Một số lưu ý về thời điểm kê khai điều chỉnh hóa đơn đầu vào?

Một số lưu ý về thời điểm kê khai điều chỉnh hóa đơn đầu vào?

Căn cứ điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

...

đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

...

Căn cứ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Khai thuế, khoản thu khác; tính thuế, khoản thu khác; khấu trừ thuế

...

5. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra;

c) Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án;

...

Đồng thời, tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Theo đó, người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 và các trường hợp được quy định cụ thể tại Điều này.

Căn cứ khoản 2 Điều 54 Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp người nộp thuế tự phát hiện đã được hoàn thuế không đúng quy định thì phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, đồng thời nộp số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp tương ứng vào ngân sách nhà nước.

Dưới đây là một số lưu ý về thời điểm kê khai điều chỉnh hóa đơn đầu vào:

1. Phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào kê khai sai, có phải khai bổ sung không?

Tại Công văn 2703/VLO-QLDN3 năm 2026 Tải về, Thuế tỉnh Vĩnh Long hướng dẫn trường hợp doanh nghiệp phát hiện hóa đơn điện tử có số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót.

Cụ thể, nếu việc kê khai điều chỉnh làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì doanh nghiệp không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh tại chỉ tiêu [37] hoặc [38] trên tờ khai thuế GTGT của tháng, quý phát hiện sai sót.

Như vậy, không phải mọi trường hợp phát hiện sai sót về thuế GTGT đầu vào đều phải quay lại khai bổ sung hồ sơ của kỳ phát sinh sai sót. Doanh nghiệp cần căn cứ vào ảnh hưởng của việc điều chỉnh để xác định cách kê khai phù hợp.

2. Hàng mua trả chậm, trả góp quá hạn thanh toán nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì xử lý thế nào?

Căn cứ điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 4 Nghị định 144/2026/NĐ-CP, đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi chưa đến thời điểm thanh toán nếu đáp ứng các điều kiện theo quy định.

Tuy nhiên, đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng mà cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào chỉ tiêu [37] của kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán.

Trường hợp sau khi điều chỉnh, cơ sở kinh doanh có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì được kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào chỉ tiêu [38] của kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Như vậy, đối với hàng mua trả chậm, trả góp từ 05 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp cần lưu ý thời điểm đến hạn thanh toán theo hợp đồng. Nếu đến hạn nhưng chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào được khấu trừ; khi có chứng từ thanh toán hợp lệ thì được kê khai khấu trừ lại theo quy định.

3. Hóa đơn GTGT đầu vào đã lập nhưng chưa kê khai trong kỳ thì xử lý thế nào?

Trường hợp hóa đơn GTGT đầu vào đã được lập nhưng chưa kê khai trong kỳ phát sinh, doanh nghiệp cần căn cứ trạng thái hóa đơn, gồm hóa đơn mới, hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế, đồng thời đối chiếu với thực tế phát sinh tại đơn vị để xác định cách kê khai.

Theo Công văn 2703/VLO-QLDN3, doanh nghiệp thực hiện đối chiếu với các quy định có liên quan và hướng dẫn kê khai tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC để thực hiện đúng quy định.

Do đó, đối với hóa đơn đầu vào chưa được kê khai, doanh nghiệp không nên áp dụng một cách máy móc cho tất cả trường hợp mà cần xác định cụ thể loại hóa đơn, trạng thái hóa đơn và tình huống phát sinh trước khi thực hiện kê khai.

Một số lưu ý về thời điểm kê khai điều chỉnh hóa đơn đầu vào? (Hình từ Internet)

Hiểu đúng quy định có hóa đơn đầu vào chưa chắc được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng?

Hiện hành, tại khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

- Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài;

- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ;

- Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện trên còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có).

Hiện nay, có khá nhiều doanh nghiệp vẫn cho rằng việc mua hàng hóa phục vụ hoạt động kinh doanh có hóa đơn đầy đủ thì toàn bộ thuế GTGT đầu vào sẽ được khấu trừ.

Tuy nhiên, từ những quy định được làm rõ tại Nghị định 144/2026/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP thực tế không phải trường hợp nào cứ có hóa đơn đầu vào là sẽ được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng.

