Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai vào kỳ nào?

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai vào kỳ nào?

Từ 01/7/2026, cách xử lý thuế GTGT đầu vào bị sai, sót có một số điểm cần lưu ý.

Tuy nhiên, lưu ý trong bài viết này, chỉ nói đến một trường hợp: Hóa đơn đầu vào hợp pháp, đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT nhưng kế toán quên chưa kê khai.

Ví dụ: Tháng 7/2026, doanh nghiệp mua hàng, có hóa đơn GTGT đầu vào 5 triệu đồng. Hóa đơn đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT. Tuy nhiên, khi lập tờ khai thuế GTGT tháng 7/2026, kế toán bỏ sót hóa đơn này.

Đến tháng 9/2026 mới phát hiện. Vậy trường hợp này phải quay lại khai bổ sung tờ khai tháng 7/2026 hay được kê khai vào tháng 9/2026?

[1] Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai vào kỳ nào?

Trước tiên cần nhìn vào quy định về thuế GTGT đầu vào bị sai, sót. Theo khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế.

Cách xác định kỳ kê khai phụ thuộc vào ảnh hưởng của sai sót:

- Nếu đưa số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót về kỳ phát sinh mà làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ phát sinh sai, sót.

- Nếu đưa số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót về kỳ phát sinh mà làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì kê khai tại kỳ phát hiện sai, sót.

Đối với trường hợp hóa đơn đầu vào bị bỏ sót mà bài này đang đề cập, bản chất là doanh nghiệp có một khoản thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ nhưng trước đó chưa kê khai.

Khi kê khai bổ sung khoản thuế GTGT đầu vào này, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tăng lên.

Việc kê thêm khoản thuế GTGT đầu vào này chỉ làm:

- Giảm số thuế GTGT phải nộp; hoặc

- Tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Do đó, trường hợp hóa đơn đầu vào đủ điều kiện khấu trừ nhưng bị bỏ sót thuộc trường hợp kê khai tại kỳ phát hiện sai, sót.

[2] Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót kê vào chỉ tiêu nào?

Theo hướng dẫn Mẫu 01/GTGT ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp phát hiện thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót mà nếu kê khai tại kỳ phát sinh chỉ làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì kê khai vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] của kỳ phát hiện sai, sót, không phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ cũ.

Riêng trường hợp hóa đơn đầu vào bị bỏ sót làm tăng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ thì kê vào:

- Chỉ tiêu [38]: Điều chỉnh tăng thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước.

Quay lại ví dụ trên: Hóa đơn phát sinh tháng 7/2026, thuế GTGT đầu vào: 5 triệu đồng. Tháng 7/2026 kế toán quên kê khai, tháng 9/2026 mới phát hiện. Hóa đơn đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

Trường hợp này, doanh nghiệp kê 5 triệu đồng vào chỉ tiêu [38] của tờ khai thuế GTGT tháng 9/2026. Không phải quay lại khai bổ sung tờ khai tháng 7/2026 chỉ để đưa thêm hóa đơn đầu vào bị bỏ sót này vào.

[3] Ví dụ thực tế

Trường hợp 1: Kỳ tháng 7 đang phải nộp thuế

Ban đầu: Thuế GTGT đầu ra 30 triệu đồng, thuế GTGT đầu vào đã kê khai 10 triệu đồng, thuế GTGT phải nộp 20 triệu đồng. Sau này phát hiện còn bỏ sót một hóa đơn đầu vào có thuế GTGT 5 triệu đồng. Nếu đưa 5 triệu đồng này vào tháng 7 thì số thuế GTGT phải nộp đáng ra chỉ còn 15 triệu đồng.

Tức việc bổ sung hóa đơn đầu vào làm giảm số thuế phải nộp. Do đó:

=> Không khai bổ sung tháng 7.

=> Kê 5 triệu đồng vào [38] của kỳ phát hiện sai, sót.

Trường hợp 2: Kỳ tháng 7 đang còn được khấu trừ chuyển kỳ sau

Ban đầu tháng 7 còn được khấu trừ 10 triệu đồng, sau đó phát hiện bỏ sót thêm thuế GTGT đầu vào 5 triệu đồng. Nếu kê đúng từ tháng 7 thì số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau đáng ra là 15 triệu đồng.

