Hướng dẫn điền Phụ lục 03-3A thuế TNDN được ưu đãi khi kèm tờ khai 03/TNDN 2025?

Hướng dẫn kê khai Phụ lục 03-3A khi kèm tờ khai 03/TNDN 2025?

Xem thêm: Hiểu đúng về thuế suất 15% áp dụng cho doanh nghiệp nào?

Dù Nghị định 320/2026/NĐ-CP đã áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025 nhưng Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ 01/7/2026 và Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ có kỳ tính thuế trước 01/7/2026 thì sử dụng mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư có hiệu lực.

Vì vậy, đối với hồ sơ khai thuế theo mẫu 03/TNDN quyết toán thuế năm 2025 vẫn thuộc nhóm hồ sơ có kỳ tính thuế trước 01/7/2026.

Trong đó, Phụ lục 03-3A TNDN là Mẫu 03-3A/TNDN (Phụ lục thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi đối với thu nhập từ dự án đầu tư mới, thu nhập của doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp) tại Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC (sửa đổi bổ sung bởi Điều 1 Thông tư 40/2025/TT-BTC). tải

Cách điền kê khai Phụ lục 03-3A khi kèm tờ khai quyết toán thuế TNDN 03/TNDN 2025 như sau:

Chỉ tiêu [01]: Ghi rõ kỳ tính thuế năm phù hợp kỳ tính thuế trên tờ khai 03/TNDN

Trường hợp NNT kê khai riêng Phụ lục thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi mẫu 03-3A/TNDN tại cơ quan thuế nơi NNT có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh khác tỉnh có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN, NNT ghi rõ kỳ tính thuế năm (theo năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với doanh nghiệp áp dụng năm tài chính khác với năm dương lịch), từ ngày đầu tiên của năm dương lịch/năm tài chính hoặc ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh (đối với doanh nghiệp mới thành lập) hoặc ngày hợp đồng bắt đầu có hiệu lực (đối với hợp đồng) đến ngày kết thúc năm dương lịch/năm tài chính hoặc ngày chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc chấm dứt hợp đồng hoặc chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp hoặc tổ chức lại doanh nghiệp được xác định phù hợp với kỳ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán.

Chỉ tiêu [02], [03]: Tích chọn “Lần đầu”. Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế lần đầu đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì kê khai bổ sung theo số thứ tự của từng lần bổ sung.

NNT khai thuế điện tử và nộp phụ lục kèm theo tờ khai tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì hệ thống Etax tự động hỗ trợ hiển thị thông tin này từ thông tin NNT kê khai trên tờ khai 03/TNDN.

Chỉ tiêu [04], [05]: NNT ghi tên và mã số thuế của người nộp thuế phù hợp thông tin trên tờ khai 03/TNDN.

NNT khai thuế điện tử và nộp phụ lục kèm theo tờ khai tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì hệ thống Etax tự động hỗ trợ hiển thị thông tin này từ thông tin NNT kê khai trên tờ khai 03/TNDN.

Chỉ tiêu [06], [07], [08]: NNT ghi tên đại lý thuế, mã số thuế đại lý thuế, thông tin hợp đồng đại lý thuế trong trường hợp NNT khai thuế qua đại lý thuế. Đại lý thuế phải có tình trạng đăng ký thuế “Đang hoạt động” và Hợp đồng phải đang còn hiệu lực tương ứng tại thời điểm khai thuế.

Chỉ tiêu [09a], [09b], [09c]: NNT kê khai thông tin của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh khác tỉnh có thu nhập được hưởng ưu đãi theo quy định tại điểm h khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ. Trường hợp có nhiều đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh đóng trên nhiều địa bàn cấp huyện do Cục Thuế quản lý thì chọn 1 đơn vị đại diện để kê khai vào chỉ tiêu này. Trường hợp có nhiều đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh do Chi cục Thuế khu vực quản lý thì chọn 1 đơn vị đại diện cho địa bàn cấp huyện do Chi cục Thuế khu vực quản lý để kê khai vào chỉ tiêu này. NNT bỏ trống nếu Phụ lục kê khai thông tin ưu đãi cùng tỉnh với nơi có trụ sở chính.

