TIÊU CHUẨN QUỐC GIA
TCVN 8379:2010
TÔM VÀ
SẢN PHẨM TÔM –
PHÁT
HIỆN VIRUT GÂY BỆNH HOẠI TỬ DƯỚI VỎ VÀ CƠ QUAN TẠO MÁU (IHHNV) BẰNG KỸ
THUẬT PHẢN ỨNG CHUỖI TRÙNG HỢP (PCR)
Shrimp and shrimp products –
Detection of infectious hypodermal
and haematopoietic necrosis virus (IHHNV) by polymerase chain reaction (PCR)
Lời nói đầu
TCVN 8379 : 2010 do Cục Quản lý Chất
lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản biên soạn, Bộ
Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đề nghị, Tổng cục Tiêu chuẩn Đo
lường Chất lượng thẩm định, Bộ Khoa học và Công nghệ công bố.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
1. Phạm vi áp dụng
Tiêu chuẩn
này quy định phương pháp phát hiện virut gây bệnh hoại tử dưới vỏ và cơ quan
tạo máu (IHHNV) trên tôm và sản phẩm của tôm thuộc chi Tôm he (Penaeus)
bằng kỹ thuật PCR (Polymerase Chain Reaction).
2. Tài liệu viện dẫn
Các
tài liệu viện dẫn sau là rất cần thiết cho việc áp dụng tiêu chuẩn này. Đối với
các tài liệu viện dẫn ghi năm công bố thì áp dụng phiên bản được nêu. Đối với
các tài liệu viện dẫn không ghi năm công bố thì áp dụng phiên bản mới nhất, bao
gồm cả các sửa đổi, bổ sung (nếu có).
ISO
22174 : 2005, Microbiology of food and animal feeding stuffs – Polymerase
chain reaction (PCR) for the detection of food-borne pathogens – General
requirements and definitions (Vi sinh vật trong thực phẩm và thức ăn
chăn nuôi – Phản ứng chuỗi trùng hợp để phát hiện sinh vật gây bệnh từ thực
phẩm – Yêu cầu chung và định nghĩa).
3. Thuật ngữ và định
nghĩa
Trong tiêu
chuẩn này áp dụng các thuật ngữ và định nghĩa sau:
3.1 Virut gây bệnh hoại tử dưới vỏ và cơ quan tạo máu (IHHNV) [(Infectious hypodermal
and haematopoietic necrosis virus (IHHNV)]
Virut gây
bệnh ở tôm, thuộc chi Brevidensovirus, họ Parvoviridae, có kích
thước từ 20 nm đến 22 nm, không có màng bao icosahedron, mật độ
1,40 g/ml trong CsCl, chứa DNA mạch đơn dạng thẳng có kích thước ước
khoảng 4,1 kb và có capsid gồm bốn polypeptide với khối lượng phân tử 74,
47, 39 và 37,5 kDa.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Việc xác
định sự có hoặc không có virut IHHNV (3.1) trong một khối lượng cụ thể của sản
phẩm khi tiến hành thử nghiệm theo tiêu chuẩn này.
4. Nguyên tắc
4.1 Phương pháp phân tích định tính này dựa vào việc xác định đoạn
DNA đích có được khuếch đại hay không. Quá trình xác định được thực hiện bằng
cách điện di sản phẩm khuếch đại trên bảng thạch, nhuộm màu DNA và quan sát
dưới ánh sáng tử ngoại (UV) có bước sóng 302 nm.
4.2 Quy trình phát hiện virut IHHNV bằng kỹ thuật PCR cần qua bốn
giai đoạn kế tiếp nhau: tách chiết DNA; khuếch đại DNA; điện di để phát hiện
DNA và đọc kết quả (xem thêm Phụ lục A).
5. Thuốc thử và vật liệu
thử
Trong mọi trường hợp, chỉ sử
dụng các thuốc thử tinh khiết phân tích thích hợp cho các ứng dụng sinh học
phân tử. Việc pha chế, bảo quản và sử dụng thuốc thử phải tuân thủ theo hướng
dẫn của nhà sản xuất. Nhìn chung, nên lấy lượng cần thiết vừa đủ các dung dịch
phản ứng cho phép thử PCR và bảo quản chúng trong điều kiện thích hợp.
