Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026 hướng dẫn Luật Quản lý thuế?

Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026 hướng dẫn Luật Quản lý thuế?

>> Hướng dẫn kê khai hóa đơn GTGT đầu vào sai sót phát sinh trong kỳ theo Công văn 2703 như thế nào?

>> Khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp thì người nộp thuế phải làm gì?

Theo Phụ lục 2 ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025 và các quy định sau:

(1) Trường hợp người nộp thuế chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế; trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế, trừ trường hợp quy định tại điểm (2).

(2) Trường hợp khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế TNCN đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của quý có sai, sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế.

(3) Khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT:

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì thực hiện như sau:

+ Trường hợp người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót) thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế và thuộc trường hợp hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 47 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì người nộp thuế gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế và kê khai giảm chỉ tiêu đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót.

Trường hợp người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước thì người nộp thuế khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn tại chỉ tiêu đề nghị hoàn, tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót và nộp số tiền thuế thu hồi hoàn vào ngân sách nhà nước và tiền chậm nộp theo quy định. Số tiền thuế GTGT đã đề nghị hoàn điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót, nộp số thuế GTGT phải nộp tăng thêm và số tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định. Số tiền thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khẩu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm làm giảm số thuế GTGT phải nộp đồng thời tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót thì lập hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Đối với số tiền thuế GTGT phải nộp điều chỉnh giảm, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp (nếu có), nếu đã nộp ngân sách nhà nước thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn thuế theo quy định. Đối với số tiền thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp khai bổ sung làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của cả tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT thì người nộp thuế thực hiện khai bổ sung như sau:

+ Người nộp thuế khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh (chỉ tiêu [40a]) dẫn đến điều chỉnh giảm chỉ tiêu [406] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế" trên tờ khai mẫu số 01/GTGT thì phải khai bổ sung, điều chỉnh giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [286] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai mẫu số 01/GTGT. Số tiền thuế GTGT mua vào của dự án đầu tư được bù trừ điều chỉnh giảm trên tờ khai bổ sung mẫu số 02/GTGT được khai vào chỉ tiêu [25] “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

+ Người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư dẫn đến giảm chỉ tiêu [28a] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” hoặc chỉ tiêu [286] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế của chủ đầu tư (trường hợp người nộp thuế được chủ đầu tư giao quản lý dự án đầu tư)” và giảm chỉ tiêu [32] “Thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế có sai, sót thì số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được hoàn chuyển kỳ sau điều chỉnh giảm được khai vào chỉ tiêu [27] “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào các kỳ trước” trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót, đồng thời người nộp thuế khai bổ sung điều chỉnh giảm chỉ tiêu [40b] “Thuế giá trị gia tăng mua vào của dự án đầu tư được bù trừ với thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh cùng kỳ tính thuế” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế của tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót. Người nộp thuế phải nộp số thuế GTGT tăng thêm của tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và tính chậm nộp theo quy định;

+ Trường hợp người nộp thuế phát hiện tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT có sai, sót sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư kết chuyển sang tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT thì không khai bổ sung tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT. Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư có sai, sót được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

- Trường hợp người nộp thuế được kế thừa số thuế GTGT còn được khấu trừ từ đơn vị do chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc thì căn cứ Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế, người nộp thuế không thực hiện khai bổ sung mà kê khai vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế.

Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo Thông tư 89/2026 hướng dẫn Luật Quản lý thuế? (Hình từ Internet)

Trường hợp nào khi chậm nộp hồ sơ khai thuế không bị phạt tiền mà chỉ bị phạt cảnh cáo?

Căn cứ khoản 1 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định về Xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế như sau:

Xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

1. Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.

2. Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn từ 01 ngày đến 30 ngày, trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều này.

3. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng đối với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 31 ngày đến 60 ngày.

4. Phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau đây:

a) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 61 ngày đến 90 ngày;

b) Nộp hồ sơ khai thuế quá thời hạn quy định từ 91 ngày trở lên nhưng không phát sinh số thuế phải nộp;

...

Như vậy, có thể hiểu rằng, trường hợp chậm nộp hồ sơ khai thuế không bị phạt tiền mà chỉ bị phạt cảnh cáo là khi chậm nộp hồ sơ khai thuế quá hạn từ 01 đến 05 ngày và có tình tiết giảm nhẹ.

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế trước khi thanh tra thuế thì có bị phạt không?

Căn cứ tại khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP có quy định như sau:

Những trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn

...

3. Không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp khai sai, người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.

4. Không xử phạt hành vi vi phạm thủ tục thuế đối với cá nhân trực tiếp quyết toán thuế thu nhập cá nhân chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân mà có phát sinh số tiền thuế được hoàn; hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã bị ấn định thuế theo quy định tại Điều 51 Luật Quản lý thuế.

5. Không xử phạt hành vi vi phạm về thời hạn nộp hồ sơ khai thuế trong thời gian người nộp thuế được gia hạn nộp hồ sơ khai thuế đó.

Như vậy, khi khai thuế sai mà người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện thì sẽ không xử phạt.