Thanh toán trễ hạn hợp đồng sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào?
Vừa qua, Thuế thành phố Hồ Chí Minh đã ban hành Công văn 3367/TPHCM-QLDN1 năm 2025 về điều kiện khấu trừ thuế GTGT.
Tải về Công văn 3367/TPHCM-QLDN1 năm 2025
Theo đó, tại Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt như sau:
Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt
Cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế giá trị gia tăng. Trong đó:
1. Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt là chứng từ chứng minh việc thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định của Nghị định số 52/2024/NĐ-CP ngày 15 tháng 5 năm 2024 của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt, trừ các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán.
2. Một số trường hợp đặc thù theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng bao gồm:
...
g) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 05 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.
...
Như vậy, dựa vào quy định trên Thuế thành phố Hồ Chí Minh đã lưu ý, theo quy định mới tại điểm g khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, doanh nghiệp vẫn được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào trong trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán.
Tuy nhiên, nếu đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, doanh nghiệp vẫn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hoá, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt tại kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.
Đồng thời, việc doanh nghiệp thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt đối với phần giá giá trị hàng hóa, dịch vụ đã quá thời hạn thanh toán thì cũng không được khai điều chỉnh tăng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
Do đó, việc thanh toán trễ hạn hợp đồng sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định pháp luật.

Thanh toán trễ hạn hợp đồng sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào? (Hình từ Internet)
Hoàn thuế GTGT và khấu trừ thuế GTGT khác nhau như thế nào?
Hoàn thuế GTGT và khấu trừ thuế GTGT đều liên quan đến việc hoàn trả hoặc giảm bớt số thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp phải nộp. Tuy nhiên, không vì thế mà hai thuật ngữ này giống nhau.
Do đó, dưới đây là sự so sánh khác nhau giữa hoàn thuế GTGT và khấu trừ thuế GTGT:
Tiêu chí | Hoàn thuế GTGT | Khấu trừ thuế GTGT |
Khái niệm | Hoàn thuế GTGT là một khoản thuế được cơ quan thuế trả lại mà đối tượng nộp thuế đã nộp cho Ngân sách Nhà nước. Cụ thể là ngân sách nhà nước trả lại cho đơn vị kinh doanh, tổ chức doanh nghiệp, cá nhân mua hàng hóa, dịch vụ. Số tiền thuế được trả là số tiền thuế đầu vào khi doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh mua hàng hóa dịch vụ mà đơn vị kinh doanh chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế hoặc đơn vị đó không thuộc diện chịu thuế. | Khấu trừ thuế GTGT là việc doanh nghiệp được trừ số thuế GTGT đầu vào (đã nộp khi mua hàng hóa, dịch vụ) khỏi số thuế GTGT đầu ra (thu được khi bán hàng hóa, dịch vụ) trước khi nộp thuế cho nhà nước. |
Điều kiện | Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại các Điều 29,30,31,32 Nghị định 181/2025/NĐ-CP: - Phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ; - Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; - Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh; - Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định và không thuộc trường hợp không đáp ứng quy định về khấu trừ thuế; - Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế được xác định như sau: + Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo quy định và không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế. + Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định. + Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT hoặc còn nợ tiền thuế GTGT. - Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định và tuân thủ các quy định về khai thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng và gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận. Lưu ý: Nếu cơ sở kinh doanh đã kê khai đề nghị hoàn thuế trên Tờ khai thuế GTGT thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp theo. | - Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài - Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế giá trị gia tăng trừ một số trường hợp đặc thù - Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định còn phải có: + Hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; + Hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; + Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; + Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu (trừ trường hợp không cần phải có tờ khai hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan); + Phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). |
Thời gian thực hiện | - Đối với diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Theo quy định, trong vòng 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ra thông báo chấp nhận hồ sơ và xác định thời hạn xử lý, cơ quan quản lý thuế phải thực hiện một trong ba phương án sau: + Ban hành quyết định hoàn thuế nếu hồ sơ đủ điều kiện theo quy định; + Chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước hoàn thuế nếu thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019. + Ban hành thông báo không hoàn thuế, nếu hồ sơ không đủ điều kiện được hoàn. Trường hợp cơ quan thuế phát hiện sự sai lệch giữa thông tin trên hồ sơ hoàn thuế và dữ liệu thông tin quản lý của cơ quan thuế thì cơ quan lý thuế sẽ gửi văn bản yêu cầu người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin cần thiết. Lưu ý: Khoảng thời gian người nộp thuế tiến hành giải trình hoặc bổ sung sẽ không được tính vào thời gian xử lý hồ sơ. - Đối với diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Đối với trường hợp này, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định để xác định số thuế GTGT được hoàn. Trong thời hạn chậm nhất không quá 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế. | Thời hạn kê khai và khấu trừ được thực hiện trong kỳ tính thuế phát sinh thuế GTGT đầu vào. |
Cơ sở pháp lý |
Doanh nghiệp có doanh thu hàng năm từ 1 tỷ đồng trở lên được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT không?
Căn cứ khoản 1 Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT.
Theo đó, cơ sở kinh doanh có doanh thu hằng năm từ bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ từ 01 tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh thuộc đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT được xác định như sau:
(1) Doanh thu hằng năm do cơ sở kinh doanh tự xác định căn cứ vào tổng cộng chỉ tiêu “Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng” trên Tờ khai thuế giá trị gia tăng tháng của kỳ tính thuế từ tháng 11 năm trước đến hết kỳ tính thuế tháng 10 năm hiện tại, trước năm xác định phương pháp tính thuế giá trị gia tăng hoặc trên Tờ khai thuế giá trị gia tăng quý của kỳ tính thuế từ quý 4 năm trước đến hết kỳ tính thuế quý 3 năm hiện tại, trước năm xác định phương pháp tính thuế giá trị gia tăng.
Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 02 năm liên tục.
(2) Trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập trong năm và hoạt động sản xuất, kinh doanh trong năm không đủ 12 tháng thì xác định doanh thu ước tính của năm như sau:
Doanh thu ước tính của năm = Tổng cộng chỉ tiêu : Số tháng hoạt động sản xuất, kinh doanh x 12 tháng |
Trong đó: Tổng cộng chỉ tiêu là “Tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng” trên Tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế các tháng hoạt động sản xuất, kinh doanh
- Trường hợp theo cách xác định như trên, doanh thu ước tính từ 01 tỷ đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
- Trường hợp doanh thu ước tính theo cách xác định trên chưa đến 01 tỷ đồng thì cơ sở kinh doanh áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo doanh thu trong 02 năm, trừ trường hợp cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.
(3) Trường hợp cơ sở kinh doanh tạm nghỉ sản xuất, kinh doanh trong cả năm thì xác định theo doanh thu của năm trước năm tạm nghỉ sản xuất, kinh doanh.
Đối với cơ sở kinh doanh tạm nghỉ sản xuất, kinh doanh một thời gian trong năm hoặc năm trước thì xác định doanh thu theo số tháng, quý thực sản xuất, kinh doanh như trường hợp hoạt động sản xuất, kinh doanh không đủ 12 tháng nêu tại điểm b khoản 1 Điều 21 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
Bài viết này có hữu ích không?
- - Nội dung nêu trên là phần giải đáp, tư vấn của chúng tôi dành cho khách hàng của THƯ VIỆN PHÁP LUẬT. Nếu quý khách còn vướng mắc, vui lòng gửi về Email [email protected];
- - Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo;
- - Điều khoản được áp dụng có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc;
- - Mọi ý kiến thắc mắc về bản quyền của bài viết vui lòng liên hệ qua địa chỉ mail [email protected];