THUẾ - KẾ TOÁN

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về kiểm tra năm 2026

Chuyên viên pháp lý Kiều Diễm

15:35 14/05/26

Hướng dẫn chi tiết giúp doanh nghiệp chủ động rà soát hồ sơ, đối chiếu số liệu và chuẩn bị kỹ lưỡng các bước cần thiết trước, trong và sau khi kiểm tra thuế.

>> Nếu có 2 người phụ thuộc thì được giảm trừ bao nhiêu năm 2026?

>> Người phụ thuộc được giảm trừ bao nhiêu 2026?

1. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về kiểm tra?

(1) Rà soát lại toàn bộ hồ sơ, tài liệu cơ quan thuế có thể yêu cầu cung cấp.

Doanh nghiệp cần xác định nội dung kiểm tra gồm thuế GTGT, TNDN, TNCN, hóa đơn, hoàn thuế, giao dịch liên kết hay toàn diện. Từ đó xác định đúng phạm vi kiểm tra để chuẩn bị hồ sơ đầy đủ, không lan man, đúng trọng tâm.

Một số hồ sơ thường gặp như:

+ Hồ sơ pháp lý: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC); Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC) và các lần đăng ký thay đổi nếu có; Giấy phép kinh doanh (giấy phép con); Tài liệu nội quy, quy chế, điều lệ công ty; Quyết định bổ nhiệm kế toán trưởng, kế toán phụ trách; Hồ sơ đăng ký thuế; Chế độ kế toán,…

Nếu có chi nhánh, địa điểm kinh doanh, kho hàng, văn phòng đại diện cần chuẩn bị hồ sơ liên quan.

+ Hợp đồng: Hợp đồng lao động, giấy phép lao động, hợp đồng thương mại,..

+ Hồ sơ phát sinh hàng kỳ: Báo cáo tài chính, chứng từ kế toán, tờ khai thuế,…

+ Hồ sơ nền: (Sổ nhật ký chung, sổ cái, số chi tiết công nợ; Sổ quỹ tiền mặt, số tiền gửi ngân hàng, sổ kho, bảng nhập xuất tồn; Bảng phân bổ chi phí trả trước, bảng khấu hao TSCĐ, bảng lương; Bảng cân đối phát sinh, báo cáo tài chính đã nộp; Bảng tính giá thành, phân bổ chi phí sản xuất dở dang nếu có;….

+ Hồ sơ khác.

Nguyên tắc: Sổ sách đầy đủ, hóa đơn hợp pháp, chứng từ logic và giải trình rõ bản chất giao dịch.

(2) Kiểm tra, đối chiếu số liệu, hồ sơ

Đối chiếu số liệu, tờ khai thuế, sổ kế toán, báo cáo tài chính, hóa đơn, chứng từ ngân hàng, giao dịch liên kết, hồ sơ thuế vãng lai, tài nguyên, tiêu thụ đặc biệt hoặc các sắc thuế khác nếu có.

Lưu ý:

- Số dư cuối kỳ trên số kế toán phải khớp với báo cáo tài chính.

- Doanh thu trên hóa đơn có khớp tờ khai GTGT và doanh thu kế toán không?

- Có hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy bỏ không?

- Có xuất hóa đơn sai thời điểm không (thời điểm xuất hóa đơn)?

- Có doanh thu đã thu tiền nhưng chưa xuất hóa đơn không?

- Có thu hộ, chi hộ, bồi thường, hỗ trợ, thanh lý tài sản, cho thuê tài sản, bán phế liệu chưa xử lý đúng thuế không?

- Chi phí có hóa đơn hợp pháp hay không? Các khoản chi tiền mặt có bắt buộc chuyển khoản không?

- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu thuộc diện bắt buộc không (các khoản chi từ 5 triệu trở lên,..)

(Xem thêm: Quy định về tiền lương 5 triệu phải chuyển khoản)

- Hàng hóa, dịch vụ mua vào có phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh không?

- Có hợp đồng, nghiệm thu, phiếu nhập, phiếu xuất, đề nghị thanh toán, bảng kê không?

- Có giao dịch liên kết nhưng chưa kê khai phụ lục không?

(Xem thêm: Tổng hợp các Nghị định giao dịch liên kết 2026 mới nhất)

- Đối với TSCĐ, CCDC, chi phí trả trước: Công cụ dụ cụ và chi phí trả trước cần có bảng phân bổ rõ ràng, không không bổ tùy tiện, thiếu căn cứ.

- Kiểm tra công nợ (hồ sơ bù trừ công nợ nếu có, biên bản đối chiếu hoặc xác nhận công nợ đối với khoản lớn, treo lâu, bất thường,..).

(Xem thêm: Mẫu bảng đối chiếu công nợ mới nhất 2026)

- Kiểm tra dòng tiền: Tiền từ giám đốc, chủ sở hữu, cổ đông cần xác định rõ: góp vốn, cho vay, tạm ứng hay thanh toán hộ.

(3) Kê khai điều chỉnh tờ khai bổ sung (nếu có) trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

Nếu tự rà soát phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai, sót, doanh nghiệp cần xem xét khai bổ sung kịp thời.

- Đến hết ngày 30/6/2026: thời hạn khai bổ sung vẫn là 10 năm (theo khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 được sửa đổi, bổ sung bởi điểm a khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15).

- Từ ngày 01/7/2026: Theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn khai bổ sung giảm còn 05 năm.

