Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về thanh tra, kiểm tra?

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về thanh tra, kiểm tra?

Căn cứ tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 và Điều 52 Luật Quản lý thuế 2025 quy định từ ngày 01/07/2026 09 trường hợp cơ quan thuế kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế gồm:

(1) Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;

(2) Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;

(3) Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;

(4) trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

(5) Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;

(6) Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;

(7) Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 như sau:

- Việc kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế được thực hiện trên cơ sở hồ sơ thuế, cơ sở dữ liệu quản lý thuế có trên Hệ thống thông tin quản lý thuế; cơ quan hải quan kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện;

- Cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;

- Trường hợp kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan

(8) Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;

(9) Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.

Vậy, "doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về thanh tra, kiểm tra?"

Theo đó, doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ kế toán - thuế để làm việc chủ động, đúng phạm vi dễ giải trình (nếu có)

Có 4 yếu tố cốt lõi: Sổ sách đầy đủ, hóa đơn hợp pháp, chứng từ logic, giải trình rõ bản chất giao dịch

Không đối phó: Trước hoặc khi nhận được thông báo, quyết định kiểm tra thuế, nhiều doanh nghiệp thường lo lắng, bị động hoặc vội vàng xử lý hồ sơ. Chuẩn bị đúng không phải là đối phó, mà là rà soát tính đầy đủ, hợp lý, hợp lệ và logic của hồ sơ kế toán - thuế. Người nộp thuế có trách nhiệm khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ, nộp hồ sơ đúng hạn và chấp hành chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ.

Việc đầu tiên

- Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hay tại trụ sở người nộp thuế.

- Niên độ kiểm tra là năm nào.

- Nội dung gồm GTGT, TNDN, TNCN, hóa đơn, hoàn thuế, giao dịch liên kết hay toàn diện.

Xác định đúng phạm vi giúp không chuẩn bị lan man và không thiếu trọng tâm. Quy trình kiểm tra thuế hiện nay thực hiện theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023.

Nhóm hồ sơ đầu tiên

- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và các lần đăng ký thay đổi nếu có.

- Điều lệ công ty.

- Quyết định bổ nhiệm giám đốc, kế toán trưởng hoặc phụ trách kế toán.

- Hồ sơ đăng ký thuế.

- Giấy phép con đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện nếu có.

Nếu có chi nhánh, địa điểm kinh doanh, kho hàng, văn phòng đại diện, cần chuẩn bị hồ sơ liên quan.

Đối chiếu số liệu

- Tờ khai GTGT tháng hoặc quý.

- Quyết toán thuế TNDN, TNCN.

- Tờ khai lệ phí môn bài, thuế nhà thầu nếu có.

- Phụ lục giao dịch liên kết nếu thuộc diện kê khai.

- Hồ sơ thuế vãng lai, tài nguyên, tiêu thụ đặc biệt hoặc sắc thuế đặc thù nếu có.

Cần đối chiếu tờ khai thuế, sổ kế toán, báo cáo tài chính, hóa đơn và chứng từ ngân hàng.

Rà soát sai sót

Nếu tự rà soát phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai, sót, doanh nghiệp cần xem xét khai bổ sung kịp thời.

- Đến hết ngày 30/6/2026: thời hạn khai bổ sung vẫn là 10 năm.

- Từ ngày 01/7/2026: theo Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn khai bổ sung giảm còn 05 năm.

Doanh nghiệp không nên để sai sót kéo dài quá lâu mới xử lý.

Lưu ý thời điểm

Khai bổ sung cần thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra. Nếu đã có quyết định kiểm tra, cần xem sai sót có thuộc phạm vi, thời kỳ kiểm tra hay không để xử lý phù hợp. Kế toán nên lưu bảng giải trình nguyên nhân chênh lệch trước khi đoàn kiểm tra đặt câu hỏi.

Bộ hồ sơ nên

- Sổ nhật ký chung, sổ cái, sổ chi tiết công nợ.

- Sổ quỹ tiền mặt, sổ tiền gửi ngân hàng, sổ kho, bảng nhập xuất tồn.

- Bảng phân bổ chi phí trả trước, bảng khấu hao TSCĐ, bảng lương.

- Bảng cân đối phát sinh, báo cáo tài chính đã nộp.

- Bảng tính giá thành, phân bổ chi phí sản xuất dở dang nếu có.

