Khai bổ sung thuế GTGT đầu vào bị sai sót như thế nào?

Khai bổ sung thuế GTGT đầu vào bị sai sót như thế nào?

Ngày 25/09/2026 Cục thuế ban hành Công văn 7118/CT-QLNT năm 2026 hướng dẫn việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào bị sai sót xử lý như sau:

TẢI VỀ Công văn 7118/CT-QLNT năm 2026

Theo đó, Cục Thuế đã phản hồi vướng mắc cách xử lý đối với trường hợp kê khai sai, sót hồ sơ khai thuế như sau:

Căn cứ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Khai thuế, khoản thu khác; tính thuế, khoản thu khác; khấu trừ thuế

...

5. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

...

Căn cứ Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác như sau:

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác

1. Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế và quy định tại Điều này. Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế bảo đảm xác định đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế nhưng không làm thay đổi hiệu lực của các kết luận, quyết định xử lý qua thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền.

...

Căn cứ khoản 3 Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chung về khai, tính, phân bổ thuế, khoản thu khác;

Quy định chung về khai, tính, phân bổ thuế, khoản thu khác

...

3. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế thực hiện theo quy định tại điểm 1 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này. Riêng đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã khai thuế theo quy định tại Thông tư số 18/2026/TT-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về hồ sơ, thủ tục quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 50/2026/TT-BTC thì hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế là hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót đã được bổ sung.

Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với một số trường hợp thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.

...

Căn cứ điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

...

đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

...

Căn cứ khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định khấu trừ thuế giá trị gia tăng:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

...

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

...

Từ các quy định nêu trên, việc xử lý sai sót khi kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào được thực hiện như sau:

- Khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai sót: Áp dụng khi việc kê khai thuế GTGT đầu vào sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của kỳ phát sinh sai sót. Người nộp thuế phải nộp đủ số thuế phải nộp tăng thêm hoặc hoàn trả số thuế đã được hoàn tương ứng và tiền chậm nộp (nếu có).

- Kê khai vào kỳ phát hiện sai sót: Áp dụng khi việc kê khai vào kỳ phát sinh sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Việc xử lý các trường hợp nêu trên được thực hiện theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP bảo đảm điều kiện về thời điểm khai thuế theo quy định.

Về hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế thực hiện theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, khoản 3 Điều 17 và Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Về cách kê khai các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT: Thực hiện theo hướng dẫn tại các mẫu biểu tương ứng ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC căn cứ tình hình thực tế và kỳ tính thuế có sai sót của người nộp thuế.

Thanh toán trễ hạn có được khấu trừ bổ sung thuế GTGT đầu vào?

Căn cứ tại điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 4 Nghị định 144/2026/NĐ-CP và Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Theo đó, đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 05 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Nếu chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ GTGT đầu vào. Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.

Sau đó, nếu doanh nghiệp thanh toán trễ hạn và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì được kê khai, khấu trừ bổ sung số thuế GTGT đầu vào tương ứng vào kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Ngoài ra, theo Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp đến hạn thanh toán nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp kê khai số thuế GTGT phải điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu [37] – Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Khi doanh nghiệp thanh toán trễ hạn và có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ lại được kê khai vào chỉ tiêu [38] – Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước của kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán.

Lưu ý: Trường hợp này không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ đã điều chỉnh giảm.

Thuế GTGT đầu vào phát sinh trước khi có giấy chứng nhận đầu tư có được hoàn thuế GTGT hay không?

Đầu tiên, căn cứ khoản 4 Điều 3 Luật Đầu tư 2020 quy định dự án đầu tư là tập hợp đề xuất bỏ vốn trung hạn hoặc dài hạn để tiến hành các hoạt động đầu tư kinh doanh trên địa bàn cụ thể, trong khoảng thời gian xác định.

Theo khoản 1 Điều 33 Luật Đầu tư 2020 quy định hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư do nhà đầu tư đề xuất bao gồm:

Hồ sơ, nội dung thẩm định đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư

1. Hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư do nhà đầu tư đề xuất bao gồm:

a) Văn bản đề nghị thực hiện dự án đầu tư, gồm cả cam kết chịu mọi chi phí, rủi ro nếu dự án không được chấp thuận;

b) Tài liệu về tư cách pháp lý của nhà đầu tư;

c) Tài liệu chứng minh năng lực tài chính của nhà đầu tư gồm ít nhất một trong các tài liệu sau: báo cáo tài chính 02 năm gần nhất của nhà đầu tư; cam kết hỗ trợ tài chính của công ty mẹ; cam kết hỗ trợ tài chính của tổ chức tài chính; bảo lãnh về năng lực tài chính của nhà đầu tư; tài liệu khác chứng minh năng lực tài chính của nhà đầu tư;

d) Đề xuất dự án đầu tư gồm các nội dung chủ yếu sau: nhà đầu tư hoặc hình thức lựa chọn nhà đầu tư, mục tiêu đầu tư, quy mô đầu tư, vốn đầu tư và phương án huy động vốn, địa điểm, thời hạn, tiến độ thực hiện, thông tin về hiện trạng sử dụng đất tại địa điểm thực hiện dự án và đề xuất nhu cầu sử dụng đất (nếu có), nhu cầu về lao động, đề xuất hưởng ưu đãi đầu tư, tác động, hiệu quả kinh tế - xã hội của dự án, đánh giá sơ bộ tác động môi trường (nếu có) theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.

