Hướng dẫn cách Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, đầu ra bỏ sót mới nhất 2026 chi tiết ra sao?

Hướng dẫn cách Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, đầu ra bỏ sót mới nhất 2026 chi tiết ra sao?

Dưới đây là Hướng dẫn cách Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, đầu ra bỏ sót mới nhất 2026 chi tiết như sau:

Theo khoản 1 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì Mẫu biểu tờ khai thuế GTGT Mẫu 01/GTGT được sử dụng bắt đầu từ kỳ tính thuế quý 3/2026 trở đi và từ quý 2/2026 trở về trước thì doanh nghiệp vẫn dùng mẫu 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.

* Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót:

Theo ghi chú của tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT được ban hành kèm theo Phụ lục I Thông tư 89/2026/TT-BTC có hướng dẫn như sau:

4. Chỉ tiêu [37] và [38]:

- Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 05 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào chỉ tiêu [37] kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng (không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế). Trường hợp sau khi điều chỉnh, cơ sở kinh doanh có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào chỉ tiêu [38] kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

- Trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thực hiện khai vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau (không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế).

- Trường hợp người mua nhận được hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế thuộc các trường hợp theo quy định tại khoản 5 Điều 10 Thông tư số 91/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính thì kê khai vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] của kỳ tính thuế nhận được hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế (không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế).

- Trường hợp người nộp thuế chuyển đổi phương pháp tính thuế từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp trực tiếp trên doanh thu thì kê khai điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hết vào chỉ tiêu [37] tại kỳ tính thuế cuối cùng trước khi chuyển đổi phương pháp tính thuế (không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế).

- Các trường hợp khác thực hiện theo quy định tại Điều 12 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ và Phụ lục II Thông tư này.

Theo đó, khi doanh nghiệp phát sinh hóa đơn đầu vào bị bỏ sót (kê khai sót, chưa kê khai hóa đơn đầu vào này vào kỳ gốc, kỳ phát sinh hóa đơn đầu vào) thì sẽ:

+ Không phải khai bổ sung tờ khai thuế

+ Không thực hiện kê khai vào chỉ tiêu 23, 24, 25

+ Mà sẽ thực hiện kê khai số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn bị bỏ sót đó vào vào chỉ tiêu [38] tháng, quý phát hiện sai, sót

(Với chỉ tiêu [38] là Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước)

(Vì việc việc khai thuế nếu thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót thì chỉ có thể làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thôi. Nên với trường hợp bỏ sót hóa đơn đầu vào nên sẽ kê khai thẳng vào chỉ tiêu [38] Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước).

Trước ngày 01/07/2026, chưa có vẫn bản hướng dẫn cụ thể là số thuế GTGT đầu vào bị bỏ sót thì sẽ kê khai vào chỉ tiêu nào trên tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT. Mà chỉ có các hướng dẫn chung chung như sau:

Tại điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 như sau:

Điều 14. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau;

Tại khoản 6, điều 23 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực từ ngày 01/7/2025 thì:

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

Thuế GTGT là loại thuế có kỳ kê khai theo tháng hoặc theo quý (tùy theo từng điều kiện của doanh nghiệp áp dụng)

+ "Tháng, quý phát hiện sai sót": là tháng hoặc quý phát hiện ra có số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót

+ Còn "Tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót": là tháng hoặc quý bị sai, sót

Nếu công ty thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo quý thì xác định theo quý.

Còn nếu công ty thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo tháng thì xác định theo tháng.

Ví dụ: Công ty thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo quý

Ngày 20/04/2026, phát hiện ra quý 1/2026 đã kê khai sót hóa đơn đầu vào được lập ngày 10/01/2026 (Chưa kê khai hóa đơn đầu vào này vào tờ khai thuế GTGT của quý 1/2026) => quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót là quý 2/2026.

Theo điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 hoặc theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó.

Mà hóa đơn đầu vào được lập ngày 10/01/2026 tức là phát sinh trong quý 1/2026 => Được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của quý 1/2026

Nhưng vì quý 1/2026 chưa kê khai hóa đơn đầu vào số nên đã phát sinh ra việc kê khai sót.

