Hướng dẫn xử lý khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai khấu trừ bị sai sót dành cho doanh nghiệp theo Công văn 1061/CT-CS?

Hướng dẫn xử lý khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai khấu trừ bị sai sót dành cho doanh nghiệp theo Công văn 1061/CT-CS?

Tại Công văn 1061/CT-CS năm 2026 TẢI VỀ Thuế tỉnh Quảng Ngãi hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi công bố quyết định thanh tra, kiểm tra như sau:

Căn cứ khoản 6 Điều 6 Luật sửa đổi Luật Chứng khoán, Luật Kế toán, Luật Kiểm toán độc lập, Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, Luật Quản lý thuế, Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật Dự trữ quốc gia, Luật Xử lý vi phạm hành chính 2024 sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế

...

6. Sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản của Điều 47 như sau:

a) Sửa đổi, bổ sung khoản 1 như sau:

“1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.”;

b) Bãi bỏ khoản 2 và khoản 3.

...

Căn cứ khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP quy định như sau:

Hồ sơ khai thuế

...

4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:

a) Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.

Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.

Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai, sót tương ứng.

b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

Căn cứ khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ quy định kê khai khi phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào có sai, sót:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

...

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

Trên cơ sở các quy định nêu trên, Thuế tỉnh Quảng Ngãi hướng dẫn xử lý khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai, khấu trừ bị sai sót như sau:

Về nguyên tắc, khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế theo nguyên tắc được quy định tại khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ nêu trên;

Việc kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 6 Luật sửa đổi Luật Chứng khoán, Luật Kế toán, Luật Kiểm toán độc lập, Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, Luật Quản lý thuế, Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật Dự trữ quốc gia, Luật Xử lý vi phạm hành chính 2024 sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế và khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ nêu trên.

Hướng dẫn xử lý khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai, khấu trừ bị sai sót dành cho doanh nghiệp theo Công văn 1061/CT-CS? (Hình từ Internet)

Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào là gì?

Theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào được quy định như sau:

- Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài;

- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ;

- Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Chính phủ quy định về điều kiện khấu trừ đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài và một số trường hợp đặc thù khác.

Từ ngày 01/07/2026 có còn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót không?

Căn cứ theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Khai thuế, khoản thu khác; tính thuế, khoản thu khác; khấu trừ thuế

...

5. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra;

c) Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án;

d) Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế. Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát hồ sơ giải trình liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra của người nộp thuế, trường hợp chấp thuận hồ sơ giải trình của người nộp thuế thì cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận cho người nộp thuế điều chỉnh hồ sơ khai thuế.

Người nộp thuế bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện. Công chức thanh tra, kiểm tra thuế liên quan đến hồ sơ giải trình chịu trách nhiệm về sai, sót chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra trong trường hợp tuân thủ chưa đúng quy định tại điểm o khoản 1 Điều 38 của Luật này;

đ) Các trường hợp thực hiện theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được khấu trừ, miễn, giảm, hoàn thì bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện;

e) Chính phủ quy định các trường hợp cơ quan điều tra đề nghị không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án và trách nhiệm thông báo của cơ quan điều tra cho cơ quan thuế khi kết thúc yêu cầu liên quan đến vụ án quy định tại điểm c khoản này và các trường hợp khai bổ sung theo kết luận, quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế quy định tại điểm đ khoản này.

...

Theo đó, theo Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 thì người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định.