Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức theo Thông tư 90 có gì mới so với Thông tư 86? Cụ thể ra sao?

Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức theo Thông tư 90 có gì mới so với Thông tư 86? Cụ thể ra sao?

Điểm mới về thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức theo Thông tư 90 so với Thông tư 86 được quy định tại tiểu mục 4.3 Mục 4 Phụ lục Công văn 4862/CT-CS năm 2026 giới thiệu điểm mới và thực hiện Thông tư 90/2026/TT-BTC do Cục Thuế ban hành như sau:

- Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, trong đó quy định cụ thể trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với hoạt động dầu khí, đồng thời bổ sung các trường hợp sau:

(i) Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán (điểm g khoản 2 Điều 13);

(ii) Nhà cung cấp nước ngoài khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (điểm h khoản 2 Điều 13).

- Bổ sung nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 (khoản 3 Điều 13).

- Bỏ quy định doanh nghiệp, hợp tác xã trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động do bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất tại cơ quan đăng ký kinh doanh phải nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 5 Điều 13), đồng thời sửa đổi quy định về trình tự xử lý đối với trường hợp chấm dứt tồn tại của doanh nghiệp, hợp tác xã bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất (tại điểm c khoản 3 Điều 15) để phù hợp với Nghị định số 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.

- Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã đã được cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế để nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh (mẫu số 28/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư), nhưng quá 180 ngày kể từ ngày cơ quan thuế nhận được giao dịch trao đổi thông tin về quyết định giải thể mà cơ quan thuế chưa nhận được giao dịch giải thể, chấm dứt hoạt động từ cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan thuế ban hành văn bản gửi cơ quan đăng ký kinh doanh đề nghị cập nhật tình trạng pháp lý của doanh nghiệp, hợp tác xã sang “đã giải thể” theo quy định của pháp luật về đăng ký kinh doanh làm cơ sở để cơ quan thuế thực hiện việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế của người nộp thuế trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế theo quy định (điểm e khoản 3 Điều 15).

- Bổ sung quy định đối với cơ quan, tổ chức đã chấm dứt tồn tại do sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước nhưng không thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì cơ quan thuế cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên cơ sở quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sắp xếp tổ chức bộ máy và cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động và đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” nếu người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ thuế (khoản 9 Điều 15).

- Sửa đổi quy định về trình tự xử lý của cơ quan thuế trong trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (điểm c khoản 5 Điều 16) như sau:

+ Trong thời hạn 01 (một) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế quản lý trực tiếp tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế thực hiện chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế và các đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế về trạng thái 06 lý do 03 “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.

+ Cơ quan thuế lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn tính đến thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định, không bắt buộc cơ quan thuế xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký trong trường hợp này.

Trước đây: Theo quy định tại Thông tư 86/2024/TT-BTC thì người nộp thuế phải nộp các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hóa đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn thì cơ quan thuế mới chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế sang trạng thái 06 lý do 03.

Thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức theo Thông tư 90 có gì mới so với Thông tư 86? Cụ thể ra sao? (Hình từ Internet)

>>> Các quy định mới về CHẤM DỨT HIỆU LỰC MÃ SỐ THUẾ từ 01/7/2026 cần biết theo Thông tư 90/2026/TT-BTC?

>>> Hướng dẫn ghi tên, địa chỉ, mã số thuế người mua trên hóa đơn điện tử từ 01/7/2026 theo Nghị định 254? Cụ thể?

Người nộp thuế nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đến cơ quan nào?

Theo khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định như sau:

Thời hạn đăng ký thuế

...

2. Người nộp thuế thuộc đối tượng đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông quy định tại khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế thì thời hạn đăng ký thuế là thời hạn đăng ký doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, tổ hợp tác, hộ kinh doanh, đăng ký đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh của doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã theo quy định của pháp luật. Trường hợp giải thể hoặc chấm dứt hoạt động, người nộp thuế thực hiện đăng ký giải thể hoặc chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh sau khi hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định của pháp luật.

3. Người nộp thuế thuộc đối tượng đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế quy định tại khoản 3 Điều 10 Luật Quản lý thuế thì thời hạn đăng ký thuế như sau:

...

h) Thời hạn nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế:

Người nộp thuế nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày có văn bản chấm dứt hoạt động hoặc chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc ngày kết thúc hợp đồng.

Theo đó, người nộp thuế nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đến cơ quan đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày có văn bản chấm dứt hoạt động hoặc chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc ngày kết thúc hợp đồng.

Chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế trong trường hợp nào?

Chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế trong trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC như sau:

- Chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc giải thể, phá sản; không còn phát sinh nghĩa vụ thuế đối với tổ chức không kinh doanh;

- Bị thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc giấy phép tương đương;

- Bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất; đơn vị phụ thuộc chuyển thành đơn vị độc lập hoặc ngược lại, hoặc chuyển từ đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản này sang thành đơn vị phụ thuộc của một đơn vị chủ quản khác;

- Bị cơ quan thuế ra thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau khi xác minh thực tế người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký trụ sở chính hoặc chi nhánh hoặc văn phòng đại diện;

- Nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài khi kết thúc hợp đồng;

- Người điều hành, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mỏ dầu khí tại vùng chồng lấn, nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, công ty mẹ - Tập đoàn Công nghiệp - Năng lượng Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ các hợp đồng dầu khí khi kết thúc hợp đồng; nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí khi chuyển nhượng toàn bộ quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí.

- Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác thuộc đối tượng khấu trừ, nộp thay thuế đã khấu trừ quy định tại điểm h.3 khoản 2 Điều 4 Thông tư này khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán;

- Nhà cung cấp nước ngoài theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 4 Thông tư này khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam.