Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC như thế nào?

Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC như thế nào?

Ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chỉ tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

Căn cứ tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC có nội dung:

Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế

Người nộp thuế thực hiện khai bồ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chỉ tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế và các quy định sau:

(1) Trường hợp người nộp thuế chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế; trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì chỉ khai bồ sung hồ sơ khai quyết toán thuế, trừ trường hợp quy định tại (2).

(2) Trường hợp khai bổ sung hồ sơợ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của quý có sai, sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế.

(3) Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng:

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trù của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì thực hiện như sau:

+ Trường hợp người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khẩu trừ điều chinh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khẩu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 47 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì người nộp thuế gửi văn bàn đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế và kê khai giàm chỉ tiêu để nghị hoàn trên hồ sơ khai bố sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót.

Số tiền thuế giá trị giá tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước thì người nộp thuể khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn, tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót và nộp số tiền thuế thu hồi hoàn vào ngân sách nhà nước và tiền chậm nộp theo quy định.

Số tiền thuế giá trị gia tăng đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chinh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(3) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau đồng thời làm tăng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nộp số thuế giá trị gia tăng phải nộp tăng thêm và số tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Số tiền thuế giá trị giá tăng chưa khấu trừ hết chuyền kỳ sau điều chinh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(4) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp đồng thời tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót.

Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp điều chỉnh giảm, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có), nếu đã nộp ngân sách nhà nước thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Đối với số tiền thuế giá trị gia tăng chưa khẩu trừ hết chuyền kỳ sau điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chinh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(5) Trường hợp khai bổ sung làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của cả tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT thì người nộp thuế thực hiện khai bổ sung như sau:

+ Người nộp thuế khai bổ sung làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh (chỉ tiêu [40a]) dẫn đến điều chinh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế" trên tờ khai mẫu số 01/GTGT thì phải khai bổ sung, điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trj gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] "Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai mẫu số 01/GTGT.

Số tiền thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung mẫu số 02/GTGT được khai vào chỉ tiêu [25] "Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giàm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư dẫn đến giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trử với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [28b] "Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” và giảm chỉ tiêu [32] “Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế có sai, sót thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm được khai vào chỉ tiêu [27] “Điều chinh giảm số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót, đồng thời người nộp thuể khai bổ sung điều chinh giảm chị tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót.

Người nộp thuế phải nộp số thuế giá trị gia tăng tăng thêm của tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tính chậm nộp theo quy định;

+ Trường hợp người nộp thuế phát hiện tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư kết chuyển sang tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT thi không khai bổ sung tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư có sai, sót được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

(6) Trường hợp người nộp thuế được kể thừa số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ từ đơn vị do chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc thì căn cứ Thông báo chuyền nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế, người nộp thuế không thực hiện khai bổ sung mà kê khai vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế.

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026.

*Trên đây là thông tin "Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC như thế nào?"

>> Toàn văn Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP

Hướng dẫn cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC như thế nào? (Hình từ Internet)

Ngôn ngữ sử dụng trong văn bản giao dịch với cơ quan thuế từ 01/7/2026

Căn cứ theo Điều 97 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định ngôn ngữ sử dụng trong văn bản giao dịch với cơ quan thuế như sau:

Ngôn ngữ được sử dụng trong hồ sơ thuế là tiếng Việt. Tài liệu bằng tiếng nước ngoài thì phải được dịch ra tiếng Việt. Người nộp thuế ký tên, đóng dấu trên bản dịch và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung bản dịch. Trường hợp tài liệu bằng tiếng nước ngoài có tổng độ dài hơn 20 trang giấy A4 thì người nộp thuế có văn bản giải trình và đề nghị chỉ dịch những nội dung, điều khoản có liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế.

Đối với hồ sơ đề nghị miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì tuỷ vào tính chất của từng loại hợp đồng và yêu cầu của cơ quan thuế (nếu có), người nộp thuế cần dịch những nội dung trong hợp đồng như: tên hợp đồng, tên các điều khoản trong hợp đồng, thời gian thực hiện hợp đồng hoặc thời gian thực tế chuyên gia của nhà thầu nước ngoài hiện diện tại Việt Nam (nếu có), trách nhiệm, cam kết của mỗi bên; các quy định về bảo mật và quyền sở hữu sản phẩm (nếu có), đối tượng có thẩm quyền ký kết hợp đồng, các nội dung có liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế và các nội dung tương tự (nếu có); đồng thời gửi kèm theo bản sao hợp đồng có xác nhận của người nộp thuế.

Việc hợp pháp hóa lãnh sự đối với các giấy tờ, tài liệu do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp chỉ bắt buộc trong trường hợp cụ thể hướng dẫn tại Điều 44, Điều 56, Điều 76, Điều 77, Điều 78, Điều 79 và Điều 80 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Tổng hợp mức phạt chậm nộp tờ khai thuế TNCN năm 2026

Mức phạt chậm nộp tờ khai thuế TNCN năm 2026 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi khoản 10 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP như sau:

- Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.

- Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 30 ngày, trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

- Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 31 ngày đến 60 ngày.

- Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

+ Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 61 ngày đến 90 ngày;

+ Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;

+ Không nộp hồ sơ khai thuế nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;

+ Không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.

- Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 25.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn trên 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, có phát sinh số thuế phải nộp và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, cơ quan có thẩm quyền khác công bố quyết định thanh tra, kiểm tra hoặc trước thời điểm cơ quan thuế lập biên bản về hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế.

Trường hợp số tiền phạt nếu áp dụng theo khoản này lớn hơn số tiền thuế phát sinh trên hồ sơ khai thuế thì số tiền phạt tối đa đối với trường hợp này bằng số tiền thuế phát sinh phải nộp trên hồ sơ khai thuế hoặc tổng số tiền thuế phát sinh phải nộp trên các hồ sơ khai thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 3 Điều 5 Nghị định này nhưng không thấp hơn mức trung bình của khung phạt tiền quy định tại khoản 4 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

- Biện pháp khắc phục hậu quả:

+ Buộc nộp đủ số tiền chậm nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với hành vi vi phạm quy định tại các khoản 1, 2, 3 và khoản 4 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP trong trường hợp người nộp thuế chậm nộp hồ sơ khai thuế dẫn đến chậm nộp tiền thuế;

+ Buộc nộp hồ sơ khai thuế, phụ lục kèm theo hồ sơ khai thuế đối với hành vi quy định tại điểm c, d khoản 4 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.