Có hóa đơn đầu vào từ Công ty thuộc DS Công ty 'ma', có rủi ro về hóa đơn, thuế xử lý như thế nào?

Có hóa đơn đầu vào từ Công ty thuộc DS Công ty "ma", có rủi ro về hóa đơn, thuế xử lý như thế nào?

Trước đó, ngày 22/08/2014, Tổng cục Thuế (nay là Cục Thuế) đã có Công văn 11797/BTC-TCT năm 2014 hướng dẫn xử lý khi hóa đơn đầu vào từ các doanh nghiệp nằm trong danh sách doanh nghiệp "ma" có rủi ro cao về thuế, hóa đơn thì xử lý như sau:

(1) Trường hợp hóa đơn phát sinh trước ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn:

- Cơ quan thuế phải kiểm tra xem xét, đối chiếu với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp để xác định có hàng hóa thực tế mua hay mua bán hóa đơn khống để xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật: có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của doanh nghiệp bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

(2) Nếu hóa đơn phát sinh sau ngày doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn: doanh nghiệp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

(3) Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT: Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền. Doanh nghiệp chỉ được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn không có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

(4) Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT: thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ.

(5) Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định.

(6) Trường hợp hóa đơn của doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế mà chứng minh được việc mua bán có thật, đúng quy định thì doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

(7) Trường hợp doanh nghiệp có hóa đơn của doanh nghiệp rủi ro cao về thuế, hóa đơn phát hành nhưng không chứng minh được việc mua bán là có thật thì phải kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTG đã khấu trừ và không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp. Ngoài ra tùy vào dấu hiếu vi phạm, cơ quan thuế sẽ xem xét và đưa ra kết luận xem đây có phải hành vi mua bán khống hóa đơn hay không và có quyết định xử phạt tương ứng.

Theo đó, nhằm bảo vệ doanh nghiệp trước các rủi ro trong tương lai, các doanh nghiệp cần lưu ý xem xét tra cứu kỹ về tình trạng hoạt động của doanh nghiệp xuất hóa đơn đầu vào và lưu trữ đầy đủ, cẩn thận những chứng từ chứng minh việc mua bán hàng hóa dịch vụ.

Để chứng minh được tính xác thực của hoạt động mua bán hàng hóa, dịch vụ và bị yêu cầu xuất toán chi phí, gây ra thiệt hại về thuế cho doanh nghiệp trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giải trình.

Lưu ý: Hướng dẫn trên mang tính tham khảo do các nội dung trên đang thực hiện dựa trên các quy định hiện hành tại thời điểm ban hành Công văn 11797/BTC-TCT.

Do đó, doanh nghiệp cần xác định chính xác trường hợp và thời điểm áp dụng quy định hoặc liên hệ với cơ quan thuế quản lý để giải quyết chính xác và phù hợp nhất.

Xem thêm: Cách tra cứu hóa đơn đầu vào, hóa đơn bán ra online mới nhất 2025

Có hóa đơn đầu vào từ Công ty thuộc DS Công ty 'ma', có rủi ro về hóa đơn, thuế xử lý như thế nào?

Trình tự xử lý khi mất hóa đơn đầu vào, doanh nghiệp như thế nào?

Căn cứ Điều 28 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định việc xử lý mất, cháy, hỏng hóa đơn đặt in đã mua của cơ quan thuế như sau:

Xử lý mất, cháy, hỏng hóa đơn đặt in đã mua của cơ quan thuế

1. Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Mẫu số BC21/HĐG Phụ lục IA ban hành kèm theo Nghị định này chậm nhất không quá 05 ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp ngày cuối cùng (ngày thứ 05) trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.

2. Trường hợp khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ người bán đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó người bán hoặc người mua làm mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập thì người bán và người mua lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ liên 1 của hóa đơn người bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, ký và ghi rõ họ tên của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền), đóng dấu (nếu có) trên biên bản và người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao hóa đơn để giao cho người mua. Người mua được sử dụng hóa đơn bản sao có ký xác nhận, đóng dấu (nếu có) của người bán kèm theo biên bản về việc mất, cháy, hỏng liên 2 hóa đơn để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Người bán và người mua phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.

Trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ ba (ví dụ: bên thứ ba là bên vận chuyển hàng hoặc bên chuyển hóa đơn) thì căn cứ vào việc bên thứ ba do người bán hoặc người mua thuê để xác định trách nhiệm và xử phạt người bán hoặc người mua theo quy định.

Như vậy, khi mất hóa đơn đầu vào, doanh nghiệp có thể xử lý theo trình tự như sau:

(1) Lập biên bản ghi nhận sự việc

Người mua và người bán cùng lập biên bản ghi nhận sự việc.

Biên bản phải có các nội dung chính: ghi rõ việc bên mua làm mất hóa đơn đầu vào (liên 2), thông tin về hóa đơn đã mất và thông tin liên 1 của người bán (đã khai nộp thuế vào thời gian nào), họ tên, chữ ký của người đại diện pháp luật (hoặc người được ủy quyền) và đóng dấu xác thực của cả hai bên.

(2) Báo cáo với cơ quan thuế

Doanh nghiệp lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng hóa đơn theo Mẫu số BC21/HĐG Phụ lục IA ban hành kèm theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 05 ngày kể từ ngày phát hiện

Tải Mẫu số BC21/HĐG tại đây: Tải về

Thời hạn nộp báo cáo là trong vòng 05 ngày kể từ ngày phát hiện mất hóa đơn.

(3) Sử dụng bản sao hóa đơn

Người bán sao chụp liên 1 của hóa đơn, ký xác nhận của người đại diện theo pháp luật và đóng dấu trên bản sao để giao cho người mua.

Người mua được phép sử dụng bản sao hóa đơn này kèm theo biên bản ghi nhận sự việc để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế hợp lệ.

Lưu ý:

Cả người bán và người mua đều phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của việc khai báo mất hóa đơn.

Hiện nay, hầu hết doanh nghiệp đã chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử, vì vậy việc mất hóa đơn đầu vào chủ yếu chỉ còn áp dụng cho hóa đơn giấy.

Hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT?

Căn cứ tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT như sau:

- Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.

- Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.

- Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.

- Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.

- Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.

- Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.

- Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

- Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

Lưu ý: Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2025, trừ trường hợp quy định về mức doanh thu của hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh thuộc đối tượng không chịu thuế tại khoản 25 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 17 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.