Một số điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu?

Một số điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu?

Ngày 18/12/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của các Thông tư quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

Dưới đây là một số điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu:

(1) Điều chỉnh việc nộp, sử dụng chứng từ thuộc hồ sơ hải quan

Trước đây, việc nộp và sử dụng chứng từ thuộc hồ sơ hải quan được quy định tại Điều 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.

Hiện hành, tại khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi như sau:

Bổ sung thêm trường hợp không phải nộp tờ khai

Cụ thể, người khai hải quan không phải nộp tờ khai hàng hóa xuất nhập khẩu (ờ khai hải quan) nếu đề nghị cơ quan hải quan thực hiện các thủ tục dưới đây:

- Miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế,

- Xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa,

- Gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ,

- Xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế,

- Khoanh tiền thuế nợ, xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

- Trong đó, loại trừ trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy.

Như vậy, quy định mới đã bổ sung thủ tục khoanh tiền thuế nợ vào nhóm trường hợp không phải nộp tờ khai hải quan.

Bổ sung trường hợp không phải nộp chứng từ

Theo khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC, Bộ Tài chính đã bổ sung trường hợp không phải nộp chứng từ nếu đã được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia/Cổng dịch vụ công trực tuyến/cơ quan có thẩm quyền ở nước xuất khẩu gửi dưới dạng điện tử thông qua:

- Cổng thông tin một cửa ASEAN

- Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

(2) Dùng VNeID để đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan

Về việc khai hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan nêu tại khoản 2 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC. Theo đó, tổ chức, cá nhân được sử dụng tài khoản VNeID để đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống.

Ngoài ra, các điều kiện khác để tham gia khai hải quan qua Hệ thống vẫn được quy định như khoản 5 Điều 6 Thông tư 38/2015/TT-BTC như sau:

- Đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống để được cấp tài khoản truy cập và các thông tin kết nối.

- Phải thông báo ngay cho cơ quan hải quan khi có thay đổi, bổ sung, hủy hiệu lực thông tin đăng ký.

- Trang bị đầy đủ về hạ tầng kỹ thuật đảm bảo cho việc khai báo, truyền, nhận, lưu trữ thông tin khi truy cập và trao đổi thông tin với Hệ thống.

- Sử dụng phần mềm khai hải quan điện tử (do cơ quan hải quan cung cấp (nếu có))/phần mềm khai hải quan điện tử đã được Cục Hải quan kiểm tra và xác nhận và tương thích với Hệ thống.

(3) Bổ sung mẫu thông báo kết quả xác định trước

Hồ sơ xác định trước mã số, xuất xứ, trị giá hải quan tại Điều 7 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 3 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC được bổ sung thêm:

- Thông báo kết quả xác định trước mã số theo mẫu số 01a-TB XDTMS,

- Thông báo sửa đổi, thay thế Thông báo kết quả xác định trước mã số theo mẫu số 01b-Thay the XDTMS,

- Thông báo hủy Thông báo kết quả xác định trước mã số theo mẫu số 01c-Huy XDTMS.

(4) Điều chỉnh hồ sơ hải quan với hàng hóa xuất khẩu

Tại khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC đã điều chỉnh một số loại giấy tờ trong hồ sơ hải quan với hàng hóa xuất khẩu như sau:

- Tờ khai hải quan.

=> Quy định cũ: Tờ khai hải quan theo các chỉ tiêu thông tin tại mẫu số 02 phụ lục II.

- Hóa đơn thương mại hoặc chứng từ có giá trị tương đương trong trường hợp người mua phải thanh toán cho người bán (như quy định cũ).

=> Quy định mới bổ sung: Trường hợp hóa đơn thương mại được cấp dưới dạng điện tử trước thời điểm khai báo hải quan thì người khai hải quan không phải nộp cho cơ quan hải quan khi làm thủ tục hải quan.

- Giấy phép xuất khẩu hoặc văn bản cho phép xuất khẩu của cơ quan có thẩm quyền theo quy định pháp luật.

=> Quy định mới bổ sung: cụm từ “sau đây gọi tắt là giấy phép xuất khẩu”. Đồng thời, không còn quy định nếu xuất khẩu 01 lần thì nộp 01 bản chính, nếu xuất khẩu nhiều lần thì nộp 01 bản chính khi xuất khẩu lần đầu.

- Giấy thông báo miễn kiểm tra hoặc giấy thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành hoặc chứng từ khác theo quy định của pháp luật (sau đây gọi tắt là Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành).

=> Quy định mới: chỉ còn nêu theo quy định của pháp luật mà không còn đề cập đến “pháp luật về quản lý, kiểm tra chuyên ngành” như sau:

- Trường hợp pháp luật chuyên ngành quy định nộp bản chụp hoặc không quy định cụ thể bản chính hay bản chụp thì người khai hải quan được nộp bản chụp.

- Trường hợp Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành được sử dụng nhiều lần trong thời hạn hiệu lực của Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành thì người khai hải quan chỉ nộp 01 lần cho Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu lô hàng đầu tiên.

