Hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng từ 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026?

Hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng từ 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

>>>TẢI VỀ: Thông tư 86/2026/TT-BTC

Căn cứ khoản 1 Điều 43 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định như sau:

Hiệu lực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2026.

...

Như vậy, Thông tư 86/2026/TT-BTC được áp dụng kể từ ngày 01/7/2026.

Căn cứ khoản 1 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng từ 01/7/2026 như sau:

(1) Hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế xuất khẩu nhưng phải tái nhập được hoàn thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu:

- Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tửhải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC;

- Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;

- Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác (nếu có);

- Đối với hàng hóa phải nhập khẩu trở lại do khách hàng nước ngoài từ chối nhận hàng hoặc không có người nhận hàng theo thông báo của hãng vận tải, phải có thêm thông báo của khách hàng nước ngoài hoặc văn bản thỏa thuận với khách hàng nước ngoài về việc nhận lại hàng hóa hoặc văn bản thông báo của hãng vận tải về việc không có người nhận hàng có nêu rõ lý do, số lượng, chủng loại hàng hóa trả lại đối với trường hợp hàng hóa đo khách hàng trả lại.

Trường hợp vì lý do bất khả kháng hoặc người nộp thuế tự phát hiện hàng hóa có sai, sót, nhập khẩu trở lại thì không phải có văn bản này nhưng phải nêu rõ lý do nhập khẩu hàng hóa trả lại trong công văn đề nghị hoàn thuế.

- Đối với hàng hóa nêu tại điểm b khoản 1 Điều 33 Nghị định 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp thêm văn bản thông báo của doanh nghiệp bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế về việc không giao được cho người nhận.

(2) Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng phải tái xuất được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu:

- Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC;

- Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định của pháp luật về hóa đơn hoặc hóa đơn thương mại;

- Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;

- Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác (nếu có);

- Văn bản thỏa thuận trả lại hàng hóa cho phía nước ngoài trong trường hợp xuất trả chủ hàng nước ngoài ban đầu đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm a khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP;

- Văn bản thông báo của doanh nghiệp bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế về việc không giao được cho người nhận đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm b khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP;

- Văn bản xác nhận của doanh nghiệp cung ứng tàu biển về số lượng, trị giá hàng hóa mua của doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu đã thực cung ứng cho tàu biển nước ngoài kèm bảng kê chứng từ thanh toán của các hãng tàu biển nước ngoài đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm c khoản 1 Điều 34 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

(3) Hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất:

- Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC;

- Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;

- Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác.

(4) Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm:

- Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC.

- Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;

- Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa;

- Hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác.

Người nộp thuế kê khai trên tờ khai hải quan hàng xuất khẩu các thông tin về số, ngày hợp đồng, tên đối tác mua hàng hóa.

- Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu theo Mẫu số 15 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC.

Số tiền thuế nhập khẩu của nguyên liệu, vật tư, linh kiện được hoàn thuế phải tương ứng với lượng, chủng loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu thực tế được sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế đã xuất khẩu.

- Hợp đồng gia công ký với khách hàng nước ngoài (đối với trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm này để gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng gia công với nước ngoài);

- Tài liệu chứng minh có cơ sở sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa.

- Hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu đã nộp thuế

Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC.

Hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu áp dụng từ 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026?

Phân loại hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu được thực hiện như thế nào?

Căn cứ khoản 4 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định như sau:

Hồ sơ, trình tư, thủ tuc hoàn thuế

...

4. Phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

...

Theo đó, tại khoản 2 và 3 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định phân loại hồ sơ hoàn thuế xuất nhập khẩu như sau:

- Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan hải quan lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu;

- Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế hoặc hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới tính đến ngày nộp hồ sơ hoàn thuế;

- Hồ sơ hoàn thuế của tổ chức giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, bán, giao và chuyển giao doanh nghiệp nhà nước;

- Hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro về thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế;

- Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác theo quy định của pháp luật;

- Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế trong thời hạn 12 tháng tính đến ngày nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế được cơ quan hải quan xác định có hành vi vi phạm về hải quan đã bị xử lý quá 02 lần (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu) với mức phạt tiền vượt thẩm quyền của Đội trưởng Hải quan theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính;

- Hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế;

- Hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt;

- Hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại nước ngoài (hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan) không cùng một cửa khẩu; hàng hóa xuất khẩu nhưng phải tái nhập khẩu trở lại Việt Nam không cùng một cửa khẩu.

Quy định tại khoản này không áp dụng đối với trường hợp xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Lưu ý: Các trường hợp hoàn thuế trước cho người nộp thuế là hồ sơ hoàn thuế không thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế là khi nào?

Căn cứ khoản 5 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định như sau:

Hồ sơ, trình tư, thủ tục hoàn thuế

...

5. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

...

Theo đó, tại khoản 3 Điều 31 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế như sau:

- Đối với trường hợp thuộc diện hoàn thuế trước: chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan hải quan có quyết định hoàn thuế hoặc thông báo hồ sơ đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện hoàn thuế. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế không bao gồm thời gian người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo yêu cầu của cơ quan hải quan;

- Đối với trường hợp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế: chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, cơ quan hải quan có quyết định hoàn thuế hoặc thông báo hồ sơ đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện hoàn thuế.