Trường hợp pháp luật về xây dựng quy định lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thì nhà đầu tư được nộp báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thay cho đề xuất dự án đầu tư;

đ) Trường hợp dự án đầu tư không đề nghị Nhà nước giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích sử dụng đất thì nộp bản sao giấy tờ về quyền sử dụng đất hoặc tài liệu khác xác định quyền sử dụng địa điểm để thực hiện dự án đầu tư;

e) Nội dung giải trình về công nghệ sử dụng trong dự án đầu tư đối với dự án thuộc diện thẩm định, lấy ý kiến về công nghệ theo quy định của pháp luật về chuyển giao công nghệ;

g) Hợp đồng BCC đối với dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BCC;

h) Tài liệu khác liên quan đến dự án đầu tư, yêu cầu về điều kiện, năng lực của nhà đầu tư theo quy định của pháp luật (nếu có).

...

Tiếp theo, căn cứ khoản 2 Điều 38 Luật Đầu tư 2020 quy định thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:

Thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

...

2. Đối với dự án đầu tư không thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư quy định tại các điều 30, 31 và 32 của Luật này, nhà đầu tư được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư nếu đáp ứng các điều kiện sau đây:

a) Dự án đầu tư không thuộc ngành, nghề cấm đầu tư kinh doanh;

b) Có địa điểm thực hiện dự án đầu tư;

c) Dự án đầu tư phù hợp với quy hoạch quy định tại điểm a khoản 3 Điều 33 của Luật này;

d) Đáp ứng điều kiện về suất đầu tư trên một diện tích đất, số lượng lao động sử dụng (nếu có);

đ) Đáp ứng điều kiện tiếp cận thị trường đối với nhà đầu tư nước ngoài.

...

Đồng thời, căn cứ khoản 1 Điều 50 Luật Xây dựng 2025 quy định nhà thầu thi công xây dựng có trách nhiệm bảo đảm an toàn, vệ sinh lao động; công trình xây dựng, tài sản, thiết bị, phương tiện trong quá trình thi công xây dựng công trình; bảo vệ môi trường; phòng cháy và chữa cháy.

Tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 175/2024/NĐ-CP quy định về trình tự đầu tư xây dựng:

Trình tự đầu tư xây dựng

1. Trình tự thực hiện đầu tư xây dựng theo quy định tại khoản 1 Điều 50 của Luật Xây dựng năm 2014 được quy định cụ thể như sau:

a) Giai đoạn chuẩn bị dự án gồm các công việc: lập đề xuất chương trình, dự án sử dụng vốn vay ODA và vốn vay ưu đãi nước ngoài (nếu có); lập, thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi đầu tư xây dựng hoặc Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư để quyết định hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư (nếu có); khảo sát xây dựng phục vụ lập dự án; lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch theo pháp luật về quy hoạch đô thị và nông thôn làm cơ sở lập dự án; lập, thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi đầu tư xây dựng hoặc Báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng để phê duyệt dự án, quyết định đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác liên quan đến chuẩn bị dự án;

b) Giai đoạn thực hiện dự án gồm các công việc: chuẩn bị mặt bằng xây dựng, rà phá bom mìn (nếu có); khảo sát xây dựng phục vụ thiết kế triển khai sau thiết kế cơ sở; lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế, dự toán xây dựng; cấp giấy phép xây dựng (đối với công trình theo quy định phải có giấy phép xây dựng); ký kết hợp đồng xây dựng; thi công xây dựng công trình; giám sát thi công xây dựng; tạm ứng, thanh toán khối lượng hoàn thành; vận hành, chạy thử; nghiệm thu hoàn thành công trình xây dựng; quyết toán hợp đồng xây dựng; giám sát, đánh giá dự án đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác liên quan đến thực hiện dự án;

c) Giai đoạn kết thúc xây dựng gồm các công việc: quyết toán hợp đồng xây dựng, quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành, xác nhận hoàn thành công trình; bàn giao công trình đưa vào sử dụng; bảo hành công trình xây dựng, bàn giao các hồ sơ liên quan; giám sát, đánh giá dự án đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác.

...

Bên cạnh đó, căn cứ theo khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về hoàn thuế GTGT đối với đầu tư như sau:

Hoàn thuế giá trị gia tăng

...

2. Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

...

Căn cứ khoản 1, khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

1. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế. Trường hợp pháp luật có quy định về định mức hao hụt tự nhiên thì cơ sở kinh doanh được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa vượt định mức hao hụt không được khấu trừ thuế.

2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (bao gồm cả tài sản cố định), dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế. Trong đó:

...

Tại Điều 30, Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hoàn thuế đối với đầu tư, điều kiện hoàn thuế GTGT.

Căn cứ điểm b khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư.

Tham khảo theo Công văn 7019/CT-QLNT Tải về Cục Thuế có hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

Như vậy, thuế GTGT đầu vào phát sinh trước thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư vẫn có thể được xem xét khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mà không phụ thuộc vào thời điểm cấp giấy chứng nhận.

Theo đó, doanh nghiệp cần có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh hàng hóa, dịch vụ mua vào thực tế phục vụ việc chuẩn bị và thực hiện dự án đầu tư; đồng thời, số thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng các điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định pháp luật về thuế GTGT. Trường hợp đáp ứng các điều kiện này, khoản thuế GTGT đầu vào phát sinh trước khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được xem xét khấu trừ và hoàn thuế theo quy định thuế GTGT.