=> Quý phát hiện sai sót: là quý 2/2026 (ngày phát hiện ra kê khai sót là ngày 20/05/2026 => thuộc vào quý 2/2026)

Trường hợp 1: Khi việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn

-> Kê khai vào tháng, quý phát sinh số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót

Trường hợp 2: Khi việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau;

-> Kê khai vào kỳ phát hiện sai sót

Ví dụ: Công ty thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo quý

Ngày 20/07/2026, phát hiện ra quý 1/2026 đã kê khai sót 1 hóa đơn đầu vào phát sinh ngày 20/01/2026

=> Quý phát hiện sai sót: là quý 3/2026 (ngày phát hiện là 20/07/2026 thuộc vào quý 3/2026)

=> Quý phát sinh sai sót: là quý 1/2026 (hóa đơn đầu vào phát sinh ngày 20/02/2026 thuộc quý 1/2026 => Vì không kê khai hóa đơn đầu vào này vào kỳ quý 1/2026 nên làm cho kỳ quý 1/2026 phát sinh việc kê khai sai, sót)

=> Công ty sẽ thực hiện kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót này vào kỳ phát hiện là kỳ quý 3/2026.

* Cách kê khai hóa đơn đầu ra bị bỏ sót

Hóa đơn đầu ra xuất bán phát sinh kỳ nào thì phải thực hiện kê khai vào đó kỳ đó.

Trường hợp phát hiện ra hóa đơn đầu ra bị bỏ sót thì phải thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh cho kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó theo quy định.

Ví dụ: Vào ngày 20/7/2026 (tức là Quý 3/2026), Công ty phát hiện hóa đơn GTGT đầu ra phát sinh vào ngày 20/01/2026 (tức là phát sinh vào Quý 1/2026) chưa kê khai (tức là quý 1/2026 đã kê khai bỏ sót hóa đơn đầu ra này) thì:

- Công ty không được kê khai hóa đơn đầu ra vào kỳ phát hiện (kỳ quý 3/2026).

- Mà Công ty sẽ phải thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế Quý 1/2026: điều chỉnh tăng doanh thu và số thuế GTGT đầu ra trên hóa đơn đầu ra vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 1/2026.

Hướng dẫn cách Kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, đầu ra bỏ sót mới nhất 2026 chi tiết ra sao? (Hình từ Internet)

Những đối tượng nào được sử dụng hóa đơn bán hàng?

Căn cứ khoản 2 Điều 8 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định các tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh sử dụng hóa đơn bán hàng cụ thể như sau:

- Tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khai, tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp sử dụng cho các hoạt động:

+ Bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong nội địa;

+ Hoạt động vận tải quốc tế;

+ Xuất vào khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu;

+ Xuất khẩu hàng hóa, cung cấp dịch vụ ra nước ngoài.

- Tổ chức kinh tế, cá nhân trong khu phi thuế quan khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ vào nội địa và khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ giữa các tổ chức kinh tế, cá nhân trong khu phi thuế quan với nhau, xuất khẩu hàng hóa, cung cấp dịch vụ ra nước ngoài, trên hóa đơn ghi rõ “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan”.

Doanh nghiệp chế xuất có hoạt động kinh doanh khác (ngoài hoạt động chế xuất theo quy định pháp luật về khu công nghiệp, khu chế xuất) khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp thì sử dụng hóa đơn theo điểm a khoản này. Doanh nghiệp chế xuất khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thì sử dụng hóa đơn theo quy định tại khoản 1 Điều 8 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.

Quy định về chuyển đổi hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử thành hóa đơn, chứng từ giấy thế nào?

Tại khoản 4 Điều 5 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về chuyển đổi hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử thành hóa đơn, chứng từ giấy như sau:

- Việc chuyển đổi hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử thành hóa đơn, chứng từ giấy phải bảo đảm sự khớp đúng giữa nội dung của hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử và hóa đơn, chứng từ giấy sau khi chuyển đổi, đáp ứng yêu cầu tại khoản 2 Điều 12 Luật Giao dịch điện tử;

- Hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử hợp pháp được chuyển đổi thành hóa đơn, chứng từ giấy trong các trường hợp sau:

+ Theo yêu cầu của cơ quan kiểm toán, thanh tra, kiểm tra, điều tra và theo quy định của pháp luật về thanh tra, kiểm tra và điều tra;

+ Theo nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh để phục vụ việc ghi sổ, theo dõi theo quy định của pháp luật về kế toán. Hóa đơn chuyển đổi trong trường hợp này không có hiệu lực để giao dịch, thanh toán, trừ trường hợp hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu với cơ quan thuế theo quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP.