Công văn 10264: Hướng dẫn miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập ra sao?

Công văn 10264: Hướng dẫn miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập ra sao?

Ngày 9/7/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Công văn 10264/BTC-CST năm 2025 Tải về về việc trả lời nội dung kiến nghị liên quan đến Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định về thu nhập được miễn thuế.

Theo Công văn 10264/BTC-CST năm 2025, Bộ Tài chính đã có nội dung hướng dẫn về miễn thuế TNDN đối với đơn vị sự nghiệp công lập như sau:

Căn cứ quy định pháp luật về thuế TNDN (Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và các Nghị định hướng dẫn), về nguyên tắc đơn vị sự nghiệp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế TNDN xác định được doanh thu, chi phí, thu nhập thì số thuế TNDN phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất; trường hợp các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ. Hiện hành, theo quy định tại Điều 11 Nghị định 218/2013/NĐ-CP, đối với hoạt động y tế, tỷ lệ này là 2% (dịch vụ thông thường khác là 5%).

Liên quan đến nội dung này, ngày 28/11/2017, Văn phòng Chính phủ có Thông báo 551/TB-VPCP năm 2017 thông báo ý kiến kết luận của Lãnh đạo Chính phủ:

(1) Về thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện đúng quy định của pháp luật về thuế.

(2) Giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các Bộ, cơ quan liên quan trên cơ sở Nghị quyết 19-NQ/TW năm 2017 của Ban Chấp hành Trung ương về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, rà soát, hoàn thiện chính sách thuế đối với đơn vị sự nghiệp công lập nhằm khuyến khích các đơn vị này tự chủ tài chính và có tích lũy cho đầu tư, báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Chính phủ trình Quốc hội sửa đổi, bổ sung các Luật về thuế.

Căn cứ các quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế và thực hiện ý kiến của Lãnh đạo Chính phủ tại Thông báo 551/TB-VPCP năm 2017 nêu trên, các đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN theo quy định của pháp luật về thuế TNDN hiện hành.

Ngày 14/6/2025, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, trong đó, đã bổ sung quy định:

(1) Miễn thuế đối với thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công (trong đó bao gồm cả lĩnh vực y tế), cụ thể:

- Dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu thuộc danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan có thẩm quyền ban hành;

- Dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước phải hỗ trợ, đảm bảo kinh phí hoạt động do chưa tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong trong giá dịch vụ;

- Dịch vụ sự nghiệp công tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

(2) Đơn vị sự nghiệp công lập cung cấp dịch vụ sự nghiệp công ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp.

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2025 và áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025. Hiện nay, Bộ Tài chính đang khẩn trương hoàn thiện các văn bản quy định chi tiết và hướng dẫn Luật đề trình Chính phủ ban hành và ban hành theo thẩm quyền để các chính sách của Luật kịp thời đi vào cuộc sống, đảm bảo tính khả thi khi thực hiện.

*Trên đây là thông tin "Công văn 10264: Hướng dẫn miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập ra sao?"

Công văn 10264: Hướng dẫn miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị sự nghiệp công lập ra sao? (Hình từ Internet)

Thu nhập nào của doanh nghiệp là thu nhập được miễn thuế?

Căn cứ theo Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định thu nhập được miễn thuế của doanh nghiệp bao gồm:

(1) Thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản; thu nhập của doanh nghiệp từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến) ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến), sản xuất muối.

(2) Thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

(3) Thu nhập từ việc thực hiện dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp.

(4) Thu nhập từ việc thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số; thu nhập từ bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu tiên áp dụng ở Việt Nam; thu nhập từ bán sản phẩm sản xuất thử nghiệm trong thời gian sản xuất thử nghiệm bao gồm cả sản xuất thử nghiệm có kiểm soát theo quy định của pháp luật. Thu nhập tại khoản này được miễn thuế tối đa không quá 03 năm.

(5) Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp có từ 30% số lao động bình quân trong năm trở lên là người khuyết tật, người sau cai nghiện ma túy, người nhiễm vi rút gây ra hội chứng suy giảm miễn dịch mắc phải ở người (HIV/AIDS) và có số lao động bình quân trong năm từ 20 người trở lên, không bao gồm doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực tài chính, kinh doanh bất động sản.

