Công văn 6936/CT-QLTT xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo kết quả phân loại như thế nào?

Công văn 6936/CT-QLTT xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo kết quả phân loại như thế nào?

Cục Thuế đã có Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/09/2026 về việc thực hiện một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT.

>> Tải về Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026

Căn cứ Điều 18, Điều 33 Luật Quản lý thuế 2025; Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ; Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính; khoản 3 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 và các quy định pháp luật có liên quan, Cục Thuế đề nghị Thuế các tỉnh, thành phố quán triệt và tổ chức thực hiện thống nhất nội dung về xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo kết quả phân loại như sau:

(1) Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước:

- Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ có rủi ro trong quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn thuế trước và được hoàn khi đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Trường hợp Hệ thống xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì chỉ xem xét, xử lý đối với phần số tiền có rủi ro, không chuyển toàn bộ số tiền đề nghị hoàn sang diện kiểm tra trước hoàn, trừ trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định của pháp luật.

- Cơ quan thuế không chờ kết quả kiểm tra, xác minh phần số tiền có rủi ro mới giải quyết phần số tiền còn lại nếu phần số tiền này đã đủ điều kiện giải quyết theo trình tự hoàn thuế trước.

- Đối với phần số tiền thuộc diện kiểm tra trước hoàn, nội dung yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, kiểm tra, xác minh phải gắn với nội dung, giao dịch, hóa đơn và phần số tiền cần làm rõ; không mở rộng phạm vi chỉ vì phát sinh cảnh báo rủi ro tại một chủ thể trong chuỗi cung ứng, trừ trường hợp trong quá trình kiểm tra, xác minh phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro hoặc thuộc trường hợp phải kiểm tra theo quy định.

(2) Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế:

Cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ theo quy định tại Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC; trên cơ sở kết quả kiểm tra, xác minh xác định rõ số tiền đủ điều kiện được hoàn, số tiền không được hoàn và số tiền chưa đủ điều kiện được hoàn theo quy định.

Công văn 6936/CT-QLTT xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT theo kết quả phân loại như thế nào? (Hình từ Internet)

Hồ sơ hoàn thuế GTGT được xử lý theo mức độ rủi ro nào?

Căn cứ theo Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác như sau:

Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác

...

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, văn bản hướng dẫn thi hành Luật và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Đối với phân loại rủi ro người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế, căn cứ kết quả phân loại tại Điều 13 Thông tư này và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế như sau:

1. Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

a) Rủi ro cao:

a.1) Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp quy định tại điểm a.2 khoản này).

a.2) Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một (01) hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

b) Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

b.1) Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trên cơ sở các quy định pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu, Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế xác định và đưa ra số thuế chưa phát hiện được rủi ro theo quy định.

...

Như vậy, hồ sơ hoàn thuế GTGT được cơ quan thuế xử lý theo mức độ rủi ro. Cụ thể:

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, trừ trường hợp đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a.2 khoản 1 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC thì được hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro trung bình và rủi ro thấp: được hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trường hợp kinh doanh hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT thì có được hoàn thuế không?

Căn cứ theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

Đối tượng không chịu thuế

...

26. Hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp sau đây:

a) Quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức chính trị xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

b) Quà biếu, quà tặng trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho cá nhân Việt Nam; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo tiêu chuẩn miễn trừ ngoại giao và tài sản di chuyển trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

c) Hàng hoá trong tiêu chuẩn hành lý miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

d) Hàng hóa nhập khẩu ủng hộ, tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thảm họa, thiên tai, dịch bệnh, chiến tranh theo quy định của Chính phủ;

đ) Hàng hóa mua bán, trao đổi qua biên giới để phục vụ cho sản xuất, tiêu dùng của cư dân biên giới thuộc Danh mục hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới theo quy định của pháp luật và trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

e) Di vật, cổ vật, bảo vật quốc gia theo quy định của pháp luật về di sản văn hóa do cơ quan nhà nước có thẩm quyền nhập khẩu.

27. Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này không được khấu trừ, không được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 9 của Luật này.

28. Chính phủ quy định chi tiết Điều này. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định hồ sơ, thủ tục xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này.

Như vậy, nếu như cơ sở kinh doanh có hoạt động kinh doanh các loại hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT thì sẽ không được hoàn thuế GTGT trừ trường hợp quy áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.