Công văn 3553/VLO-QLDN3 hướng dẫn áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn thế nào?

Công văn 3553/VLO-QLDN3 hướng dẫn áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn thế nào?

Đầu tiên, căn cứ tại Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế TNDN như sau:

Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo ngành, nghề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều này. Mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại Điều 13, Điều 14 của Luật này.

...

Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau theo quy định của Luật này đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.

2. Ngành, nghề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:

...

l) Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản.

Thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản quy định tại điểm này phải đáp ứng các điều kiện quy định tại khoản 1 Điều 4 của Luật này;

...

3. Địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do Chính phủ quy định, bao gồm:

a) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

b) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

c) Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.

4. Chính phủ quy định việc áp dụng ưu đãi thuế đối với các trường hợp sau đây:

a) Trường hợp áp dụng ưu đãi thuế theo tiêu chí địa bàn;

b) Trường hợp ưu đãi thuế trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp;

...

Theo đó, tại khoản 2 Điều 13 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định Thuế suất ưu đãi như sau:

Thuế suất ưu đãi

...

2. Áp dụng thuế suất 10% đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm k, điểm l khoản 2 Điều 12 của Luật này tại địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm b khoản 3 Điều 12 của Luật này;

...

3. Áp dụng thuế suất 15% đối với thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm l khoản 2 Điều 12 của Luật này không thuộc địa bàn quy định tại khoản 3 Điều 12 của Luật này.

...

Tiếp theo, căn cứ tại Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế như sau:

Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế

1. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại các điều 13, 14 và 15 của Luật này áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư thuộc điểm g khoản 2 Điều 12 của Luật này) quy định tại Điều 13, Điều 14 của Luật này không áp dụng đối với các trường hợp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp và trường hợp khác do Chính phủ quy định.

2. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế quy định tại các điều 4, 13, 14 và 15 của Luật này với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được ưu đãi thuế; trường hợp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí của hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc tổng chi phí của doanh nghiệp.

…

5. Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế thì cơ quan có thẩm quyền thực hiện truy thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật.

Tại khoản 1 Điều 20 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định như sau:

Điều khoản chuyển tiếp

1. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm cấp phép hoặc cấp Giấy chứng nhận đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư, trường hợp pháp luật về thuế thu nhập doanh 3 nghiệp có sửa đổi, bổ sung mà doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của pháp luật tại thời điểm cấp phép, cấp Giấy chứng nhận đầu tư, được phép đầu tư hoặc theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung cho thời gian còn lại.

...

Căn cứ tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định Thu nhập được miễn thuế TNDN như sau:

Thu nhập được miễn thuế

Thu nhập được miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 4 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, bao gồm:

1. Thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản; thu nhập của doanh nghiệp từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến, thuê gia công, nhận gia công chế biến) ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập của hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã từ sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản (kể cả trường hợp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến, thuê gia công, nhận gia công chế biến), sản xuất muối.

…

b) Thu nhập của sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản được miễn thuế phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

b1) Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên. Nguyên liệu đầu vào của hoạt động chế biến nông sản, thủy sản phải là nông sản, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường (bao gồm cả phụ phẩm của quá trình sơ chế nông sản, thủy sản);

b2) Sản phẩm, hàng hóa từ chế biến nông sản, thủy sản không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt.

...

Đồng thời, căn cứ Điều 18 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

…

2. Ngành, nghề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm các trường hợp sau:

…

l) Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản. Thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản quy định tại điểm này phải đáp ứng các điều kiện quy định tại điểm b1 và điểm b2 khoản 1 Điều 4 của Nghị định này.

…

3. Địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:

a) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư, trừ địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn quy định tại số thứ tự 55 Phụ lục III danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư ban hành kèm theo Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26 tháng 3 năm 2021 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại khoản 37 Điều 1 Nghị định số 239/2025/NĐ-CP ngày 03 tháng 9 năm 2025 của Chính phủ);

b) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn theo quy định của pháp luật về đầu tư, trừ địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn quy định tại số thứ tự 55 Phụ lục III danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư ban hành kèm theo Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26 tháng 3 năm 2021 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại khoản 37 Điều 1 Nghị định số 239/2025/NĐ-CP ngày 03 tháng 9 năm 2025 của Chính phủ);

c) Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.

...

Theo Điều 19 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định về thuế suất ưu đãi như sau:

Thuế suất ưu đãi

…

2. Áp dụng thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với: a) Thu nhập của doanh nghiệp tại địa bàn ưu đãi thuế quy định tại điểm b khoản 3 Điều 18 của Nghị định này từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm k và điểm l khoản 2 Điều 18 của Nghị định này;

…

3. Áp dụng thuế suất 15% trong suốt thời gian hoạt động đối với thu nhập của doanh nghiệp không thuộc địa bàn quy định tại khoản 3 Điều 18 của Nghị định này từ hoạt động thuộc ngành, nghề quy định tại điểm l khoản 2 Điều 18 của Nghị định này.

Căn cứ điểm c khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

…

2. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất:

…

c) Trường hợp doanh nghiệp có khoản thu nhập trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp vừa đáp ứng điều kiện theo ngành, nghề ưu đãi thuế khác hoặc theo địa bàn ưu đãi mà doanh nghiệp lựa chọn hưởng ưu đãi theo ngành, nghề ưu đãi khác hoặc theo địa bàn ưu đãi thuế thì sau khi hết thời gian ưu đãi theo ngành nghề ưu đãi khác hoặc theo địa bàn ưu đãi (bao gồm cả thời gian miễn thuế, giảm thuế và thuế suất ưu đãi) thì được chuyển sang áp dụng mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn thuế áp dụng đối với lĩnh 5 vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp theo quy định tại Nghị định này

Bên cạnh đó, Thuế tỉnh Vĩnh Long đã ban hành Công văn 3553/VLO-QLDN3 ngày 15/10/2026 hướng dẫn áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn. Cụ thể như sau:

- Công ty có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp thì được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật tại thời điểm cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc được chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư hoặc được phép đầu tư theo quy định của pháp luật chuyên ngành.

- Trường hợp Công ty xác định đáp ứng điều kiện và lựa chọn chuyển đổi ưu đãi theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP thì sau khi hết thời gian ưu đãi theo ngành nghề ưu đãi khác hoặc theo địa bàn ưu đãi (bao gồm cả thời gian miễn thuế, giảm thuế và thuế suất ưu đãi), Công ty được chuyển sang áp dụng mức thuế suất ưu đãi đối với thu nhập trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp.

Trường hợp Công ty đã lựa chọn hưởng ưu đãi theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 23 Nghị định 20/2025/NĐ-CP thì áp dụng mức ưu đãi đã lựa chọn cho toàn bộ thời gian hưởng ưu đãi còn lại; sau khi lựa chọn Công ty không được chuyển sang áp dụng ưu đãi theo tiêu chí khác.

- Trường hợp Công ty không đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế thì cơ quan có thẩm quyền thực hiện truy thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật theo quy định tại khoản 5 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025

>> Tải về Công văn 3553/VLO-QLDN3 năm 2026

Công văn 3553/VLO-QLDN3 hướng dẫn áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn thế nào? (Hình từ Internet)

Những địa bàn được hưởng ưu đãi thuế TNDN là những địa bàn nào?

Căn cứ theo Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định về nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế TNDN như sau:

Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

...

3. Địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do Chính phủ quy định, bao gồm:

a) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

b) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

c) Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.

...

Như vậy, theo quy định hiện hành có 03 khu vực địa bàn được hưởng ưu đãi thuế TNDN bao gồm:

- Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

- Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

- Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.

Theo Nghị định 320, thu nhập chịu thuế và bù trừ thu nhập chịu thuế TNDN được quy định như thế nào?

Tại Điều 6 Nghị định 320/2026/NĐ-CP quy định thu nhập chịu thuế và bù trừ thu nhập chịu thuế trong kỳ tính thuế như sau:

(1) Doanh nghiệp có nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh trong kỳ tính thuế thì thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh là tổng thu nhập của tất cả các hoạt động sản xuất, kinh doanh.

(2) Trường hợp doanh nghiệp có hoạt động sản xuất, kinh doanh bị lỗ thì được bù trừ số lỗ vào thu nhập chịu thuế của các hoạt động sản xuất, kinh doanh có thu nhập do doanh nghiệp tự lựa chọn, trừ trường hợp quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 6 Nghị định 320/2026/NĐ-CP.

Phần thu nhập chịu thuế còn lại sau khi bù trừ áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp của hoạt động sản xuất, kinh doanh còn thu nhập.

(3) Trường hợp doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư bị lỗ thì không bù trừ với thu nhập chịu thuế của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế có thu nhập.

(4) Thu nhập chịu thuế từ hoạt động chuyển nhượng dự án đầu tư thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản; chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản; chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản phải xác định riêng để kê khai nộp thuế, không được bù trừ lỗ, lãi với hoạt động sản xuất, kinh doanh trong kỳ tính thuế.