Quy trình xử lý hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và trả kết quả theo Thông tư 90 cụ thể ra sao?

Quy trình xử lý hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và trả kết quả theo Thông tư 90 cụ thể ra sao?

Theo Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC thì quy trình xử lý hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và trả kết quả được thực hiện như sau:

(1) Người nộp thuế thay đổi các thông tin đăng ký thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC

- Trường hợp thay đổi thông tin không có trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế

Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế;

- Trường hợp thay đổi thông tin trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế

Trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế; đồng thời, ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế bản điện tử đã cập nhật thông tin thay đổi gửi cho người nộp thuế.

(2) Người nộp thuế thay đổi thông tin đăng ký thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC

- Tại cơ quan thuế nơi chuyển đi

+ Trường hợp người nộp thuế thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm

Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 42/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, trong đó dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra.

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) hoặc kết luận kiểm tra, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến.

Việc xác định người nộp thuế rủi ro cao thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 và quy định về áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế;

+ Trường hợp người nộp thuế không thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi chuyển địa điểm

Trong thời hạn 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC gửi cho người nộp thuế và cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến;

+ Người nộp thuế chuyển địa điểm hoạt động kinh doanh tại trụ sở chính, nếu tiếp tục có hoạt động kinh doanh khác địa bàn cấp tỉnh với địa bàn nơi đóng trụ sở chính và có nghĩa vụ khai thuế, nộp thuế với cơ quan thuế quản lý trên địa bàn cấp tỉnh đó theo quy định của pháp luật quản lý thuế (cơ quan thuế quản lý khoản thu) thì không phải tổng hợp nghĩa vụ thuế phát sinh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu trên thông báo mẫu số 09-MST quy định tại điểm này;

- Tại cơ quan thuế nơi chuyển đến

Trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế, ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế bản điện tử đã cập nhật thông tin thay đổi gửi cho người nộp thuế.

(3) Xử lý đối với người nộp thuế đã hoàn thành chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi chuyển đi nhưng không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở tại cơ quan đăng ký kinh doanh (đối với người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông) hoặc tại cơ quan thuế nơi chuyển đến (đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế)

- Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, nếu người nộp thuế không thực hiện chuyển địa điểm thì phải có văn bản đăng ký hủy chuyển địa điểm mẫu số 31/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC gửi cơ quan thuế nơi chuyển đi. Cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc xác nhận người nộp thuế hủy chuyển địa điểm mẫu số 36/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, gửi người nộp thuế trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của người nộp thuế;

- Kết thúc thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, nếu người nộp thuế không nộp hồ sơ cho cơ quan đăng ký kinh doanh, hoặc đã nộp hồ sơ cho cơ quan đăng ký kinh doanh nhưng hồ sơ không được chấp thuận, hoặc không nộp hồ sơ cho cơ quan thuế nơi chuyển đến và người nộp thuế không có văn bản đề nghị hủy chuyển địa điểm theo quy định tại điểm a khoản này gửi cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế nơi chuyển đến ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Thông tư về quản lý thuế gửi người nộp thuế, đồng thời gửi thông báo qua địa chỉ thư điện tử, số điện thoại của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế theo thông tin người nộp thuế đã đăng ký;

- Kết thúc thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đến ban hành Thông báo theo quy định tại điểm b khoản này gửi người nộp thuế mà người nộp thuế không nộp Văn bản đăng ký hủy chuyển địa điểm mẫu số 31/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC hoặc không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở, không giải trình hoặc giải trình nhưng không được cơ quan thuế chấp thuận, cơ quan thuế nơi chuyển đến thực hiện xác minh thực tế hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký chuyển đến.

+ Trường hợp kết quả xác minh người nộp thuế có hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký chuyển đến, cơ quan thuế nơi chuyển đến yêu cầu người nộp thuế phải ký xác nhận vào biên bản xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký mẫu số 15/BB-XMHĐ ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, đồng thời yêu cầu người nộp thuế nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở với cơ quan đăng ký kinh doanh hoặc cơ quan thuế nơi chuyển đến theo quy định;

+ Trường hợp kết quả xác minh người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký chuyển đến, cơ quan thuế nơi chuyển đến phối hợp với chính quyền địa phương (Ủy ban nhân dân cấp xã hoặc cơ quan công an quản lý địa bàn) lập biên bản xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký mẫu số 15/BB-XMHĐ ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, gửi biên bản xác minh cho cơ quan thuế nơi chuyển đi ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất vào đầu giờ ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày ký biên bản. Cơ quan thuế nơi chuyển đi căn cứ biên bản xác minh của cơ quan thuế nơi chuyển đến thực hiện ban hành Thông báo về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký mẫu số 16/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, cập nhật trạng thái mã số thuế và công khai thông tin theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 16 Thông tư 90/2026/TT-BTC.

*Trên đây là thông tin về "Quy trình xử lý hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và trả kết quả theo Thông tư 90 cụ thể ra sao?"

Quy trình xử lý hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế và trả kết quả theo Thông tư 90 cụ thể ra sao? (Hình từ internet)

Địa điểm nộp và hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế được quy định ra sao?