5.1 Mồi
Mồi đặc
hiệu của virut IHHNV sử dụng trong kỹ thuật PCR gồm hai cặp mồi: cặp mồi
309F/309R khuếch đại đoạn DNA của IHHNV và cặp mồi MG831F/MG831R khuếch đại
trình tự DNA của tôm tương đồng với DNA của virut IHHNV. Mồi có trình tự cụ thể
như sau:
Mồi
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Sản phẩm
309F
5’-TCC-AAC-ACT-TAG-TCA-AAA-CCA-A-3’
309 bp
309R
5’-TGT-CTG-CTA-CGA-TGA-TTA-TCC-A-3’
MG831F
5’-TTG-GGG-ATG-CAG-CAA-TAT-CT-3’
831 bp
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
5’-TTG-GGG-ATG-CAG-CAA-TAT-CT-3’
Nồng độ
của mồi sử dụng trong phân tích được pha loãng thành 25 mM trong dung dịch đệm
TE. Dung dịch đệm TE chứa Tris-HCl 10 mM (pH 8,0) và EDTA 1 mM.
5.2 Các thuốc thử tách chiết DNA
5.2.1 Dung dịch đệm ly trích
5.2.1.1 Thành phần
Thuốc thử
Khối lượng
Nồng độ cuối
Tris (hydroxymetyl)-aminometan
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
50 mM
Etylendiaminetetra axetic axit
(EDTA)
0,37 g
1 mM
Natri clorua (NaCl)
29,22 g
500 mM
Natri dodexyl sulfat (SDS)
10,0 g
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Proteinaza K (chỉ thêm vào trước
khi tách chiết)
10 µg/ml
Nước vừa đủ
1000 ml
pH 8,0
5.2.1.2 Chuẩn bị
Sử dụng
nước cất hai lần vô trùng ít hơn thể tích cuối cùng để hòa tan Tris, EDTA và
NaCl, khuấy và đảo đều dung dịch. Ở pH thấp, EDTA sẽ tan dễ dàng. Sử dụng HCl
để chỉnh pH dung dịch về giá trị 8,0. Cuối cùng thêm lượng SDS cần thiết vào
dung dịch và thêm nước cho đủ thể tích cuối. Nên hấp khử trùng dung dịch này để
bất hoạt DNA nhiễm vào và giữ được dung dịch đệm lâu hơn.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
CHÚ THÍCH
2 Nên sử dụng thuốc thử và các sản phẩm dùng cho phản ứng khuếch đại PCR được
tổng hợp thành bộ chế phẩm dạng thương mại lưu hành trên thị trường có thành
phần phù hợp như dưới đây.
Quá trình
pha chế, bảo quản, sử dụng phải tuân thủ theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Trong
trường hợp sử dụng thuốc thử và vật liệu riêng lẻ, độ tinh khiết của các thành
phần và nước pha chế phải đảm bảo chất lượng dùng cho sinh học phân tử.
CHÚ THÍCH
3 Có nhiều quy trình dùng để tách chiết axit nucleic (DNA) từ mô động vật. Đối
với mô tôm, việc tách chiết DNA là không quá khó, vì vậy trong quy trình trên
đề cập đến phương pháp tách chiết bằng dung dịch đệm ly trích là phương pháp
đơn giản, dễ thực hiên. Tuy nhiên, tuỳ thuộc vào việc sử dụng sản phẩm PCR vào
mục đích tạo dòng, lai… nên chọn các phương pháp thích hợp và tối ưu hơn, ví dụ
như phương pháp dùng hệ thống cột ly tâm để tách chiết DNA hoặc sử dụng các bộ
chế phẩm tách chiết thương mại có bán sẵn.
5.2.2 Tách chiết DNA dùng hệ thống cột ly tâm
5.2.2.1 Dung dịch đệm ly giải mô
urê
4M, Tris 200 mM, NaCl 20 mM, EDTA 200 mM, có pH 7,4. Bảo quản ở 25 oC.
5.2.2.2 Dung dịch đệm liên kết
Guanidin-HCl
6M, urê 10 mM, Tris-HCl 10 mM, Triton X-100 20 % (phần thể tích), có pH 4,4.
Bảo quản ở 25 oC.
5.2.2.3 Proteinaza K.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Thêm vào
20 ml etanol tinh khiết guanidin-HCl 5 M và Tris-HCl 20 mM, có pH 6,6. Bảo quản
ở 25 oC.