Dưới đây là lưu ý trường hợp mặc dù có hóa đơn đầu vào chưa chắc được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng, cụ thể:

Tại khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 1, khoản 2 Điều 3 Nghị định 144/2026/NĐ-CP quy định việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

...

2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (bao gồm cả tài sản cố định), dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế. Trong đó:

a) Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng; doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng; giá trị gia tăng của hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (trừ trường hợp giá trị gia tăng âm (-)) và doanh thu của hàng hóa, dịch vụ quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định này (nếu có).

Riêng doanh thu của tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài được xác định theo quy định của pháp luật về các tổ chức tín dụng; doanh thu của hoạt động về chứng khoán và thị trường chứng khoán được xác định theo quy định của pháp luật về chứng khoán; doanh thu của hoạt động kinh doanh bảo hiểm được xác định theo quy định của pháp luật về kinh doanh bảo hiểm.

...

Theo đó, có thể hiểu, nếu một khoản chi phí được sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế GTGT và hoạt động không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động chịu thuế.

Nói dễ hiểu, không phải cứ có hóa đơn là được khấu trừ thuế toàn bộ, doanh nghiệp phát sinh một khoản chi dùng chung cho nhiều hoạt động khác nhau. Trong đó có hoạt động được áp dụng thuế GTGT và có hoạt động không thuộc diện chịu thuế. Khi đó doanh nghiệp cần xác định rõ phần nào được khấu trừ và phần nào không được khấu trừ theo quy định.

Nếu không hạch toán riêng được thì doanh nghiệp sẽ phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu phát sinh trong kỳ.

Tuy nhiên, đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, doanh nghiệp được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Hóa đơn đầu vào bị sai sót của tháng trước làm giảm số thuế phải nộp thì kê khai kỳ hiện tại như thế nào?

Hiện hành, mẫu 01/GTGT tờ khai thuế GTGT được quy định tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có hoạt động sản xuất kinh doanh, cụ thể tại chỉ tiêu 37 và 38 như sau:

5. Chỉ tiêu [37] và [38]:

...

- Trường hợp sau khi điều chỉnh, cơ sở kinh doanh có chịng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh được kê khai, khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào chỉ tiêu [38] kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

- Trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thực hiện khai vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau (không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế).

...

Ngoài ra, Thuế tỉnh Gia Lai đã có hướng dẫn tại Hội nghị tập huấn chính sách thuế mới cho người nộp thuế Tải về hướng dẫn kê khai hóa đơn đầu vào bị sai sót của tháng trước làm giảm số thuế phải nộp khi kê khai kỳ hiện tại như sau:

Trường hợp Công ty phát hiện hóa đơn điện tử có số thuế GTGT đầu vào của tháng 4,5,6/2026 khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót, việc khai thuế nếu thực hiện vào các tháng 4,5,6/2026 chỉ làm giảm số thuế giá trị gia tăng phải nộp thì Công ty thực hiện khai vào chỉ tiêu [38] tháng phát hiện sai, sót (tháng 07/2026). Nếu doanh nghiệp bị đưa vào diện cảnh báo/ yêu cầu giải trình hệ số K, cần:

- Chuẩn bị công văn giải trình gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, nêu rõ lý do: hóa đơn phát sinh từ các tháng 4,5,6/2026 nhưng bị bỏ sót, nay kê khai bổ sung theo đúng quy định tại chỉ tiêu [38].

- Kèm theo hồ sơ chứng minh: hóa đơn gốc, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán liên quan (nếu có) để chứng minh giao dịch có thật, hợp pháp.

Như vậy, trường hợp hóa đơn GTGT đầu vào bị sai, sót của các kỳ trước làm giảm số thuế GTGT phải nộp thì doanh nghiệp kê khai số thuế được điều chỉnh vào chỉ tiêu [38] của kỳ phát hiện sai, sót. Nếu bị cảnh báo hoặc yêu cầu giải trình hệ số K, doanh nghiệp cần giải trình nguyên nhân và cung cấp đầy đủ hóa đơn, sổ sách, chứng từ liên quan để chứng minh giao dịch hợp pháp.