(5) Bổ sung một số loại chứng từ trong hồ sơ hải quan với hàng hóa nhập khẩu

Tại khoản 4 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC, Bộ Tài chính đã bổ sung một số loại chứng từ hồ sơ hải quan với hàng hóa nhập khẩu gồm:

- Đối với hàng hóa nhập khẩu của thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam thực hiện quyền nhập khẩu: Giấy chứng nhận đăng ký quyền xuất khẩu, nhập khẩu của thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam do Bộ Công Thương cấp;

- Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện quyền nhập khẩu: Giấy chứng nhận đầu tư về hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan đến mua bán hàng hóa của thương nhân có vốn đầu tư nước ngoài có đăng ký quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu.

Trường hợp không phải thực hiện cấp Giấy chứng nhận đầu tư thì nộp chứng từ tương đương. Trường hợp thực hiện thủ tục hải quan tại cùng một cơ quan hải quan thì người khai hải quan chỉ phải nộp các chứng từ quy định tại điểm l và điểm m khoản này lần đầu khi làm thủ tục hải quan…

Đồng thời, nội dung này cũng không còn đề cập đến các loại chứng từ:

- Bảng kê lâm sản đối với gỗ nguyên liệu nhập khẩu;

- Hợp đồng bán hàng cho trường học, viện nghiên cứu hoặc hợp đồng cung cấp hàng hóa hoặc hợp đồng cung cấp dịch vụ đối với thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho giảng dạy, nghiên cứu, thí nghiệm khoa học đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Lưu ý: Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ 1/2/2026 (theo khoản 1 Điều 3 Thông tư 121/2025).

Trên đây là nội dung "Một số điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu?".

Một số điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu? (Hình từ Internet)

Việc thông quan hàng hóa được quy định ra sao?

Căn cứ Điều 37 Luật Hải quan 2014 quy định về thông quan hàng hóa như sau:

(1) Hàng hóa được thông quan sau khi đã hoàn thành thủ tục hải quan.

(2) Trường hợp người khai hải quan đã hoàn thành thủ tục hải quan nhưng chưa nộp, nộp chưa đủ số thuế phải nộp trong thời hạn quy định thì hàng hóa được thông quan khi được tổ chức tín dụng bảo lãnh về số tiền thuế phải nộp hoặc được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

(3) Trường hợp chủ hàng hóa bị xử phạt vi phạm hành chính về hải quan bằng hình thức phạt tiền và hàng hóa đó được phép xuất khẩu, nhập khẩu thì hàng hóa có thể được thông quan nếu đã nộp phạt hoặc được tổ chức tín dụng bảo lãnh về số tiền phải nộp để thực hiện quyết định xử phạt của cơ quan hải quan hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

(4) Đối với hàng hóa phải kiểm tra, phân tích, giám định để xác định có đủ điều kiện được xuất khẩu, nhập khẩu, cơ quan hải quan chỉ thực hiện thông quan hàng hóa sau khi xác định hàng hóa được xuất khẩu, nhập khẩu trên cơ sở kết luận kiểm tra, phân tích, giám định hoặc thông báo miễn kiểm tra của cơ quan kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.

(5) Hàng hóa phục vụ yêu cầu khẩn cấp; hàng hóa chuyên dùng phục vụ an ninh, quốc phòng; túi ngoại giao, túi lãnh sự, hành lý của cơ quan, tổ chức, cá nhân được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ được thông quan theo quy định tại Điều 50 và Điều 57 Luật Hải quan 2014.

Thời hạn nộp hồ sơ hải quan được quy định thế nào?

Căn cứ Điều 25 Luật Hải quan 2014 quy định về thời hạn nộp hồ sơ hải quan như sau:

(1) Thời hạn nộp tờ khai hải quan được quy định như sau:

- Đối với hàng hóa xuất khẩu, nộp sau khi đã tập kết hàng hóa tại địa điểm người khai hải quan thông báo và chậm nhất là 04 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh; đối với hàng hóa xuất khẩu gửi bằng dịch vụ chuyển phát nhanh thì chậm nhất là 02 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh;

- Đối với hàng hóa nhập khẩu, nộp trước ngày hàng hóa đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hàng hóa đến cửa khẩu;

- Thời hạn nộp tờ khai hải quan đối với phương tiện vận tải thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 69 Luật Hải quan 2014.

(2) Tờ khai hải quan có giá trị làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký.

(3) Thời hạn nộp chứng từ có liên quan thuộc hồ sơ hải quan được quy định như sau:

- Trường hợp khai hải quan điện tử, khi cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa, người khai hải quan nộp các chứng từ giấy thuộc hồ sơ hải quan, trừ những chứng từ đã có trong hệ thống thông tin một cửa quốc gia;

- Trường hợp khai tờ khai hải quan giấy, người khai hải quan phải nộp hoặc xuất trình chứng từ có liên quan khi đăng ký tờ khai hải quan.