Cập nhật 06 nội dung thay đổi về thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 90?

Cập nhật 06 nội dung thay đổi về thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 90?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định về đăng ký thuế có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Theo đó, kể từ ngày Thông tư 90/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực, nội dung về thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế có một số thay đổi sau đây:

(1) Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế 2019, trong đó quy định cụ thể trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với hoạt động dầu khí, đồng thời bổ sung các trường hợp sau:

(i) Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán (điểm g khoản 2 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC);

(ii) Nhà cung cấp nước ngoài khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (điểm h khoản 2 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC).

(2) Bổ sung nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế 2019 (khoản 3 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC).

(3) Bỏ quy định doanh nghiệp, hợp tác xã trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động do bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất tại cơ quan đăng ký kinh doanh phải nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp (khoản 5 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC), đồng thời sửa đổi quy định về trình tự xử lý đối với trường hợp chấm dứt tồn tại của doanh nghiệp, hợp tác xã bị chia, bị sáp nhập, bị hợp nhất (tại điểm c khoản 3 Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC) để phù hợp với Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.

(4) Bổ sung quy định đối với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã đã được cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế để nộp hồ sơ giải thể chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh (mẫu số 28/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC), nhưng quá 180 ngày kể từ ngày cơ quan thuế nhận được giao dịch trao đổi thông tin về quyết định giải thể mà cơ quan thuế chưa nhận được giao dịch giải thể, chấm dứt hoạt động từ cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan thuế ban hành văn bản gửi cơ quan đăng ký kinh doanh đề nghị cập nhật tình trạng pháp lý của doanh nghiệp, hợp tác xã sang “đã giải thể” theo quy định của pháp luật về đăng ký kinh doanh làm cơ sở để cơ quan thuế thực hiện việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế của người nộp thuế trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế theo quy định (điểm e khoản 3 Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC).

(5) Bổ sung quy định đối với cơ quan, tổ chức đã chấm dứt tồn tại do sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước nhưng không thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì cơ quan thuế cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên cơ sở quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sắp xếp tổ chức bộ máy và cập nhật trạng thái “Người nộp thuế ngừng hoạt động và đã hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế” nếu người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ thuế (khoản 9 Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC).

(6) Sửa đổi quy định về trình tự xử lý của cơ quan thuế trong trường hợp người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (điểm c khoản 5 Điều 16 Thông tư 90/2026/TT-BTC) như sau:

+ Trong thời hạn 01 (một) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế quản lý trực tiếp tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế thực hiện chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế và các đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế về trạng thái 06 lý do 03 “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký và có hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế” trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.

+ Cơ quan thuế lập danh sách các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sửdụng hoá đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hoá đơn tính đến thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định, không bắt buộc cơ quan thuế xác minh tình trạng hoạt động của người nộp thuế tại địa chỉ đã đăng ký trong trường hợp này.

Đối chiếu với quy định cũ trước đây, theo quy định tại Thông tư 86/2024/TT-BTC thì người nộp thuế phải nộp các hồ sơ khai thuế còn thiếu, tình hình sử dụng hoá đơn, số tiền thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước phải nộp hoặc còn nợ và thực hiện xử phạt đối với các hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hoá đơn thì cơ quan thuế mới chuyển trạng thái mã số thuế của người nộp thuế sang trạng thái 06 lý do 03.

Cập nhật 06 nội dung thay đổi về thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 90?

Khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì cần thực hiện theo những nguyên tắc nào theo Thông tư 90?

Căn cứ theo khoản 3 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định 04 nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế hiện nay cụ thể như sau:

(1) Mã số thuế không được sử dụng theo quy định của pháp luật quản lý thuế từ ngày cơ quan thuế thông báo chấm dứt hiệu lực;

(2) Mã số thuế của tổ chức khi đã chấm dứt hiệu lực không được sử dụng lại, trừ trường hợp được khôi phục mã số thuế;

(3) Khi doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác và cá nhân chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì đồng thời phải thực hiện chấm dứt hiệu lực đối với mã số thuế nộp thay;

(4) Người nộp thuế là đơn vị chủ quản chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì các đơn vị phụ thuộc phải bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Kiểm tra thuế phát hiện khai thiếu số tiền thuế thì người nộp thuế sẽ phải nộp tiền chậm nộp đúng không?

Căn cứ theo điểm c khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025 quy định xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác như sau:

Xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác

1. Các trường hợp phải nộp tiền chậm nộp bao gồm:

a) Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác so với thời hạn nộp, thời hạn gia hạn nộp quy định tại Điều 14 của Luật này;

b) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác làm tăng số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc giảm số tiền thuế, khoản thu khác đã được miễn, giảm, hoàn, không thu;

c) Cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện người nộp thuế khai thiếu số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc phát hiện số tiền thuế, khoản thu khác đã hoàn, đã miễn, đã giảm, đã không thu lớn hơn số tiền thuế, khoản thu khác được hoàn, được miễn, được giảm, không thu;

d) Trường hợp được nộp dần tiền thuế nợ quy định tại khoản 6 Điều 48 của Luật này;

...

Như vậy, theo quy định trên, nếu như cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện người nộp thuế khai thiếu số tiền thuế thì khi đó người nộp thuế sẽ phải nộp tiền chậm nộp với mức 0,03%/ngày.