Xem chi tiết tại công việc pháp lý:

>> Khai bổ sung hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp có sai, sót

>> Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng có sai, sót từ 01/7/2025

>> Khai bổ sung hồ sơ khai thuế thu nhập cá nhân có sai, sót 2025

Lưu ý: Nếu đã có quyết định kiểm tra, cần xem sai sót có thuộc phạm vi, thời kỳ kiểm tra hay không để xử lý phù hợp. Kế toán nên lưu bảng giải trình nguyên nhân chênh lệch trước khi đoàn kiểm tra đặt câu hỏi.

(4) Đối với hồ sơ lao động, bảo hiểm

Cần đối chiếu chi phí lương hạch toán, bảng lương, số đã trả, số kê khai TNCN và số tham gia bảo hiểm. Chuẩn bị các tài liệu như:

- Hợp đồng lao động, quyết định tuyển dụng, bổ nhiệm.

- Bảng chấm công, bảng lương, chứng từ thanh toán lương.

- Đăng ký người phụ thuộc, cam kết thu nhập nếu có.

- Chứng từ khấu trừ TNCN nếu có, hồ sơ quyết toán TNCN.

- Hồ sơ bảo hiểm xã hội.

(5) Rà soát chứng từ kế toán

Kế toán cần kiểm tra chứng từ đã đầy đủ chưa, đúng mẫu biểu, đúng nội dung, đúng bản chất nghiệp vụ và đủ chữ ký theo quy định chưa.

- Phiếu thu, phiếu chi, phiếu nhập, phiếu xuất.

- Biên bản giao nhận, nghiệm thu, bảng chấm công, bảng lương.

- Đề nghị thanh toán, tạm ứng, hoàn ứng.

- Bàn giao tài sản, hồ sơ thanh lý, thanh toán, quyết toán hợp đồng.

(6) Sắp xếp thời gian để chuẩn bị đầy đủ trước khi thanh tra, kiểm tra thuế.

(7) Thông báo tới các bộ phận có liên quan của doanh nghiệp. Cử đầu mối chính để làm việc với đoàn kiểm tra, không nên để nhiều người cùng trả lời dễ dẫn đến thông tin không thống nhất.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về kiểm tra (Ảnh minh họa – Nguồn Internet)

2. Một số lưu ý trong thời gian kiểm tra thuế

- Doanh nghiệp chỉ định nhân viên đủ kinh nghiệm làm việc với đoàn thanh tra, kiểm tra thuế.

- Cung cấp hồ sơ nên bám đúng phạm vi, nội dung và thời kỳ kiểm tra. Không nên cung cấp lan man tài liệu không liên quan.

- Khi kết thúc đợt thanh tra, kiểm tra, đoàn thuế thường làm việc với doanh nghiệp để trao đổi về hồ sơ, chứng từ, số liệu và các nội dung cần giải trình trước khi lập biên bản chính thức. Khi đó, kế toán cần rà soát kỹ toàn bộ nội dung mà cơ quan thuế nêu ra, xác định những vấn đề có thể giải thích hoặc bổ sung hồ sơ ngay trong buổi làm việc cuối cùng. Việc chủ động giải trình kịp thời sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế các khoản bị xuất toán chi phí, truy thu thuế hoặc ghi nhận sai lệch trong biên bản kiểm tra.

- Tham vấn ý kiến của ban lãnh đạo công ty hoặc đơn vị tư vấn của cả hai.

- Thảo luận trước với cán bộ thuế về việc có thể khiếu nại kết quả kiểm tra thuế.

3. Các công việc doanh nghiệp cần làm sau khi kết thúc thanh tra, kiểm tra thuế

- Doanh nghiệp rà soát kỹ lưỡng các biên bản và cân nhắc tham khảo ý kiến chuyên gia tư vấn thuế, bộ phận pháp lý kế toán thuế,...

- Doanh nghiệp cần đọc kỹ biên bản làm việc, biên bản kiểm tra và dự thảo xử lý nếu có trước khi ký. Nếu có nội dung chưa thống nhất, cần ghi rõ ý kiến bảo lưu hoặc giải trình bổ sung.

- Chuẩn bị ý kiến để đưa vào biên bản và ký biên bản đúng hạn.

- Nếu vẫn còn vấn đề tranh chấp, cân nhắc đưa ý kiến bảo lưu trong biên bản.

- Cân nhắc xin hướng dẫn từ Cục thuế, Bộ Tài chính.

- Nộp đơn khiếu nại đúng thời hạn (trong vòng 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định).

- Nộp tiền thuế và tiền phạt đúng hạn: Căn cứ số tiền phải nộp theo quyết định, doanh nghiệp cần chủ động cân đối tài chính để nộp đúng thời hạn, tránh phát sinh. Sau khi nộp tiền, kế toán cần ghi nhận đầy đủ trên sổ sách kế toán theo từng nội dung như: Thuế bị truy thu; Tiền chậm nộp; Tiền phạt vi phạm hành chính; Các khoản điều chỉnh chi phí, doanh thu liên quan.

Việc hạch toán đúng sẽ giúp báo cáo tài chính phản ánh chính xác nghĩa vụ phát sinh sau thanh tra, kiểm tra thuế.

Trên đây là một số giải đáp thắc mắc doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về kiểm tra cũng như các công việc doanh nghiệp cần làm trước khi kiểm tra thuế.

Lưu ý: Nội dung trên chỉ mang tính tham khảo. (Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về kiểm tra).

- Nội dung nêu trên là phần giải đáp, tư vấn của chúng tôi dành cho khách hàng của Pháp luật doanh nghiệp. Nếu quý khách còn vướng mắc, vui lòng gửi về Email [email protected].

- Nội dung bài viết mang tính chất tham khảo;

- Điều khoản được áp dụng có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc.

518