Số dư cuối kỳ trên sổ kế toán phải khớp với báo cáo tài chính.

Doanh thu và thuế

- Doanh thu trên hóa đơn có khớp tờ khai GTGT và doanh thu kế toán không?

- Có hóa đơn điều chỉnh, thay thế, hủy bỏ không?

- Có xuất hóa đơn sai thời điểm không?

- Có doanh thu đã thu tiền nhưng chưa xuất hóa đơn không?

- Có thu hộ, chi hộ, bồi thường, hỗ trợ, thanh lý tài sản, cho thuê tài sản, bán phế liệu chưa xử lý đúng thuế không?

Đây là nhóm rủi ro trực tiếp đến doanh thu tính thuế GTGT và TNDN.

Chi phí được trừ

- Chi phí có hóa đơn hợp pháp hay không?

- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu thuộc diện bắt buộc không?

- Hàng hóa, dịch vụ mua vào có phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh không?

- Có hợp đồng, nghiệm thu, phiếu nhập, phiếu xuất, đề nghị thanh toán, bảng kê không?

Chi phí thiếu hồ sơ, chi phí cá nhân, tiếp khách không chứng minh mục đích, lương thiếu hồ sơ, khấu hao không đủ điều kiện là nhóm dễ bị loại.

Phải thu, phải trả

Cơ quan thuế thường quan tâm công nợ treo lâu, bất thường, không rõ đối tượng hoặc công nợ với giám đốc, cổ đông, bên liên kết.

- Hợp đồng, phụ lục, hóa đơn, chứng từ thanh toán.

- Hồ sơ bù trừ công nợ nếu có.

- Biên bản đối chiếu hoặc xác nhận công nợ đối với khoản lớn, treo lâu, bất thường.

Tạm ứng, phải thu khác, phải trả khác cần rà soát kỹ bản chất.

Dòng tiền và bản chất

- Sổ quỹ có bị âm tại thời điểm nào không.

- Phiếu thu, phiếu chi có đủ chữ ký không.

- Chi tiền mặt có thuộc trường hợp bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt không.

- Sao kê ngân hàng đã ghi nhận đầy đủ, đúng bản chất chưa.

- Tiền chuyển vào tài khoản công ty đã ghi nhận doanh thu, vay, góp vốn hoặc công nợ đúng chưa.

Tiền từ giám đốc, chủ sở hữu, cổ đông cần xác định rõ: góp vốn, cho vay, tạm ứng hay thanh toán hộ.

Điểm rủi ro

Doanh nghiệp cần rà soát số dư tiền mặt trên sổ có phản ánh đúng thực tế hay không. Nếu tồn quỹ ảo lớn do góp vốn điều lệ không, trong khi doanh nghiệp vẫn phát sinh vay vốn và hạch toán chi phí lãi vay, thì rủi ro là chi phí lãi vay có thể bị xem xét loại trừ.

Nhưng không phải tất cả các trường hợp trên sổ có tồn quỹ tiền mặt lớn đều mặc nhiên bị loại trừ chi phí lãi vay.

Vấn đề nằm ở việc doanh nghiệp có chứng minh được nhu cầu vay vốn phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, mục đích sử dụng vốn vay và dòng tiền thực tế hay không.

- Chuẩn bị hồ sơ vay, hợp đồng vay, chứng từ nhận tiền, chứng từ trả lãi, mục đích sử dụng vốn và dòng tiền thanh toán.

Hồ sơ lao động

- Hợp đồng lao động, quyết định tuyển dụng, bổ nhiệm.

- Bảng chấm công, bảng lương, chứng từ thanh toán lương.

- Đăng ký người phụ thuộc, cam kết thu nhập nếu có.

- Chứng từ khấu trừ TNCN nếu có, hồ sơ quyết toán TNCN.

- Hồ sơ bảo hiểm xã hội.

Cần đối chiếu chi phí lương hạch toán, bảng lương, số đã trả, số kê khai TNCN và số tham gia bảo hiểm.

Vùng rủi ro lớn

- Nhập kho có hóa đơn, phiếu nhập, biên bản giao nhận không?

- Xuất kho có phiếu xuất, định mức, lệnh sản xuất, nghiệm thu không?

- Giá vốn có phù hợp với doanh thu không?