(6) Thu nhập từ hoạt động giáo dục nghề nghiệp, đào tạo nghề nghiệp dành riêng cho người dân tộc thiểu số, người khuyết tật, trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt, đối tượng tệ nạn xã hội.

(7) Thu nhập được chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết với doanh nghiệp trong nước, sau khi đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật này, kể cả trường hợp bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, bên liên doanh, liên kết được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

(8) Khoản tài trợ nhận được để sử dụng cho hoạt động giáo dục, văn hóa, nghệ thuật, từ thiện, nhân đạo và hoạt động xã hội khác tại Việt Nam; khoản tài trợ nhận được từ doanh nghiệp không có quan hệ liên kết, tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước để sử dụng cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số; khoản hỗ trợ trực tiếp từ ngân sách nhà nước và từ Quỹ hỗ trợ đầu tư do Chính phủ thành lập; khoản bồi thường của Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Trường hợp khoản tài trợ nhận được tại khoản này mà doanh nghiệp sử dụng không đúng mục đích thì bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật.

(9) Khoản chênh lệch do đánh giá lại tài sản theo quy định của pháp luật để cổ phần hóa, sắp xếp lại doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.

(10) Thu nhập từ chuyển nhượng chứng chỉ giảm phát thải, chuyển nhượng tín chỉ các-bon lần đầu sau khi phát hành của doanh nghiệp được cấp chứng chỉ giảm phát thải, tín chỉ các-bon; thu nhập từ tiền lãi trái phiếu xanh; thu nhập từ chuyển nhượng trái phiếu xanh lần đầu sau khi phát hành.

(11) Thu nhập (bao gồm cả lãi tiền gửi ngân hàng, lãi trái phiếu Chính phủ, lãi tín phiếu kho bạc) từ thực hiện nhiệm vụ Nhà nước giao trong các trường hợp sau đây:

- Thu nhập của Ngân hàng Phát triển Việt Nam trong hoạt động tín dụng đầu tư phát triển, tín dụng xuất khẩu;

- Thu nhập của Ngân hàng Chính sách xã hội từ hoạt động tín dụng cho người nghèo và các đối tượng chính sách khác;

- Thu nhập của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam;

- Thu nhập từ hoạt động có thu của các quỹ tài chính nhà nước và quỹ, tổ chức khác của Nhà nước hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ quy định hoặc quyết định.

(12) Phần thu nhập không chia của cơ sở thực hiện xã hội hóa trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, y tế và lĩnh vực xã hội hóa khác để lại để đầu tư phát triển cơ sở đó đáp ứng tỷ lệ tối thiểu do Chính phủ quy định; phần thu nhập hình thành quỹ chung không chia, tài sản chung không chia của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật về hợp tác xã.

(13) Thu nhập từ chuyển giao công nghệ thuộc lĩnh vực ưu tiên chuyển giao công nghệ cho tổ chức, cá nhân ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

(14) Thu nhập của đơn vị sự nghiệp công lập từ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công, bao gồm:

- Dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu thuộc danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng ngân sách nhà nước do cơ quan có thẩm quyền ban hành;

- Dịch vụ sự nghiệp công mà Nhà nước phải hỗ trợ, đảm bảo kinh phí hoạt động do chưa tính đủ chi phí cung cấp dịch vụ trong giá dịch vụ;

- Dịch vụ sự nghiệp công tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

(15) Chính phủ quy định chi tiết Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.

Tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp nào?

Căn cứ theo Điều 11 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định phương pháp tính tính thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

(1) Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế được tính bằng thu nhập tính thuế nhân với thuế suất, trừ trường hợp quy định tại (2).

(2) Chính phủ quy định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với các trường hợp sau đây:

(i) Doanh nghiệp quy định tại điểm c, điểm d khoản 2 Điều 2 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025; đối tượng thực hiện nghĩa vụ kê khai, nộp thuế, thời điểm và cách xác định doanh thu tính thu nhập chịu thuế phát sinh tại Việt Nam;

(ii) Doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng quy định tại khoản 2 Điều 10 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 trong trường hợp xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động sản xuất, kinh doanh;

(iii) Hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, đơn vị sự nghiệp và tổ chức khác quy định tại các điểm c, d và đ khoản 1 Điều 2 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (trừ thu nhập được miễn thuế quy định tại Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025) mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động sản xuất, kinh doanh.