Từ 01/7/2026, hồ sơ hoàn thuế GTGT được xử lý theo mức độ rủi ro như thế nào?

Từ 01/7/2026, hồ sơ hoàn thuế GTGT được xử lý theo mức độ rủi ro như thế nào?

Ngày 01/07/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Căn cứ theo Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác như sau:

Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác

...

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, văn bản hướng dẫn thi hành Luật và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Đối với phân loại rủi ro người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế, căn cứ kết quả phân loại tại Điều 13 Thông tư này và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế như sau:

1. Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

a) Rủi ro cao:

a.1) Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp quy định tại điểm a.2 khoản này).

a.2) Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một (01) hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

b) Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

b.1) Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trên cơ sở các quy định pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu, Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế xác định và đưa ra số thuế chưa phát hiện được rủi ro theo quy định.

...

Như vậy, từ ngày 01/7/2026, hồ sơ hoàn thuế GTGT được cơ quan thuế xử lý theo mức độ rủi ro. Cụ thể:

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, trừ trường hợp đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a.2 khoản 1 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC thì được hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro trung bình và rủi ro thấp: được hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Từ 01/7/2026, hồ sơ hoàn thuế GTGT được xử lý theo mức độ rủi ro như thế nào? (Hình từ Internet)

Cơ quan thuế kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp nào?

Căn cứ tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định kiểm tra thuế như sau:

Kiểm tra thuế

....

3. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

a) Cơ quan thuế kiểm tra thuế trong các trường hợp sau: trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế; trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề; trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền; người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh; trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều này; trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế; trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao;

b) Cơ quan hải quan kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp quy định tại điểm a khoản này; kiểm tra sau thông quan thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế theo quy định của pháp luật có liên quan.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế đối với hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện;

c) Đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Quy định này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra lại quy định tại điểm a khoản 6 Điều này;

...

Theo đó, cơ quan thuế kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế trong các trường hợp sau:

- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;

- Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;

- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

- Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;

- Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;

- Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025;

- Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế; trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.

Các hành vi nào bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định hiện hành?

Theo Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT hiện nay bao gồm:

- Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.

- Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.

- Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.

- Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.

- Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.

- Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.

- Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

- Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.