Hội đồng điều hành Trung tâm tài chính quốc tế gồm Chủ tịch do Thủ tướng quyết định, các Phó Chủ tịch là lãnh đạo Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước, TP.HCM và Đà Nẵng, có thẩm quyền ban hành chiến lược và quy chế hoạt động theo Nghị định 323/2025/NĐ-CP.