Hồ sơ hoàn thuế bao gồm những loại nào? Cách nhận biết và phân loại hồ sơ hoàn thuế?

Hồ sơ hoàn thuế bao gồm những loại nào?

Căn cứ khoản 1 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019 quy định như sau:

Phân loại hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế được phân loại thành hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.

...

Như vậy, hồ sơ hoàn thuế bao gồm 2 loại: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.

Cập nhật mới: Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/7/2026, riêng quy định tại Điều 13 và việc sử dụng hóa đơn điện tử của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định phân loại hồ sơ hoàn thuế gồm 2 loại: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước.

Hồ sơ hoàn thuế bao gồm những loại nào? Cách nhận biết và phân loại hồ sơ hoàn thuế? (hình ảnh từ Internet)

Cách nhận biết và phân loại hồ sơ hoàn thuế?

Căn cứ khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019 quy định như sau:

+ Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế bao gồm:

+ Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu của từng trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế. Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu;

+ Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế;

+ Hồ sơ của tổ chức giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động, bán, giao và chuyển giao doanh nghiệp nhà nước;

+ Hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro về thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế;

+ Hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp hoàn thuế trước nhưng hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế nhưng không chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng;

+ Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thực hiện thanh toán qua ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng khác theo quy định của pháp luật;

+ Hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện phải kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định của Chính phủ.

+ Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019.

+ Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết Điều này.

Cập nhật mới: Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/7/2026, riêng quy định tại Điều 13 và việc sử dụng hóa đơn điện tử của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định phân loại hồ sơ hoàn thuế như sau:

(1) Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:

- Hồ sơ hoàn thuế lần đầu theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

+ Trường hợp hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế giá trị gia tăng bao gồm:

++ Hoàn thuế đối với dự án đầu tư theo từng dự án đầu tư;

++ Hoàn thuế đối với xuất khẩu;

++ Hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

++ Hoàn thuế thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

++ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

++ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam.

+ Trường hợp hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học theo quy định của pháp luật về thuế tiêu thụ đặc biệt.

- Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;

- Hồ sơ hoàn thuế hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

+ Hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam;

++ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

+ Một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

++ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

++ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

- Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết đối với doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

(2) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế là khi nào?

Căn cứ khoản 1 và khoản 2 Điều 75 Luật quản lý thuế 2019 quy định cụ thể như sau:

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc thông báo chuyển hồ sơ của người nộp thuế sang kiểm tra trước hoàn thuế nếu thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 73 của Luật này hoặc thông báo không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

Trường hợp thông tin khai trên hồ sơ hoàn thuế khác với thông tin quản lý của cơ quan quản lý thuế thì cơ quan quản lý thuế thông báo bằng văn bản để người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

2. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

...

Như vậy, thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế sẽ lần lượt là 6 ngày đối với hồ sơ hoàn thuế trước và 40 ngày đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế.

Cập nhật mới: Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/7/2026, riêng quy định tại Điều 13 và việc sử dụng hóa đơn điện tử của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế như sau:

- Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước:

Cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro trong giải quyết hồ sơ hoàn thuế, xác định số thuế thuộc diện hoàn thuế trước. Hệ thống thông tin quản lý thuế rà soát, đối chiếu thông tin khai trên hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của người nộp thuế với thông tin quản lý của cơ quan thuế và thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp (nếu có).

+ Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn thuế cần yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gửi người nộp thuế.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của cơ quan thuế. Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế (hoặc hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế người nộp thuế không giải trình bổ sung) không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ban hành Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Đối với số tiền đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện được hoàn hoặc không thuộc trường hợp yêu cầu giải trình bổ sung, cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.3 khoản 1 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

+ Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định có một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế có rủi ro cao trong quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gửi người nộp thuế.

Đối với một phần số tiền đề nghị hoàn thuế Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định không có rủi ro cao thì cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.1 và điểm b.3 khoản 1 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

+ Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định số tiền đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện được hoàn thuế thì cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo về việc số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế gửi cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hệ thống thông tin quản lý thuế và công chức thuế xử lý hồ sơ hoàn thuế trong phạm vi hồ sơ, tài liệu, thông tin của người nộp thuế cung cấp quy định tại Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp có liên quan đến người nộp thuế (nếu có), kết quả áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế, bảo đảm theo đúng chức trách, nhiệm vụ, tuân thủ quy định của pháp luật về thuế có liên quan và pháp luật quản lý thuế. Nguời nộp thuế chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của các thông in đã kê khai, hồ sơ tài liệu gửi cho cơ quan thuế trước pháp luật.

- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế:

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra thuế, kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.