Tức sai sót chỉ làm tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Do đó:

=> Cũng không khai bổ sung tháng 7.

=> Kê 5 triệu đồng vào [38] của kỳ phát hiện sai, sót.

[4] Hóa đơn đầu vào bỏ sót có trường hợp nào phải quay về kỳ gốc không?

Nếu đang nói đúng trường hợp: Có một hóa đơn đầu vào đủ điều kiện khấu trừ nhưng trước đây quên chưa kê khai thì thông thường không phải quay về kỳ gốc. Bởi việc kê thêm một khoản thuế GTGT đầu vào được khấu trừ chỉ làm giảm số thuế GTGT phải nộp; hoặc tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Do đó, trường hợp này thực hiện kê khai tại kỳ phát hiện sai, sót - chỉ tiêu [38].

Còn trường hợp phải quay về kỳ gốc thường là câu chuyện khác, chẳng hạn số thuế GTGT đầu vào trước đây đã kê khai sai, khấu trừ thừa, khi điều chỉnh lại làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn. Đó không còn là trường hợp “bỏ sót hóa đơn đầu vào” mà bài viết đang đề cập.

Như vậy:

Hóa đơn đầu vào đủ điều kiện khấu trừ nhưng bị bỏ sót => kê khai vào chỉ tiêu [38] của kỳ phát hiện sai, sót.

Không phải cứ hóa đơn mang ngày tháng 7/2026 mà đến tháng 9/2026 mới phát hiện thì phải quay lại sửa tờ khai tháng 7/2026.

Tuy nhiên, cần lưu ý điều kiện quan trọng: hóa đơn phải đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định và việc khai thuế đối với số thuế GTGT đầu vào bị sai, sót phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế theo trường hợp pháp luật quy định.

Xem thêm:

>>> Cách tra cứu tình trạng Mẫu 04 SS HĐĐT đã được cơ quan thuế chấp nhận hay chưa?

>>> Lập hóa đơn điều chỉnh để điều chỉnh hóa đơn gốc hay hóa đơn đã điều chỉnh gần nhất? Ví dụ minh họa?

>>> 3 hành vi sử dụng hóa đơn có thể bị xem là trốn thuế là những hành vi nào?

>>>Hướng dẫn cách xác định tỷ giá xấp xỉ theo Thông tư 99/2025/TT-BTC?

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai vào kỳ nào? (Hình từ Internet)

Hiểu đúng quy định có hóa đơn đầu vào chưa chắc được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT?

Hiện hành, tại khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

- Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài;

- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ;

- Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện trên còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có).

Hiện nay, có khá nhiều doanh nghiệp vẫn cho rằng việc mua hàng hóa phục vụ hoạt động kinh doanh có hóa đơn đầy đủ thì toàn bộ thuế GTGT đầu vào sẽ được khấu trừ.

Tuy nhiên, từ những quy định được làm rõ tại Nghị định 144/2026/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP thực tế không phải trường hợp nào cứ có hóa đơn đầu vào là sẽ được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng.

Dưới đây là lưu ý trường hợp mặc dù có hóa đơn đầu vào chưa chắc được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng, cụ thể:

Tại khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 1, khoản 2 Điều 3 Nghị định 144/2026/NĐ-CP quy định việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

...

2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (bao gồm cả tài sản cố định), dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế. Trong đó:

a) Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng; doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng; giá trị gia tăng của hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (trừ trường hợp giá trị gia tăng âm (-)) và doanh thu của hàng hóa, dịch vụ quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định này (nếu có).

Riêng doanh thu của tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài được xác định theo quy định của pháp luật về các tổ chức tín dụng; doanh thu của hoạt động về chứng khoán và thị trường chứng khoán được xác định theo quy định của pháp luật về chứng khoán; doanh thu của hoạt động kinh doanh bảo hiểm được xác định theo quy định của pháp luật về kinh doanh bảo hiểm.

...