Phần A. Xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của người nộp thuế tại trụ sở chính, đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh: NNT kê khai theo từng trường hợp được hưởng ưu đãi thuế TNDN bao gồm ưu đãi thuế TNDN của NNT tại trụ sở chính/đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh cùng tỉnh với trụ sở chính, và ưu đãi thuế TNDN của đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh khác tỉnh.

Cột (1): NNT ghi thứ tự thông tin theo từng dự án đầu tư/thu nhập thuộc trường hợp được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Cột (2), (3): NNT ghi tên, MST của NNT (trụ sở chính)/đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh có dự án đầu tư/thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Cột (4): NNT ghi tên cơ quan thuế quản lý NNT (trụ sở chính)/đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh có dự án đầu tư/thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Cột (5): NNT kê khai thông tin về điều kiện, trường hợp được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp NNT khai thuế điện tử thì chọn trường hợp ưu đãi theo danh mục.

Cột (6), (7), (8): NNT kê khai thông tin dự án đầu tư được hưởng ưu đãi bao gồm tên dự án đầu tư (cột 6), mã dự án đầu tư (cột 7), lĩnh vực hoạt động của dự án đầu tư (cột 8). Trường hợp NNT không áp dụng ưu đãi theo dự án đầu tư thì bỏ trống thông tin các cột này.

Cột (9), (10), (11), (12): NNT kê khai thời gian được ưu đãi, trong đó: kê khai số năm được hưởng ưu đãi thuế suất (cột 9), năm bắt đầu hưởng ưu đãi thuế suất (cột 10), tổng số năm được ưu đãi miễn giảm thuế (cột 11), năm bắt đầu hưởng miễn giảm thuế (cột 12) phù hợp với điều kiện được hưởng ưu đãi thuế ở cột (5) theo pháp luật thuế TNDN từng thời kỳ.

Cột (13), (14), (15), (16): NNT kê khai kết quả kinh doanh của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế, chi tiết chỉ tiêu về doanh thu tính thuế (cột 13), chi phí tính thuế (cột 14), thu nhập miễn thuế (cột 15), chuyển lỗ và bù trừ lãi lỗ (cột 16).

Cột (17): NNT kê khai thu nhập tính thuế được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Chỉ tiêu tại cột (17) = (13) - (14) - (15) - (16).

Cột (18): NNT kê khai thuế suất được ưu đãi phù hợp với điều kiện được hưởng ưu đãi thuế ở cột (5) và thông tin thời gian được hưởng ưu đãi thuế suất ở cột (9), (10).

Cột (19): NNT kê khai số thuế TNDN phải nộp theo thuế suất phổ thông. Chỉ tiêu cột (19) = cột (17) x 20%. Tổng cộng cột (19) = chỉ tiêu [11].

Cột (20): NNT kê khai số thuế TNDN phải nộp tính theo thuế suất ưu đãi. Chỉ tiêu cột (20) = cột (17) x cột (18).

Cột (21): NNT kê khai số thuế chênh lệch do áp dụng thuế suất ưu đãi. Chỉ tiêu cột (21) = cột (19) - cột (20). Tổng cộng cột (21) = chỉ tiêu [12] được tổng hợp lên chỉ tiêu [C11] của tờ khai 03/TNDN.

Cột (22): NNT kê khai tỷ lệ giảm thuế, cụ thể ghi tỷ lệ 100% nếu đang áp dụng ưu đãi miễn thuế, ghi tỷ lệ 50% đối với nếu đang áp dụng ưu đãi giảm thuế.

Cột (23): NNT kê khai số thuế TNDN được miễn thuế. Tổng cộng cột (23) = chỉ tiêu [13] được tổng hợp lên chỉ tiêu [C12] của tờ khai 03/TNDN.