- Tồn kho cuối kỳ có thực tế không?

- Có hàng âm kho không?

- Có hàng chậm luân chuyển, hư hỏng, mất mát chưa xử lý đúng hồ sơ không?

Tồn kho ảo, âm kho hoặc không khớp kiểm kê là rủi ro lớn.

Cần chuẩn bị

Nếu sổ sách thể hiện tồn kho lớn nhưng thực tế không còn hàng, tồn kho âm, treo lâu hoặc không phù hợp quy mô kinh doanh, cần giải trình rõ.

Cơ quan thuế có thể xem lại tính hợp lý của giá vốn, chi phí và doanh thu nếu không giải trình được nhập - xuất - tồn.

- Chuẩn bị bảng nhập xuất tồn, phiếu nhập, phiếu xuất, kiểm kê, định mức, hồ sơ xử lý thiếu hụt, hư hỏng, mất mát.

- Doanh nghiệp xây dựng cần thêm dự toán, hợp đồng, nghiệm thu, quyết toán, phân bổ vật tư, nhân công, máy thi công và chi phí chung.

Hồ sơ tài sản

- Hóa đơn mua tài sản.

- Hợp đồng mua bán.

- Biên bản bàn giao, nghiệm thu.

- Quyết định đưa tài sản vào sử dụng.

- Bảng tính khấu hao.

- Hồ sơ thanh lý nếu có.

Công cụ dụng cụ và chi phí trả trước cần có bảng phân bổ rõ ràng, không phân bổ tùy tiện hoặc thiếu căn cứ.

Xương sống giao dịch

Hợp đồng là xương sống để giải trình bản chất giao dịch.

- Hợp đồng bán ra, mua vào.

- Hợp đồng thuê nhà, thuê xe, thuê kho.

- Hợp đồng dịch vụ, hợp đồng vay.

- Hợp đồng với cá nhân, bên liên kết.

- Hợp đồng ngoại thương nếu có xuất nhập khẩu.

Mỗi hợp đồng nên có phụ lục, nghiệm thu, thanh lý, bàn giao, chứng từ thanh toán và hóa đơn tương ứng.

Trước khi đoàn vào

- Doanh thu có lệch giữa hóa đơn và báo cáo tài chính không?

- Thuế GTGT đầu vào có hóa đơn rủi ro không?

- Có nhà cung cấp bỏ địa chỉ kinh doanh không?

- Chi phí có khoản nào thiếu thanh toán ngân hàng không?

- Công nợ có treo bất thường không?

- Có vay mượn cá nhân, cổ đông, giám đốc chưa có hợp đồng không?

- Có giao dịch liên kết nhưng chưa kê khai phụ lục không?

Bảng cân đối phát sinh

- Tiền mặt có âm quỹ hoặc tồn quỹ ảo không?

- Ngân hàng có giao dịch chưa ghi nhận đúng bản chất không?

- Công nợ có treo lâu, không rõ đối tượng không?

- Hàng tồn kho có âm kho, tồn kho ảo, tồn kho bất hợp lý không?

- TSCĐ, CCDC, chi phí trả trước có đủ hồ sơ và bảng phân bổ không?

- Doanh thu, giá vốn, chi phí có phù hợp hóa đơn, hợp đồng, nghiệm thu và dòng tiền không?

Đủ chữ ký, đúng bản chất

Kế toán cần kiểm tra chứng từ đã đầy đủ chưa, đúng mẫu biểu, đúng nội dung, đúng bản chất nghiệp vụ và đủ chữ ký theo quy định chưa.

- Phiếu thu, phiếu chi, phiếu nhập, phiếu xuất.

- Biên bản giao nhận, nghiệm thu, bảng chấm công, bảng lương.

- Đề nghị thanh toán, tạm ứng, hoàn ứng.

- Bàn giao tài sản, hồ sơ thanh lý, thanh toán, quyết toán hợp đồng.

Tự rà soát giúp biết trước mình sai gì, thiếu gì và cần giải trình gì.

Một đầu mối chính

- Ai là người đại diện làm việc.

- Ai cung cấp hồ sơ kế toán.

- Ai phụ trách hóa đơn.

- Ai phụ trách ngân hàng.

- Ai phụ trách nhân sự tiền lương.

- Ai có quyền ký biên bản.

