Mã số thuế trạng thái 03, 06: Doanh nghiệp có phải nộp hồ sơ khai thuế không?

Doanh nghiệp có mã số thuế trạng thái 03 có phải nộp hồ sơ khai thuế không?

Theo Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định trạng thái mã số thuế 03 là NNT ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST.

Bên cạnh đó theo Tài liệu hướng dẫn của Cục thuế, khi chuyển sang trạng thái 03, doanh nghiệp phải hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế, trong đó có việc rà soát, bổ sung các hồ sơ khai thuế còn thiếu với quy trình cụ thể như sau:

Bước 1. Rà soát các nghĩa vụ tài chính, nghĩa vụ với cơ quan nhà nước, nghĩa vụ thuế trước khi làm thủ tục giải thể

Doanh nghiệp nên thực hiện trước khi thông qua nghị quyết/quyết định giải thể để tránh bị kéo dài ở giai đoạn xử lý thuế.

(1) Rà soát nghĩa vụ tài chính

Rà soát, hoàn thành các nghĩa vụ với cơ quan bảo hiểm, nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan, nghĩa vụ lương, nghĩa vụ tài chính với đối tác, nghĩa vụ thanh lý tài sản...trước khi thực hiện thủ tục giải thể.

(2) Rà soát và nộp đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu

- Rà soát toàn bộ kỳ khai thuế từ thời điểm bắt đầu hoạt động đến thời điểm giải thể, gồm kỳ khai tháng, quý, năm, từng lần phát sinh và hồ sơ khai bổ sung nếu có sai sót.

- Các hồ sơ cần rà soát gồm: thuế GTGT; thuế TNCN khấu trừ từ tiền lương, tiền công; thuế TNDN; lệ phí môn bài; thuế nhà thầu; thuế tiêu thụ đặc biệt; thuế bảo vệ môi trường; thuế tài nguyên; phí, lệ phí; khoản thu từ đất; nghĩa vụ khai thay, nộp thay; nghĩa vụ phân bổ tại địa bàn khác nếu có.

Lưu ý: trường hợp doanh nghiệp có kỳ tính thuế chưa đến hạn nhưng đã có quyết định giải thể/chấm dứt hoạt động thì vẫn phải xác định kỳ cuối để khai đến thời điểm giải thể theo quy định.

Ví dụ: doanh nghiệp khai thuế GTGT theo tháng, quyết định giải thể ngày 03/6/2026 thì phải nộp tờ khai thuế GTGT kỳ tháng 6/quý 2 năm 2026.

Trong kỳ không phát sinh khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của đối tượng nhận thu nhập thì không phải nộp hồ sơ khai khấu trừ thuế TNCN của kỳ đó.

Nếu phát hiện tờ khai đã nộp có sai sót, doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra theo quy định.

(3) Rà soát hóa đơn, chứng từ, sổ sách

- Rà soát hóa đơn điện tử đã phát hành, hóa đơn đã lập có sai sót, hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy, hóa đơn chưa sử dụng và trạng thái sử dụng hóa đơn trên hệ thống.

- Rà soát báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn với hóa đơn giấy trước thời điểm 01/7/2022, nếu còn hóa đơn giấy đặt in/tự in chưa sử dụng, doanh nghiệp thực hiện hủy và thông báo hủy hóa đơn, báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quy định về hóa đơn, chứng từ.

- Rà soát, tập hợp, hoàn thiện đầy đủ sổ sách, chứng từ kế toán.

Bước 2. Thông qua và gửi nghị quyết/quyết định giải thể đến cơ quan đăng ký kinh doanh

Doanh nghiệp thông qua nghị quyết/quyết định giải thể theo đúng thẩm quyền và nộp tại cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính trong thời hạn 07 ngày làm việc kể từ ngày thông qua nghị quyết/quyết định giải thể.

Chi tiết hồ sơ, thủ tục được thực hiện theo hướng dẫn của pháp luật doanh nghiệp và hướng dẫn của cơ quan đăng ký kinh doanh.

Bước 3. Theo dõi thông báo của cơ quan thuế việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

- Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng doanh nghiệp “đang làm thủ tục giải thể”, thông tin được truyền sang cơ quan thuế theo cơ chế một cửa liên thông.

Lưu ý: Đối với trường hợp giải thể doanh nghiệp thông thường theo cơ chế liên thông, doanh nghiệp không nộp mẫu 24/ĐKT như hồ sơ khởi đầu tại cơ quan thuế; thông tin do cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang là căn cứ để cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý bước tiếp theo. Trường hợp pháp luật thuế quy định phải nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế hoặc cơ quan thuế có thông báo yêu cầu nộp hồ sơ, người nộp thuế thực hiện theo thông báo của cơ quan thuế.

- Cơ quan thuế rà soát, phân loại hồ sơ để xác định việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hay kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo mức độ rủi ro, lịch sử tuân thủ, tình trạng hóa đơn, kê khai và nghĩa vụ thuế.

- Cơ quan thuế ban hành, gửi doanh nghiệp Thông báo mẫu số 17/TB-ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC), về việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nhận đủ hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định. Trong thông báo xác định hồ sơ thuộc diện hoặc không thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế, dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra nếu thuộc diện kiểm tra

- Và Cơ quan thuế cập nhật trạng thái MST sang trạng thái 03 – ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế

Việc cơ quan thuế ban hành thông báo mẫu 17/TB-ĐKT là bước khởi đầu để người nộp thuế hoàn thiện các nghĩa vụ kê khai, nộp thuế với cơ quan thuế ở khâu tiếp theo.

Bước 4. Hoàn thành nghĩa vụ thuế với cơ quan thuế

Đây là khâu trọng tâm, quan trọng nhất của toàn bộ quá trình giải thể. Doanh nghiệp phải phối hợp với cơ quan thuế để xác định nghĩa vụ còn phải nộp, số nộp thừa, số thuế GTGT chưa khấu trừ, nghĩa vụ hóa đơn và các nghĩa vụ liên quan.

(1) Nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN, TNCN trong thời hạn 45 ngày nếu thuộc diện

- Hồ sơ khai quyết toán thuế nếu thuộc diện phải nộp được nộp chậm nhất là ngày thứ 45 kể từ ngày xảy ra sự kiện chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, giải thể, tổ chức lại hoặc sự kiện pháp lý tương ứng theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

- Đối với thuế TNDN: doanh nghiệp rà soát và nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu 03/TNDN, báo cáo tài chính đến thời điểm giải thể/chấm dứt hoạt động và các phụ lục liên quan theo thực tế phát sinh.

Lưu ý: Một số trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động thuộc diện không phải kiểm tra quyết toán tại trụ sở NNT (Người nộp thuế thuộc diện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ % trên doanh thu; Người nộp thuế kể từ thời điểm thành lập đến thời điểm giải thể, chấm dứt hoạt động không phát sinh doanh thu, chưa sử dụng hóa đơn) tuy nhiên, người nộp thuế vẫn phải rà soát đầy đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu, hóa đơn, nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, số thuế nộp thừa, số thuế GTGT chưa khấu trừ và các nghĩa vụ liên quan nếu phát sinh.

- Đối với thuế TNCN của tổ chức trả thu nhập: nếu doanh nghiệp có phát sinh trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì phải khai quyết toán thuế TNCN và quyết toán thay cho cá nhân có ủy quyền, không phân biệt trong năm có phát sinh khấu trừ thuế hay không.

Trường hợp doanh nghiệp/tổ chức không phát sinh trả thu nhập thì không phải nộp hồ sơ khai quyết toán thuế TNCN; nếu có trả thu nhập nhưng không phát sinh khấu trừ thuế, vẫn phải rà soát nghĩa vụ quyết toán TNCN theo quy định.

(2) Phối hợp kiểm tra, quyết toán và giải trình với cơ quan thuế

- Doanh nghiệp chuẩn bị sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, hợp đồng, biên bản thanh lý, chứng từ thanh toán, chứng từ nộp thuế, hồ sơ hóa đơn, hồ sơ lao động - tiền lương… và tài liệu giải trình theo yêu cầu của cơ quan thuế; chấp hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (nếu thuộc diện).

- Trường hợp cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, giải trình, doanh nghiệp cần phản hồi, cung cấp tài liệu/giải trình đúng thời hạn, đúng nội dung để cơ quan thuế có đủ căn cứ xác định nghĩa vụ thuế.

Lưu ý: Trường hợp chưa rõ căn cứ, phạm vi hoặc hình thức tài liệu cần cung cấp, người nộp thuế có thể đề nghị cơ quan thuế nêu rõ nội dung yêu cầu để cung cấp đúng, đủ và kịp thời theo quy định.

(3) Cơ quan thuế xác nhận nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan

- Cơ quan thuế phối hợp với cơ quan hải quan để xác định người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu hay chưa (nếu có phát sinh hoạt động xuất nhập khẩu)

Lưu ý: Việc xác nhận với cơ quan hải quan là trách nhiệm phối hợp giữa cơ quan nhà nước của cơ quan thuế với cơ quan hải quan; tuy nhiên doanh nghiệp cần chủ động rà soát tờ khai hải quan, thuế xuất nhập khẩu, tiền chậm nộp, tiền phạt, khoản nợ hoặc vướng mắc còn tồn tại để xử lý sớm

- Trường hợp còn nghĩa vụ thuế với cơ quan hải quan chưa hoàn thành, cơ quan thuế chưa đủ căn cứ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế cho mục đích giải thể.

(4) Hoàn thành nghĩa vụ còn phải nộp, nộp thừa và số thuế GTGT chưa khấu trừ

- Cơ quan thuế thông báo nội dung còn vướng mắc để doanh nghiệp tiếp tục xử lý, ví dụ: tờ khai còn thiếu, nợ thuế, hóa đơn chưa xử lý, đơn vị phụ thuộc chưa đóng, nghĩa vụ hải quan chưa hoàn thành.

- Cơ quan thuế xác định số thuế phải nộp, nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, số thuế nộp thừa, số thuế GTGT chưa được khấu trừ và nghĩa vụ của mã số thuế nộp thay nếu có.

- Doanh nghiệp nộp đủ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; đồng thời lập hồ sơ xử lý nộp thừa, hoàn trả, bù trừ hoặc hoàn trả kiêm bù trừ nếu đủ điều kiện.

- Trường hợp có đơn vị phụ thuộc hoặc mã số thuế nộp thay còn nghĩa vụ, doanh nghiệp phải xử lý dứt điểm hoặc thực hiện thủ tục chuyển/kế thừa nghĩa vụ theo quy định trước khi được xác nhận hoàn thành.

Bước 5. Nhận thông báo hoàn thành nghĩa vụ thuế từ cơ quan thuế

- Sau khi doanh nghiệp hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ, cơ quan thuế ban hành Thông báo 28/TB-ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC), về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế để doanh nghiệp tiếp tục nộp hồ sơ giải thể/chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh.

Bước 6. Nộp hồ sơ đăng ký giải thể chính thức tại cơ quan đăng ký kinh doanh

- Sau khi đã thanh toán hết các khoản nợ và hoàn thành nghĩa vụ thuế, trong thời hạn 05 ngày làm việc, doanh nghiệp gửi hồ sơ đăng ký giải thể doanh nghiệp đến cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.

- Hồ sơ đăng ký giải thể chính thức thường gồm: thông báo giải thể doanh nghiệp; báo cáo thanh lý tài sản; danh sách chủ nợ và số nợ đã thanh toán, bao gồm nợ thuế, nợ bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp cho người lao động và khoản nợ khác nếu có; tài liệu khác theo thủ tục hành chính đang áp dụng.

- Doanh nghiệp theo dõi tình trạng xử lý hồ sơ trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp để phối hợp khi được cơ quan đăng ký kinh doanh yêu cầu.

Bước 7. Cơ quan đăng ký kinh doanh lấy ý kiến cơ quan thuế và cập nhật trạng thái “đã giải thể”

- Sau khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký giải thể -chính thức, cơ quan đăng ký kinh doanh gửi thông tin cho cơ quan thuế để lấy ý kiến về việc hoàn thành nghĩa vụ thuế.

- Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận thông tin, cơ quan thuế gửi ý kiến về việc doanh nghiệp đã hoàn thành hoặc chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế.

- Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ đăng ký giải thể, cơ quan đăng ký kinh doanh chuyển tình trạng pháp lý của doanh nghiệp sang “đã giải thể” nếu không nhận được ý kiến của cơ quan thuế hoặc nhận được ý kiến xác nhận doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế; đồng thời đăng tải thông báo giải thể.

- Trường hợp cơ quan thuế có ý kiến từ chối do doanh nghiệp chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế, cơ quan đăng ký kinh doanh thông báo để doanh nghiệp biết và tiếp tục xử lý với cơ quan thuế.

=> Như vây doanh nghiệp có mã số thuế trạng thái 03 phải rà soát các kỳ khai thuế từ khi bắt đầu hoạt động đến thời điểm giải thể, bao gồm các hồ sơ thuế giá trị gia tăng (GTGT), thu nhập cá nhân (TNCN), thu nhập doanh nghiệp (TNDN), lệ phí môn bài và các loại thuế, phí khác nếu có phát sinh.

Nếu thuộc diện phải quyết toán thì phải nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN, TNCN trong thời hạn 45 ngày kể từ ngày xảy ra sự kiện giải thể/chấm dứt hoạt động.

Mã số thuế trạng thái 03, 06: Doanh nghiệp có phải nộp hồ sơ khai thuế không? (Hình từ Internet)

Doanh nghiệp có mã số thuế trạng thái 06 có phải nộp hồ sơ khai thuế không?

Căn cứ theo Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định trạng thái mã số thuế 06 là NNT không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.

Theo Tài liệu hướng dẫn của Cục thuế có hướng dẫn khi ở trạng thái này, người nộp thuế cần xác định rõ mục tiêu xử lý:

- Nếu không tiếp tục hoạt động: thực hiện thủ tục giải thể/chấm dứt hoạt động theo hướng nộp hồ sơ 24/ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC) tại cơ quan thuế và hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi kết thúc theo đúng luồng.

>> Tải về Mẫu số 24/ĐKT

- Nếu muốn tiếp tục hoạt động: thực hiện thủ tục đề nghị khôi phục mã số thuế theo hướng nộp hồ sơ 25/ĐKT (ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC), phối hợp xác minh địa chỉ, hoàn thành nghĩa vụ thuế, hóa đơn, xử phạt nếu có.

>> Tải về mẫu số 25/ĐKT

- Nếu không thực hiện xử lý: người nộp thuế tiếp tục ở trạng thái 06 và có thể phát sinh các biện pháp quản lý, cưỡng chế hoặc hạn chế theo quy định nếu còn nghĩa vụ chưa hoàn thành. Tùy tính chất, mức độ vi phạm và tình trạng nghĩa vụ thuế, người nộp thuế hoặc cá nhân có liên quan có thể bị áp dụng các biện pháp quản lý, cưỡng chế hoặc hạn chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hóa đơn, đăng ký doanh nghiệp và pháp luật có liên quan.

Tùy tính chất, mức độ vi phạm và tình trạng nghĩa vụ thuế, người nộp thuế hoặc cá nhân có liên quan có thể bị áp dụng các biện pháp quản lý, cưỡng chế hoặc hạn chế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hóa đơn, đăng ký doanh nghiệp và pháp luật có liên quan.

=> Vì vậy, doanh nghiệp có mã số thuế trạng thái 06 phải xác định mục tiêu rằng muốn tiếp tục hoạt động kinh doanh nữa không để thực hiện nộp hồ sơ và hoàn thành nghĩa vụ thuế đúng theo từng trường hợp.

>> Xem thêm: Hướng dẫn chi tiết xử lý tình trạng mã số thuế trạng thái 06?

Trường hợp nào cơ quan thuế kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế?

Căn cứ điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định cơ quan thuế kiểm tra thuế trong các trường hợp sau:

(1) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;

(2) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;

(3) Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;

(4) Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

(5) Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;

(6) Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;

(7) Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025;

(8) Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;

(9) Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.