Trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Thông tư 89/2026?

Trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Thông tư 89/2026?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

Theo đó, tại khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, cụ thể như sau:

(1) Ban hành Quyết định kiểm tra thuế:

- Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

- Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro, trừ kiểm tra hoàn thuế. Quyết định kiểm tra thuế lập theo mẫu số 06/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Thời hạn kiểm tra được xác định theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Trong trường hợp gia hạn, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định gia hạn theo mẫu số 07/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế thì Quyết định kiểm tra được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế. Đối với số tiền đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại điểm b.2 khoản 1 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì Quyết định kiểm tra được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.

- Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký;

(2) Quyết định kiểm tra thuế được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành, trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế quy định tại điểm c khoản này hoặc hoãn thời gian kiểm tra theo quy định tại điểm d khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế, lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo mẫu số 08/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(3) Quyết định kiểm tra thuế được bãi bỏ trong các trường hợp sau:

- Nội dung và kỳ kiểm tra trùng lặp với Quyết định thanh tra, kiểm tra của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

- Các cơ quan điều tra, cơ quan thanh tra đang điều tra, thanh tra người nộp thuế;

- Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh;

- Người nộp thuế có văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế trước khi công bố quyết định kiểm tra;

- Trường hợp đã ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh mà người nộp thuế được cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận về việc không thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh theo quy định của pháp luật trước khi công bố quyết định kiểm tra;

- Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm đ khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC, nhưng trước khi công bố Quyết định kiểm tra, người nộp thuế cung cấp các tài liệu, giải trình chứng minh được số thuế khai là đúng và nộp đủ số tiền thuế phải nộp.

- Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra đối với các trường hợp quy định tại điểm c khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC theo mẫu số 09/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(4) Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, nhưng trước khi công bố Quyết định kiểm tra, người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra mà có lý do chính đáng, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãn hoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế về việc hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi công bố quyết định kiểm tra theo mẫu số 10/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Trong quá trình kiểm tra, trường hợp có lý do bất khả kháng ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cuộc kiểm tra hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế hoặc người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra mà có lý do chính đáng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.

(5) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh Quyết định kiểm tra (thay Trưởng đoàn, thành viên hoặc bổ sung thành viên đoàn kiểm tra, bổ sung nội dung, thời kỳ kiểm tra hoặc điều chỉnh giảm thành viên đoàn kiểm tra, nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 11/KTT, 12/KTT, 13/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(6) Biên bản kiểm tra thuế:

- Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, Đoàn kiểm tra lập dự thảo Biên bản kiểm tra theo mẫu số 14/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Đoàn kiểm tra thực hiện công khai và bàn giao dự thảo Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra và người nộp thuế. Ý kiến, giải trình của người nộp thuế phải được lưu cùng dự thảo biên bản (nếu có). Biên bản công khai dự thảo Biên bản kiểm tra được lập theo mẫu số 15/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Việc có ý kiến giải trình, hoàn thiện và ký Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra với người nộp thuế phải được thực hiện trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn có ý kiến thì được ghi tại Biên bản hoặc lưu cùng Biên bản đã ký. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng (bao gồm cả dấu riêng, giáp lai giữa các trang của biên bản).

- Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận tại biên bản. Khi có văn bản trả lời thì Đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra chịu trách nhiệm lập phụ lục biên bản với người nộp thuế theo mẫu số 16/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC để xử lý theo quy định của pháp luật.

- Trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra khi hết thời hạn theo quy định thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản, báo cáo người có thẩm quyền ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

- Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra, thì biên bản kiểm tra phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất một người chứng kiến xác nhận việc người nộp thuế không ký vào biên bản; trường hợp không có chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã hoặc của người chứng kiến, thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.

(7) Xử lý kết quả kiểm tra thuế:

- Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo kết quả kiểm tra với lãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt. Trường hợp kết quả kiểm tra không xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo mẫu số 17/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.

Trình tự, thủ tục và thời hạn ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn, chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt thực hiện hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra thực hiện theo quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật tố tụng hình sự, các văn bản hướng dẫn thi hành và Nghị định của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn.

(8) Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được ghi nhật ký điện tử.

Trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Thông tư 89/2026?

Người nộp thuế có quyền hạn gì khi kiểm tra thuế?

Theo khoản 4 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định như sau:

Kiểm tra thuế

...

4. Quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế:

a) Quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 của Luật này và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành;

b) Nghĩa vụ của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm p khoản 2 Điều 37 của Luật này và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

...

Theo quy định trên, quyền của người nộp thuế trong kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 và quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành cụ thể như sau:

- Được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế từ các cơ quan chức năng khi tiến hành thanh tra, kiểm tra, kiểm toán;

- Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền; từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan quản lý thuế; từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước trừ trường hợp pháp luật hoạt động kiểm tra thuế quy định khác; được giải trình về những vấn đề có liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế; các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

Các biện pháp áp dụng trong kiểm tra thuế đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế từ ngày 01/07/2026?

Theo Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025 quy định biện pháp áp dụng trong kiểm tra thuế đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế như sau:

(1) Thu thập thông tin liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế:

- Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế cung cấp thông tin bằng văn bản hoặc trả lời trực tiếp. Cơ quan thuế có quyền truy cập vào dữ liệu phần mềm kế toán, hoá đơn điện tử, máy tính tiền của người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế;

- Cơ quan, tổ chức, cá nhân được yêu cầu cung cấp thông tin quy định tại điểm a khoản này có trách nhiệm cung cấp thông tin đúng nội dung, thời hạn, địa chỉ được yêu cầu và chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của thông tin đã cung cấp.

(2) Tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế:

- Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế quyết định tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế;

- Việc tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế được áp dụng khi cần căn cứ xác định hành vi trốn thuế;

- Khi tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế phải lập biên bản tạm giữ và có trách nhiệm bảo quản tài liệu tạm giữ;

- Cơ quan quản lý thuế phải giao 01 bản quyết định tạm giữ, biên bản tạm giữ liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế cho tổ chức, cá nhân có tài liệu bị tạm giữ.