc UBND cấp tỉnh như Ban quản lý Khu vực phát triển đô thị, một số đơn vị sự nghiệp công lập thuộc UBND tỉnh có chức năng và được UBND tỉnh giao nhiệm vụ lập đề xuất dự án. Như vậy, chưa có sự thống nhất về cơ quan nhà nước có thẩm quyền lập đề xuất dự án giữa Nghị định số 25/2020/NĐ-CP và Nghị định số 31/2021/NĐ-CP.