Công văn 8308/TNI-QLDN2 về việc kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ khi sáp nhập doanh nghiệp ra sao?

Công văn 8308/TNI-QLDN2 về việc kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ khi sáp nhập doanh nghiệp ra sao?

Căn cứ khoản 4 Điều 45 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định doanh nghiệp chịu trách nhiệm đăng ký thay đổi nội dung Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày có thay đổi.

Tại khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về địa điểm nộp và hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế:

Địa điểm nộp và hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế

1. Thay đổi thông tin đăng ký thuế nhưng không làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp

a) Người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông khi có thay đổi thông tin đăng ký thuế thì thực hiện thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cùng với việc thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh;

b) Người nộp thuế quy định tại điểm a, b, c, d, đ, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư này nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp như sau:

b.1) Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế theo quy định tại điểm a, b, c, g, i, p khoản 2 Điều 4 Thông tư này, gồm:

- Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, hoặc giấy chứng nhận đăng ký hoạt động đơn vị phụ thuộc, hoặc quyết định thành lập, hoặc giấy phép tương đương do cơ quan có thẩm quyền cấp nếu thông tin trên các giấy tờ này có thay đổi;

b.2) Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của người nộp thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 4 Thông tư này là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư này;

b.3) Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế của nhà cung cấp nước ngoài quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 4 Thông tư này là Tờ khai điều chỉnh thông tin đăng ký thuế dành cho nhà cung cấp nước ngoài theo mẫu số 01-1/NCCNN ban hành kèm theo Thông tư này. Người nộp thuế thực hiện nộp hồ sơ thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế;

c) Người nộp thuế là nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí quy định tại điểm i khoản 2 Điều 4 Thông tư này khi chuyển nhượng phần vốn góp trong tổ chức kinh tế hoặc chuyển nhượng một phần quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí, nộp hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế tại Thuế tỉnh, thành phố nơi người điều hành của hợp đồng dầu khí có hoạt động chuyển nhượng đặt trụ sở; trường hợp người điều hành được phân công cho Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý thì nộp hồ sơ tại Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn.

Hồ sơ thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế là Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư này.

...

Đồng thời, căn cứ theo điểm b khoản 2 Điều 17 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp, quy định:

Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế

...

2. Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ có liên quan đến hồ sơ thuế trong trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã:

...

b) Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã bị tách, bị hợp nhất, bị sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế và các nghĩa vụ có liên quan đến hồ sơ thuế trước khi tách, hợp nhất, sáp nhập. Trường hợp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã bị tách và doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã được tách; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hợp nhất; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi và hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;

...

Căn cứ Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định hoàn thuế giá trị gia tăng.

Vừa qua, Thuế tỉnh Tây Ninh đã ban hành Công văn 8308/TNI-QLDN2 ngày 5/10/2026 hướng dẫn kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ khi sáp nhập doanh nghiệp. Cụ thể như sau:

Như vậy, theo Công văn 8308/TNI-QLDN2 năm 2026, công ty nhận sáp nhập có trách nhiệm kế thừa quyền lợi, hoàn thành nghĩa vụ thuế của công ty bị sáp nhập, trong đó việc hoàn thuế GTGT còn được khấu trừ thực hiện theo quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Việc chuyển địa điểm chi nhánh trước hay sau khi hoàn tất thủ tục sáp nhập, doanh nghiệp căn cứ hồ sơ và tình hình thực tế để thực hiện theo quy định pháp luật.

>> Tải về Công văn 8308/TNI-QLDN2 năm 2026

Công văn 8308/TNI-QLDN2 về việc kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ khi sáp nhập doanh nghiệp ra sao? (Hình từ Internet)

Theo Thông tư 91/2026, doanh nghiệp bị sáp nhập muốn được cấp hóa đơn có mã theo từng lần phát sinh thì thực hiện như thế nào?

Tại khoản 1 Điều 15 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định trình tự thủ tục đề nghị sử dụng hóa đơn theo từng lần phát sinh như sau:

(1) Gửi đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06/ĐN-PSDT Tải về Phụ lục III kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC và truy cập vào Hệ thống thông tin quản lý thuế để lập hóa đơn điện tử

+ Trường hợp người nộp thuế thuộc trường hợp được cấp hóa đơn bán hàng theo từng lần phát sinh tại điểm a khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP thì phải nộp đầy đủ số thuế phát sinh trên hóa đơn đề nghị cấp theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng, thu nhập cá nhân, thu nhập doanh nghiệp hoặc số phát sinh phải nộp theo pháp luật quản lý thuế và các loại thuế, phí khác (nếu có);

+ Trường hợp người nộp thuế thuộc trường hợp được cấp hóa đơn giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh tại điểm b khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP thì phải nộp số thuế giá trị gia tăng trên hóa đơn giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh hoặc số phát sinh phải nộp theo pháp luật quản lý thuế;

+ Người nộp thuế thuộc trường hợp được cấp hóa đơn bán tài sản công có mã của cơ quan thuế theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP thì không phải khai và nộp số thuế phát sinh trên hóa đơn đề nghị cấp

(2) Sau khi tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã nộp đủ thuế hoặc số phát sinh phải nộp (nếu có) thì chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo, cơ quan thuế cấp mã của cơ quan thuế trên hóa đơn điện tử.

Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh được cơ quan thuế cấp mã;

(3) Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khai hồ sơ khai thuế theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Hiện nay, khi doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập có được miễn thuế TNDN 3 năm hay không?

Theo khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP quy định về miễn giảm thuế TNDN như sau:

Miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

...

3. Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu:

a) Được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết số 198/2025/QH15 có hiệu lực thi hành mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi theo quy định tại khoản này cho thời gian còn lại;

b) Quy định ưu đãi tại khoản này không áp dụng đối với:

b1) Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;

b2) Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới;

b3) Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15.

,,,

Như vậy, theo quy định trên, doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập sẽ không được miễn thuế TNDN miễn thuế TNDN 3 năm đầu theo quy định pháp luật.