Công văn 12003/NBI-QLDN3 hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu ra sao?

Công văn 12003/NBI-QLDN3 hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu ra sao?

Đầu tiên, căn cứ Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về khấu trừ thuế GTGT như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển;

...

2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 của Luật này. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài;

b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ;

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Chính phủ quy định về điều kiện khấu trừ đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài và một số trường hợp đặc thù khác.

3. Cơ sở kinh doanh không đáp ứng quy định về khấu trừ thuế tại khoản 1 và khoản 2 Điều này và các hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm tại Luật này thì không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

...

Tiếp đó, tại khoản 1 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về hoàn thuế GTGT như sau:

Hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc hoàn thuế đối với xuất khẩu được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác;

...

Căn cứ điểm a khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 được sửa đổi bởi Điều 4 Luật sửa đổi Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công 2025 quy định như sau:

Thuế suất

1. Mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ sau đây:

a) Hàng hóa xuất khẩu bao gồm: hàng hóa từ Việt Nam bán cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; hàng hóa từ nội địa Việt Nam bán cho tổ chức trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu; hàng hóa đã bán tại khu vực cách ly cho cá nhân (người nước ngoài hoặc người Việt Nam) đã làm thủ tục xuất cảnh; hàng hóa đã bán tại cửa hàng miễn thuế; hàng hóa xuất khẩu tại chỗ;

...

Bên cạnh đó, căn cứ khoản 1 Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định như sau:

Điều kiện áp dụng thuế suất 0%

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% quy định tại Điều 17 Nghị định này (trừ một số trường hợp đặc thù quy định tại Điều 27, Điều 28 Nghị định này) phải đáp ứng quy định sau:

1. Đối với hàng hóa xuất khẩu, phải có:

a) Hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu (đối với trường hợp bán, gia công); hợp đồng ủy thác xuất khẩu (đối với trường hợp ủy thác xuất khẩu).

b) Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa xuất khẩu.

c) Tờ khai hải quan theo quy định.

...

Tại Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế GTGT

Tại Điều 27 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Tại khoản 1 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hoàn thuế đối với xuất khẩu như sau:

Hoàn thuế đối với xuất khẩu

1. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác. Trong đó:

...

b) Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác là hàng hóa do cơ sở kinh doanh nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam sau đó trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác xuất khẩu, không bao gồm hàng hóa là nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu.

...

Theo đó, ngày 14/9/2026 Thuế tỉnh Ninh Bình ban hành Công văn 12003/NBI-QLDN3 năm 2026 Tải về hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu như sau:

Như vậy, khi mua hàng hóa từ doanh nghiệp trong nước sau đó xuất khẩu ra nước ngoài nếu đáp ứng các điều kiện về khấu trừ thuế GTGT và hoàn thuế GTGT theo các quy định được liệt kê phía trên thì đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT.

Công văn 12003/NBI-QLDN3 hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu ra sao?

Xử lý khi phát hiện số thuế GTGT đầu vào bị khấu trừ sai như thế nào?

Căn cứ khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định cách xử lý khi có số thuế GTGT đầu vào bị khấu trừ sai như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

...

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

...

Như vậy, theo quy định khi kê khai hay khấu trừ sai thuế GTGT đầu vào thì xử lý như sau:

- Sai sót làm tăng số thuế phải nộp/ giảm số thuế được hoàn:

+ Thực hiện khai bổ sung vào đúng tháng, quý phát sinh sai sót.

+ Phải nộp đủ số tiền thuế tăng thêm hoặc trả lại tiền đã hoàn cùng với tiền phạt chậm nộp (nếu có).

- Sai sót làm giảm số thuế phải nộp/ chỉ điều chỉnh số thuế còn được khấu trừ thì thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý hiện tại phát hiện ra sai sót.

Lưu ý: Chỉ áp dụng trong trường hợp phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế.

Có áp dụng hoàn thuế GTGT nếu như cơ sở kinh doanh đang kinh doanh dịch vụ không chịu thuế?

Căn cứ theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

Đối tượng không chịu thuế

...

26. Hàng hóa nhập khẩu trong trường hợp sau đây:

a) Quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức chính trị xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

b) Quà biếu, quà tặng trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho cá nhân Việt Nam; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo tiêu chuẩn miễn trừ ngoại giao và tài sản di chuyển trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

c) Hàng hoá trong tiêu chuẩn hành lý miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

d) Hàng hóa nhập khẩu ủng hộ, tài trợ cho phòng, chống, khắc phục hậu quả thảm họa, thiên tai, dịch bệnh, chiến tranh theo quy định của Chính phủ;

đ) Hàng hóa mua bán, trao đổi qua biên giới để phục vụ cho sản xuất, tiêu dùng của cư dân biên giới thuộc Danh mục hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới theo quy định của pháp luật và trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;

e) Di vật, cổ vật, bảo vật quốc gia theo quy định của pháp luật về di sản văn hóa do cơ quan nhà nước có thẩm quyền nhập khẩu.

27. Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này không được khấu trừ, không được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 9 của Luật này.

28. Chính phủ quy định chi tiết Điều này. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định hồ sơ, thủ tục xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng quy định tại Điều này.

Như vậy, nếu như cơ sở kinh doanh có hoạt động kinh doanh các loại hàng hóa dịch vụ không chịu thuế GTGT thì sẽ không được hoàn thuế GTGT trừ trường hợp quy áp dụng mức thuế suất 0% quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.