Căn cứ Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về địa điểm nộp và hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế như sau:

(1) Thay đổi thông tin đăng ký thuế nhưng không làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp

- Người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông khi có thay đổi thông tin đăng ký thuế thì thực hiện thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cùng với việc thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh;

- Người nộp thuế quy định tại điểm a, b, c, d, đ, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp như sau:

+ Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế theo quy định tại điểm a, b, c, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, gồm:

++ Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;

++ Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, hoặc giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc, hoặc quyết định thành lập, hoặc giấy phép tương đương do cơ quan có thẩm quyền cấp nếu thông tin trên các giấy tờ này có thay đổi;

+ Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;

+ Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của nhà cung cấp nước ngoài quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC là Tờ khai điều chỉnh thông tin đăng ký thuế dành cho nhà cung cấp nước ngoài theo mẫu số 01-1/NCCNN ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Người nộp thuế thực hiện nộp hồ sơ thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế;

- Người nộp thuế là nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí quy định tại điểm i khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC khi chuyển nhượng phần vốn góp trong tổ chức kinh tế hoặc chuyển nhượng một phần quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí, nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế tại Thuế tỉnh, thành phố nơi người điều hành của hợp đồng dầu khí có hoạt động chuyển nhượng đặt trụ sở; trường hợp người điều hành được phân công cho Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý thì nộp hồ sơ tại Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn.

Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC.

(2) Thay đổi thông tin đăng ký thuế làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp (trừ trường hợp thay đổi thông tin địa chỉ trụ sở do thay đổi địa giới hành chính nhà nước theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc cơ quan thuế phân công lại cơ quan thuế quản lý trực tiếp)

*Người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông khi có thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp:

- Người nộp thuế nộp hồ sơ thay đổi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp (cơ quan thuế nơi chuyển đi) để thực hiện thủ tục chuyển cơ quan thuế quản lý theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC trước khi đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở đến cơ quan đăng ký kinh doanh.

Hồ sơ nộp đến cơ quan thuế nơi chuyển đi là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;

- Sau khi nhận được Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC của cơ quan thuế nơi chuyển đi, người nộp thuế thực hiện đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở với cơ quan đăng ký kinh doanh theo quy định của pháp luật về đăng ký kinh doanh.

*Người nộp thuế thuộc diện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quy định tại điểm a, b, c, d, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC khi có thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện như sau:

- Tại cơ quan thuế nơi chuyển đi

Người nộp thuế nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp (cơ quan thuế nơi chuyển đi). Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cụ thể như sau:

- Đối với người nộp thuế theo quy định tại điểm a, b, c, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hồ sơ gồm:

+ Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;

+ Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, hoặc văn bản tương đương do cơ quan có thẩm quyền cấp trong trường hợp địa chỉ trên các giấy tờ này có thay đổi;

- Đối với người nộp thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hồ sơ là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;

*Tại cơ quan thuế nơi chuyển đến

- Người nộp thuế nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế đến cơ quan thuế nơi chuyển đến trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC. Cụ thể:

+ Người nộp thuế theo quy định tại điểm a, b, d, g, i khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC (trừ tổ hợp tác) nộp hồ sơ tại Thuế tỉnh, thành phố nơi đặt trụ sở mới;

++ Người nộp thuế là tổ hợp tác theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC nộp hồ sơ tại Thuế cơ sở nơi đặt trụ sở mới;

++ Người nộp thuế theo quy định tại điểm c, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC nộp hồ sơ tại Thuế tỉnh, thành phố nơi tổ chức đóng trụ sở đối với tổ chức do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập (trừ đơn vị theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã); tại Thuế cơ sở nơi tổ chức đóng trụ sở đối với tổ chức không do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập, đơn vị theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã do cơ quan trung ương và cơ quan cấp tỉnh ra quyết định thành lập;

- Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế là văn bản đăng ký chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi người nộp thuế chuyển đến mẫu số 30/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC.

Nội dung quản lý thuế hiện nay bao gồm những gì?

Căn cứ theo Điều 5 Luật Quản lý thuế 2025 thì nội dung quản lý thuế hiện nay bao gồm:

(1) Cơ quan thuế thực hiện quản lý thuế theo phân nhóm người nộp thuế.

(2) Các nội dung quản lý thuế bao gồm:

- Đăng ký thuế; khai thuế, tính thuế, khấu trừ thuế; nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; ấn định thuế; hoàn thuế; xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; miễn thuế; giảm thuế; không chịu thuế; không thu thuế; khoanh tiền thuế nợ; xóa tiền thuế nợ; miễn tiền chậm nộp; miễn tiền phạt; tính tiền chậm nộp, không tính tiền chậm nộp; gia hạn nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; gia hạn nộp hồ sơ khai thuế; nộp dần tiền thuế nợ; cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế;

- Tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế; quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ;

- Quản lý thông tin người nộp thuế;

- Quản lý hóa đơn, chứng từ;

- Kiểm tra thuế; thực hiện biện pháp phòng, chống, ngăn chặn vi phạm pháp luật về thuế; xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế; giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;

- Hợp tác quốc tế về thuế; quản lý thuế theo các điều ước quốc tế về thuế, thỏa thuận quốc tế về thuế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc là bên ký kết, cam kết quốc tế về thuế.

(3) Cơ quan thuế áp dụng các nội dung quản lý thuế quy định tại khoản 2 Điều 5 Luật Quản lý thuế 2025 để quản lý khoản thu khác theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025 và các quy định khác của pháp luật có liên quan.