Không nên để nhiều người trả lời tự phát vì dễ dẫn đến thông tin không thống nhất.

Bình tĩnh, đúng phạm vi

- Bình tĩnh, hợp tác, cung cấp hồ sơ đúng phạm vi, đúng yêu cầu.

- Có ký nhận bàn giao hồ sơ nếu cần.

- Không trả lời vội vấn đề chưa kiểm tra kỹ.

- Câu hỏi phức tạp có thể xin thời gian đối chiếu rồi phản hồi bằng văn bản.

- Giải trình quan trọng nên lập thành văn bản kèm chứng từ chứng minh.

Bảo lưu khi cần

Doanh nghiệp cần đọc kỹ biên bản làm việc, biên bản kiểm tra và dự thảo xử lý nếu có trước khi ký. Nếu có nội dung chưa thống nhất, cần ghi rõ ý kiến bảo lưu hoặc giải trình bổ sung. Cung cấp hồ sơ nên bám đúng phạm vi, nội dung và thời kỳ kiểm tra. Không nên cung cấp lan man tài liệu không liên quan.

Chuẩn bị từ việc làm đúng

Đón đoàn kiểm tra thuế không phải là việc chỉ chuẩn bị trong vài ngày, mà là kết quả của quá trình làm kế toán – thuế đúng ngay từ đầu. Doanh nghiệp chuẩn bị tốt cần có: sổ sách đầy đủ, hóa đơn hợp pháp, chứng từ logic và giải trình rõ bản chất giao dịch. Kế toán giỏi không chỉ biết hạch toán và kê khai, mà còn phải biết nhìn hồ sơ dưới góc độ kiểm tra thuế.

Bảo vệ doanh nghiệp

Làm kế toán không chỉ để nộp báo cáo, mà còn để bảo vệ doanh nghiệp khi cơ quan thuế kiểm tra. Chuẩn bị tốt giúp doanh nghiệp chủ động, giảm rủi ro, tránh giải trình bị động và bảo vệ tính hợp lý, hợp lệ của hồ sơ kế toán - thuế.

Nguồn tham khảo: Kế toán Sáng Nguyễn

Lưu ý: Thông tin chỉ mang tính chất tham khảo!

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi thuế về thanh tra, kiểm tra? (Hình từ Internet)

Không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế bị phạt bao nhiêu tiền?

Theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP một số cụm từ bị thay thế bởi khoản 1 Điều 2 Nghị định 310/2025/NĐ-CP quy định như sau:

Xử phạt hành vi vi phạm quy định về chấp hành quyết định kiểm tra, thanh tra thuế, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế

1. Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

a) Không nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế, quyết định cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế khi được cơ quan thuế giao, gửi theo quy định của pháp luật;

b) Không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế quá thời hạn 03 ngày làm việc trở lên, kể từ ngày phải chấp hành quyết định của cơ quan có thẩm quyền;

c) Cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế quá thời hạn 06 giờ làm việc, kể từ khi nhận được yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền trong thời gian kiểm tra, thanh tra tại trụ sở người nộp thuế;

d) Cung cấp không đầy đủ, chính xác về thông tin, tài liệu, sổ kế toán liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền trong thời gian kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế;

đ) Không ký biên bản kiểm tra, thanh tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày lập hoặc ngày công bố công khai biên bản.

...

Như vậy, hành vi không nhận, không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế sẽ bị phạt từ 2 - 5 triệu đồng.

Lưu ý: Mức phạt tiền nêu trên là mức phạt tiền đối với tổ chức, mức phạt tiền đối với cá nhân bằng 1/2 đối với tổ chức.

Người nộp thuế có quyền hạn gì khi kiểm tra thuế?

Theo khoản 4 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 (có hiệu lực từ 01/7/2026) quy định như sau:

Kiểm tra thuế

...

4. Quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế:

a) Quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 của Luật này và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành;

b) Nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm p khoản 2 Điều 37 của Luật này và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

...

Theo quy định trên, quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành cụ thể như sau:

- Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế từ các cơ quan chức năng khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán;

- Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền;

Từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế;

Từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước trừ trường hợp pháp luật hoạt động kiểm tra thuế quy định khác;

Được giải trình về những vấn đề có liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến;

Khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật;

Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế; các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.