Theo đó, có thể hiểu, nếu một khoản chi phí được sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế GTGT và hoạt động không chịu thuế GTGT, doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động chịu thuế.

Nói dễ hiểu, không phải cứ có hóa đơn là được khấu trừ thuế toàn bộ, doanh nghiệp phát sinh một khoản chi dùng chung cho nhiều hoạt động khác nhau. Trong đó có hoạt động được áp dụng thuế GTGT và có hoạt động không thuộc diện chịu thuế. Khi đó doanh nghiệp cần xác định rõ phần nào được khấu trừ và phần nào không được khấu trừ theo quy định.

Nếu không hạch toán riêng được thì doanh nghiệp sẽ phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu phát sinh trong kỳ.

Tuy nhiên, đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, doanh nghiệp được tính vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Hộ kinh doanh không có hóa đơn đầu vào có phải xuất hóa đơn đầu ra không?

Căn cứ khoản 5 Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 quy định như sau:

Hóa đơn điện tử

...

5. Nguyên tắc, quyền và trách nhiệm lập, quản lý, sử dụng hóa đơn điện tử:

a) Tổ chức, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh phải lập hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ để giao cho người mua theo định dạng chuẩn dữ liệu và phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định của pháp luật về thuế và pháp luật về kế toán, bảo đảm phản ánh đầy đủ, trung thực nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của hóa đơn đã lập, trừ trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định của Chính phủ;

...

Tiếp đó, căn cứ khoản 1 Điều 4 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định như sau:

Nguyên tắc lập, quản lý, sử dụng hóa đơn, chứng từ điện tử

1. Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn điện tử để giao cho người mua (bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động và tiêu dùng nội bộ; xuất hàng hóa dưới các hình thức cho vay, cho mượn) và các trường hợp lập hóa đơn theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính, trừ các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Điều 7 Nghị định này.

Hóa đơn điện tử phải theo định dạng chuẩn dữ liệu và phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán và quy định tại Điều 10 Nghị định này, bảo đảm phản ánh đầy đủ, trung thực nội dung nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Người bán chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của hóa đơn đã lập.

...

Bên cạnh đó, tại điểm d khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử như sau:

Đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử

1. Đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử gồm:

...

d) Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 01 tỷ đồng hoặc hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh bán tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng thì phải áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh không thuộc trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử mà có nhu cầu sử dụng hóa đơn điện tử thì đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

...

Tại Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về thời điểm lập hóa đơn như sau:

Thời điểm lập hóa đơn

1. Thời điểm lập hóa đơn đối với bán hàng hóa (bao gồm cả bán, chuyển nhượng tài sản công và bán hàng dự trữ quốc gia) là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

Đối với xuất khẩu hàng hóa (bao gồm cả gia công xuất khẩu), thời điểm lập hóa đơn thương mại điện tử, hóa đơn giá trị gia tăng điện tử hoặc hóa đơn bán hàng điện tử do người bán tự xác định nhưng chậm nhất không quá ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan theo quy định pháp luật về hải quan.

2. Thời điểm lập hóa đơn đối với cung cấp dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ (bao gồm cả cung cấp dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài) không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Trường hợp người cung cấp dịch vụ có thu tiền trước hoặc trong khi cung cấp dịch vụ thì thời điểm lập hóa đơn là thời điểm thu tiền (không bao gồm trường hợp thu tiền đặt cọc theo quy định Bộ luật Dân sự để đảm bảo thực hiện hợp đồng cung cấp dịch vụ).

...

Căn cứ các quy định nêu trên, pháp luật hiện hành không đưa ra quy định có hay không có hóa đơn đầu vào để xác định nghĩa vụ xuất hóa đơn đầu ra. Hộ kinh doanh thuộc trường hợp phải lập hóa đơn phát sinh hoạt động cung cấp dịch vụ có trách nhiệm phải lập hóa đơn và giao cho người mua theo quy định tại Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, không phân biệt có hay không có hóa đơn đầu vào, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

Như vậy, theo nguyên tắc thì dù không có hóa đơn đầu vào hộ kinh doanh (bên bán) vẫn có nghĩa vụ xuất hóa đơn khi bán ra theo quy định.