Cột (24): NNT kê khai số thuế TNDN được giảm thuế. Tổng cộng cột (24) = chỉ tiêu [14] được tổng hợp lên chỉ tiêu [C13] của tờ khai 03/TNDN.

Cột (25): NNT kê khai tổng số thuế TNDN được ưu đãi thuế. Chỉ tiêu cột (25) = cột (21) + cột (23) + cột (24). Tổng cộng cột (25) = chỉ tiêu [15].

Phần B. Xác định số thuế TNDN phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế TNDN của đơn vị phụ thuộc/địa điểm kinh doanh khác tỉnh. NNT không phải kê khai mục B nếu hoạt động được hưởng ưu đãi thuế TNDN cùng tỉnh với nơi có trụ sở chính.

Chỉ tiêu [16]: NNT kê khai số thuế TNDN phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo công thức [16]=[11] - [15].

Chỉ tiêu [17]: NNT kê khai số thuế TNDN của hoạt động sản xuất kinh doanh nộp thừa trong kỳ trước do NNT thực hiện tạm nộp theo quý lớn hơn số thuế phải nộp theo quyết toán năm tại cơ quan thuế mà NNT thực hiện kê khai riêng hoạt động ưu đãi, chuyển sang bù trừ với số thuế TNDN phải nộp kỳ này.

Chỉ tiêu [18]: NNT kê khai số thuế TNDN đã tạm nộp theo quý trong năm tại tại cơ quan thuế mà NNT thực hiện kê khai riêng hoạt động ưu đãi tính đến thời hạn nộp hồ sơ khai quyết toán. Ví dụ: NNT có kỳ tính thuế từ 01/01/2021 đến 31/12/2021 thì số thuế TNDN đã tạm nộp trong năm là số thuế TNDN đã nộp tính đến hết ngày 31/3/2022.

Chỉ tiêu [19]: NNT kê khai chênh lệch giữa số thuế phải nộp và số thuế đã tạm nộp trong năm theo công thức [19]=[16]-[18].

Chỉ tiêu [20]: NNT kê khai số thuế TNDN còn phải nộp sau quyết toán theo công thức [20]=[16]-[17]-[18].

Hướng dẫn điền Phụ lục 03-3A thuế TNDN được ưu đãi khi kèm tờ khai 03/TNDN 2025?

Kỳ tính thuế 2026 thì dùng Phụ lục 03-3A mới theo TT89/2026 đúng không?

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ 01/7/2026, do đó đối với kỳ tính thuế năm 2026, doanh nghiệp kê khai Phụ lục 03-3A kèm theo tờ khai 03/TNDN theo Mẫu số 03-3A/TNDN được quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Tải về Mẫu số 03-3A/TNDN được quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Những địa bàn nào được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp?

Căn cứ theo Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định về nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

Nguyên tắc, đối tượng áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

...

3. Địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do Chính phủ quy định, bao gồm:

a) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

b) Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

c) Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.

4. Chính phủ quy định việc áp dụng ưu đãi thuế đối với các trường hợp sau đây:

a) Trường hợp áp dụng ưu đãi thuế theo tiêu chí địa bàn;

b) Trường hợp ưu đãi thuế trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp;

c) Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên có doanh thu hoặc trong kỳ tính thuế đầu tiên có thu nhập từ dự án đầu tư của doanh nghiệp (bao gồm cả dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ) có thời gian phát sinh doanh thu, thu nhập được hưởng ưu đãi thuế dưới 12 tháng.

5. Doanh nghiệp thành lập hoặc doanh nghiệp có dự án đầu tư từ việc sáp nhập, họp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả tiền phạt nếu có), đồng thời được kế thừa các ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả các khoản lỗ chưa được kết chuyển) của doanh nghiệp hoặc dự án đầu tư trước khi sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, điều kiện chuyển lỗ theo quy định của pháp luật.

Như vậy, theo quy định hiện hành có 03 khu vực địa bàn được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:

- Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;

- Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

- Khu kinh tế, khu công nghệ cao, khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, khu công nghệ số tập trung.