Doanh nghiệp ở trạng thái 06 vẫn phải nộp lệ phí môn bài khi thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế?

Doanh nghiệp ở trạng thái 06 vẫn phải nộp lệ phí môn bài khi thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế?

Căn cứ khoản 7 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội về một số cơ chế, chính sách đặc biệt phát triển kinh tế tư nhân quy định nội dung như sau:

Hỗ trợ thuế, phí, lệ phí

...

7. Chấm dứt việc thu, nộp lệ phí môn bài từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.

...

Tiếp đó, căn cứ khoản 4 Điều 6 Nghị định 362/2025/NĐ-CP quy định về hiệu lực thi hành như sau:

Hiệu lực thi hành

...

4. Bãi bỏ Nghị định số 139/2016/NĐ-CP ngày 04 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định về lệ phí môn bài và Nghị định số 22/2020/NĐ-CP ngày 24 tháng 02 năm 2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 139/2016/NĐ-CP ngày 04 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định về lệ phí môn bài.

..

Căn cứ điểm 1 mục I Thông tư 96/2002/TT-BTC ngày 24/10/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định 75/2002/NĐ-CP ngày 30/8/2002 của Chính phủ về việc điều chỉnh mức thuế môn bài (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 42/2003/TT-BTC ngày 07/5/2003 của Bộ Tài chính);

Căn cứ khoản 1 Điều 2 Nghị định 139/2016/NĐ-CP quy định về người nộp lệ phí môn bài như sau:

Người nộp lệ phí môn bài

Người nộp lệ phí môn bài là tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, trừ trường hợp quy định tại Điều 3 Nghị định này, bao gồm:

1. Doanh nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật.

...

Căn cứ khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về nghĩa vụ chung của người nộp thuế.

Căn cứ điểm d, điểm e khoản 1 Điều 7 Nghị định 252/2026/NĐ-CP có nội dung như sau:

Trách nhiệm của người nộp thuế, cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân có liên quan đến đăng ký thuế

...

d) Người nộp thuế khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế có trách nhiệm:

d.1) Hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ (nếu có) theo quy định với cơ quan quản lý thuế, bao gồm cả các nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh, nghĩa vụ thuế theo mã số thuế nộp thay (nếu có);

d.2) Trường hợp người nộp thuế là đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc thì toàn bộ các đơn vị phụ thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản;

đ) Người nộp thuế có hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế có trách nhiệm nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế còn thiếu, hoàn thành nộp đầy đủ số tiền thuế và các khoản thu khác với cơ quan thuế trước khi khôi phục mã số thuế, trừ trường hợp được cơ quan có thẩm quyền khôi phục tình trạng pháp lý hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp nhận nộp dần tiền thuế nợ theo quy định tại khoản 6 Điều 48 Luật Quản lý thuế;

e) Người nộp thuế bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký có trách nhiệm:

e.1) Người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ thuế trong thời gian bị cơ quan thuế thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký bao gồm cả địa chỉ đăng ký của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh, chấp hành các thông báo, quyết định của cơ quan quản lý thuế và cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật;

e.2) Người nộp thuế không được thực hiện thủ tục tạm ngừng hoạt động, kinh doanh khi cơ quan thuế đã có thông báo về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và chỉ được thực hiện thủ tục tạm ngừng hoạt động, kinh doanh sau khi hoàn thành thủ tục khôi phục mã số thuế;

...

Căn cứ Điều 14 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về nghĩa vụ phải hoàn thành trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế như sau:

Các nghĩa vụ người nộp thuế phải hoàn thành trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế

1. Người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn theo quy định của pháp luật về hóa đơn.

2. Hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ (nếu có) theo quy định tại điểm d.1 khoản 1 Điều 7 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

3. Trường hợp đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc thì toàn bộ các đơn vị phụ thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản.

Đồng thời tại Công văn 645/CT-CS năm 2026 cũng có hướng dẫn như sau:

Theo đó, ngày 18/9/2026 Cục Thuế ban hành Công văn 6938/CT-QLNT năm 2026 Tải về trả lời vướng mắc đối với khoản thu lệ phí môn bài như sau:

Như vậy, căn cứ các quy định nêu trên, doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (mã số thuế ở trạng thái 06 theo quy định tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 90/2026/TT-BTC) thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì phải trách nhiệm hoàn thành các nghĩa vụ theo quy định, trong đó bao gồm việc nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế/lệ phí môn bài.

Theo đó, đối với lệ phí môn bài đã chấm dứt việc thu từ 01/01/2026. Tuy nhiên, doanh nghiệp ở trạng thái 06 còn nợ lệ phí môn bài từ năm 2025 trở về trước thì có trách nhiệm phải nộp đúng, đủ vào ngân sách nhà nước để tránh bị nợ thuế.

Doanh nghiệp ở trạng thái 06 vẫn phải nộp lệ phí môn bài khi thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế?

Các nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế hiện nay theo Thông tư 90/2026?

Căn cứ theo khoản 3 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định 04 nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế hiện nay cụ thể như sau:

(1) Mã số thuế không được sử dụng theo quy định của pháp luật quản lý thuế từ ngày cơ quan thuế thông báo chấm dứt hiệu lực;

(2) Mã số thuế của tổ chức khi đã chấm dứt hiệu lực không được sử dụng lại, trừ trường hợp được khôi phục mã số thuế;

(3) Khi doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác và cá nhân chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì đồng thời phải thực hiện chấm dứt hiệu lực đối với mã số thuế nộp thay;

(4) Người nộp thuế là đơn vị chủ quản chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì các đơn vị phụ thuộc phải bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Phát hiện khai thiếu số tiền thuế khi kiểm tra thuế thì người nộp thuế sẽ phải nộp tiền chậm nộp đúng không?

Căn cứ theo điểm c khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025 quy định xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác như sau:

Xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác

1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp bao gồm:

a) Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác so với thời hạn nộp, thời hạn gia hạn nộp quy định tại Điều 14 của Luật này;

b) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác làm tăng số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc giảm số tiền thuế, khoản thu khác đã được miễn, giảm, hoàn, không thu;

c) Cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện người nộp thuế khai thiếu số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc phát hiện số tiền thuế, khoản thu khác đã hoàn, đã miễn, đã giảm, đã không thu lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác được hoàn, được miễn, được giảm, không thu;

d) Trường hợp được nộp dần tiền thuế nợ quy định tại khoản 6 Điều 48 của Luật này;

...

Như vậy, trường hợp cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện người nộp thuế khai thiếu số tiền thuế thì khi đó người nộp thuế sẽ phải nộp tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày.