Hướng dẫn hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan từ ngày 01/7/2026?

Hướng dẫn hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan từ ngày 01/7/2026?

Hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan từ ngày 01/7/2026 được quy định tại Điều 28 Thông tư 86/2026/TT-BTC, cụ thể như sau:

Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định tại Luật Hải quan 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Tùy từng trường hợp, người nộp thuế nộp thêm một trong các chứng từ sau:

- Hợp đồng ủy thác trong trường hợp ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa;

- Hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;

- Hợp đồng cung cấp hàng hóa cho tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động dầu khí trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu trong trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa cho hoạt động dầu khí;

- Hợp đồng cho thuê tài chính trong trường hợp Công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa cung cấp cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế, trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;

- Chứng từ chuyển nhượng hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế đối với trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác, trong đó ghi rõ giá chuyển nhượng hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;

- Danh mục miễn thuế đã được cơ quan hải quan tiếp nhận đối với trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế bằng giấy kèm Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cơ quan hải quan tiếp nhận.

Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, người nộp thuế không phải nộp Danh mục miễn thuế, cơ quan hải quan sử dụng Danh mục miễn thuế trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện miễn thuế theo quy định.

- Quyết định miễn thuế của Thủ tướng Chính phủ đối với trường hợp quy định tại các điểm a, điểm b và điểm đ khoản 1 Điều 28 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP;

- Người nộp thuế tự kê khai và chịu trách nhiệm đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế là phương tiện vận tải chuyên dùng quy định tại điểm b khoản 11, điểm a khoản 15 và điểm a khoản 16 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

>> Hạch toán thuế xuất khẩu theo Thông tư 99/2025/TT-BTC? Thuế xuất khẩu hạch toán vào tài khoản nào?

>> Cập nhật Nghị định hướng dẫn Luật thuế xuất nhập khẩu mới nhất? Nghị định hướng dẫn Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016?

Hướng dẫn hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan từ ngày 01/7/2026? (Hình từ Internet)

Thu hồi tiền miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu trong trường hợp nào theo Thông tư 86?

Căn cứ theo khoản 10 Điều 28 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định như sau:

Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan

...

10. Thu hồi tiền miễn thuế

Cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đã thu hồi số tiền thuế đã miễn trong các trường hợp sau:

a) Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người nộp thuế thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhưng không tự giác kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan;

b) Trường hợp theo kiến nghị của cơ quan thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, cơ quan chức năng khác.

Như vậy, Cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đã thu hồi số tiền thuế đã miễn trong 02 trường hợp sau:

(1) Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người nộp thuế thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhưng không tự giác kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan;

(2) Trường hợp theo kiến nghị của cơ quan thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, cơ quan chức năng khác.

Thông báo việc sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu theo Thông tư 86/2026/TT-BTC?

Căn cứ theo khoản 1 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về Thông báo việc sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu cụ thể như sau:

(1) Đối tượng thông báo

Chủ dự án có trách nhiệm thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 10 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc theo Mẫu số 33 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế đối với các trường hợp phải thông báo Danh mục miễn thuế với cơ quan hải quan.

(2) Thời điểm và thời hạn thông báo

- Định kỳ hàng năm, trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế trong năm tài chính cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế cho đến khi nhập khẩu hết hàng hóa theo Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan hải quan hoặc Danh mục miễn thuế đã hết hiệu lực;

- Định kỳ 03 năm kể từ năm kết thúc nhập khẩu hàng hóa theo Danh mục miễn thuế hoặc năm hết hiệu lực của Danh mục miễn thuế, tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính cho đến khi dự án chấm dứt hoạt động hoặc toàn bộ hàng hóa miễn thuế đã tái xuất khẩu ra khỏi Việt Nam, thay đổi mục đích được miễn thuế, chuyển tiêu thụ nội địa, tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật. Trường hợp có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan hải quan yêu cầu tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế;

- Trường hợp tổ chức, cá nhân có phát sinh thay đổi mục đích được miễn thuế, chuyển tiêu thụ nội địa thì người nộp thuế thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới theo quy định tại Điều 25 Nghị định 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 12 Điều 1 Nghị định 167/2025/NĐ-CP;

- Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư cho tổ chức, cá nhân khác theo quy định tại điểm d khoản 9 Điều 28 Thông tư 86/2026/TT-BTC, tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng có trách nhiệm thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại điểm b.1, b.2 và b.3 khoản 1 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC;

- Đối với các trường hợp miễn thuế nhập khẩu quy định tại Điều 15, Điều 23 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế phải được thực hiện hàng năm trong thời hạn 05 năm kể từ ngày dự án chính thức hoạt động.

+ Đối với các trường hợp miễn thuế nhập khẩu quy định tại điểm c khoản 21 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 3 Điều 5 Luật sửa đổi Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công 2025 và khoản 6 Điều 25 Luật Công nghệ cao 2025, việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế phải được thực hiện hàng năm trong thời hạn 05 năm kể từ khi bắt đầu nghiên cứu, sản xuất.

+ Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày kết thúc thời hạn 05 năm, chủ dự án thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới và kê khai, nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu đã miễn thuế chưa sử dụng hết trong thời hạn 05 năm.

Lưu ý:

Trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo quy định tại điểm b khoản 21 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật sửa đổi Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công 2025, điểm a khoản 11, điểm b khoản 15, điểm a khoản 16 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, chủ dự án thực hiện theo khoản 2 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC;

Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền phải nhập khẩu làm nhiều chuyến, không trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, ngoài quy định tại khoản 1 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC, chủ dự án thực hiện theo khoản 3 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC.