Mức độ rủi ro của hồ sơ có ảnh hướng đến thời điểm kiểm tra sau hoàn thuế theo Thông tư 94 hay không?

Mức độ rủi ro của hồ sơ có ảnh hướng đến thời điểm kiểm tra sau hoàn thuế theo Thông tư 94 hay không?

căn cứ theo Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định mức độ rủi ro của người nộp thuế như sau:

Phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế

1. Mức độ rủi ro đối với người nộp thuế trong các nghiệp vụ quản lý thuế được phân loại theo một trong các mức sau:

a) Rủi ro cao.

b) Rủi ro trung bình.

c) Rủi ro thấp.

...

Theo đó, người nộp thuế còn được phân loại mức độ rủi ro trong từng nghiệp vụ quản lý thuế theo 03 mức, gồm:

- Rủi ro cao;

- Rủi ro trung bình;

- Rủi ro thấp.

Đồng thời, căn cứ theo khoản 4 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định việc áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác như sau:

Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, văn bản hướng dẫn thi hành Luật và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Đối với phân loại rủi ro người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế, căn cứ kết quả phân loại tại Điều 13 Thông tư này và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế như sau:

...

4. Kiểm tra sau hoàn thuế

a) Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trên cơ sở kết quả phân loại mức độ rủi ro từ cao xuống thấp, cụ thể:

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro cao nhưng không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau quy định tại tiết a.2 điểm a khoản 1 Điều này: Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro trung bình: Trong thời hạn 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro thấp: Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế.

Căn cứ tình hình thực tế, yêu cầu quản lý thuế, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trước thời hạn nêu trên.

b) Cục Thuế hướng dẫn cụ thể về kiểm tra sau hoàn thuế, kết hợp với kiểm tra chấp hành pháp luật thuế theo quy định.

Như vậy, mức độ rủi ro của hồ sơ hoàn thuế ảnh hưởng trực tiếp đến thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế. Cụ thể, kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế:

- Hồ sơ rủi ro cao: kiểm tra trong thời hạn 01 năm;

- Hồ sơ rủi ro trung bình: kiểm tra trong thời hạn 03 năm;

- Hồ sơ rủi ro thấp: kiểm tra trong thời hạn 05 năm.

Cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế sớm hơn các thời hạn này căn cứ tình hình thực tế và yêu cầu quản lý thuế.

Mức độ rủi ro của hồ sơ có ảnh hướng đến thời điểm kiểm tra sau hoàn thuế theo Thông tư 94 hay không? (Hình từ Internet)

Hiện nay, quy định nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế như thế nào?

Căn cứ theo khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 có quy định về nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế như sau:

- Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp có nhiệm vụ và quyền hạn sau: ban hành quyết định kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra; bãi bỏ quyết định kiểm tra; chỉ đạo đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong quyết định kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025; tạm dừng, tạm hoãn, gia hạn thời hạn kiểm tra; quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế theo thẩm quyền hoặc kết luận kiểm tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra hoặc kiến nghị người có thẩm quyền kết luận, ban hành các quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế; chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật đối với trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền;

- Trưởng đoàn kiểm tra có nhiệm vụ, quyền hạn sau: tổ chức, chỉ đạo các thành viên đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung quyết định kiểm tra; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại khoản 2 Điều 23 Luật Quản lý thuế 2019; quyết định việc niêm phong tài liệu, hàng hóa (nếu có) của đối tượng kiểm tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; lập biên bản kiểm tra thuế, biên bản kiểm tra thuế xác định rõ hành vi vi phạm hành chính thì biên bản kiểm tra thuế của cơ quan thuế được xác định là biên bản vi phạm hành chính; báo cáo người ra quyết định kiểm tra về kết quả kiểm tra;

- Thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra thuế có nhiệm vụ, quyền hạn sau: thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của trưởng đoàn kiểm tra thuế; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế được trưởng đoàn phân công thực hiện kiểm tra; báo cáo kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao với trưởng đoàn kiểm tra thuế.

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế có kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không?

Căn cứ tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định kiểm tra thuế như sau:

Kiểm tra thuế

....

3. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

a) Cơ quan thuế kiểm tra thuế trong các trường hợp sau: trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế; trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề; trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền; người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh; trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều này; trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế; trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;

b) Cơ quan hải quan kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp quy định tại điểm a khoản này; kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế theo quy định của pháp luật có liên quan.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện;

c) Đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Quy định này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra lại quy định tại điểm a khoản 6 Điều này;

...

Như vậy, hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế thuộc trường hợp cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. Do đó, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Lưu ý: Quy định giới hạn không quá 01 lần trong 01 năm chỉ áp dụng đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và một số trường hợp tổ chức lại, chấm dứt hoạt động hoặc chuyển địa điểm kinh doanh được liệt kê, không áp dụng chung cho mọi trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.