5.2.2.5 Dung dịch đệm rửa
Thêm vào
80 ml etanol tinh khiết NaCl 20 mM, Tris-HCl 2 mM, có pH 7,5.
5.2.2.6 Dung dịch đệm rửa giải
Tris-HCl
10 mM, có pH 8,5. Bảo quản ở 25 oC.
5.3 Pha chế dung dịch đệm TE
(dùng để
pha loãng cặn DNA)
Hòa tan
Tris 10 mM với EDTA 1 mM, chỉnh pH về giá trị 7,6 bằng dung dịch HCl.
5.4 Hỗn hợp phản ứng khuếch đại PCR (Master mix)
5.4.1 Thành
phần
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
25 ml hỗn hợp thuốc thử
Nồng độ cuối
Nước cất hai lần
16,0 ml
Dung dịch đệm đậm đặc 10 lần
2,5 ml
Đậm đặc 1 lần
dNTP
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
200 mM cho mỗi loại
Hỗn hợp mồi A
0,5 ml
0,31 mM
Hỗn hợp mồi B
0,5 ml
0,31 mM
MgCl2
2,0 ml
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Enzym
0,5 ml
2,5 U
CHÚ THÍCH Hỗn hợp mồi A, B
tương ứng với các trình tự 309 F/R, MG831 F/R.
5.4.2 Có thể sử dụng hỗn hợp phản ứng PCR
như PCR - hạt, thành phần gồm chất ổn định: BSA, dNTP, khoảng 2,5 đơn vị Taq
DNA polymeraza và dung dịch đệm phản ứng. Trước khi sử dụng hạt, cần hoàn
nguyên đến thể tích cuối 25 µl, nồng độ mỗi dNTP là 200 µM trong Tris-HCl 10
mM, có pH 9,0 ở nhiệt độ phòng, KCl 50 mM và MgCl2 1,5 mM. Nên
sử dụng hỗn hợp phản ứng PCR được bán sẵn trên thị trường.
5.5 Thang DNA
Sử dụng
thang đo phù hợp để ước lượng được đoạn khuếch đại 309 bp và 831 bp. Có thể sử
dụng sản phẩm khuếch đại có kích thước 309 bp và 831 bp đã biết trước.
5.6 Pha chế một số hoá chất điện di
5.6.1 Dung
dịch đệm TBE đậm đặc 10 lần (Tris - axit boric - EDTA đậm đặc 10 lần)
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
5.6.2 EDTA
(etylen diamin
tetra axetic) 0,5 M
Hòa tan 93,05 g EDTA trong 350 ml nước rồi chỉnh cho dung dịch có pH 8,0
bằng dung dịch NaOH 4
N. Sau đó, thêm nước cất cho đủ 500 ml. Tiến hành hấp vô trùng và bảo quản ở
nhiệt độ phòng.
5.6.3 Dung dịch đệm tải mẫu DNA đậm
đặc 6 lần
Hoà
tan các thành phần: Tris-HCl 10 mM (pH 7,6); bromophenol blue 0,03 %; xylen
xyanol FF 0,03 %; glycerol 60 % và EDTA 60 mM.
5.6.4 Dung dịch
dietypyrocarbonat (DEPC)
Trộn 0,1 % (phần thể tích)
dietypyrocarbonat vào nước cất, lắc khoảng 10 min. Sau đó để qua đêm trong bình kín,
nới lỏng nắp và hấp khử trùng ở 121 oC trong 15 min.
5.6.5 Tạo bảng thạch 1,5 % (Gel agaroza 1,5 %)
5.6.5.1 Tạo bảng thạch 1,5 %
Đun tan hoàn toàn 1,5 g agaroza
trong 100 ml dung dịch đệm TBE đậm đặc 0,5 lần. Để nguội ở nhiệt độ phòng
khoảng 10 min (đạt 55 °C đến 60 °C).
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
5.6.5.3 Nhuộm trong
Chuyển agaroza vừa đun vào một chai chuyên dùng để pha etidi bromua, sau
đó cho vào 4ml etidi bromua 10 mg/ml (cho 4 ml etidi bromua 10 mg/ml vào 100 ml dung dịch
agaroza), trộn đều (tránh tạo bọt khí). Chuẩn
bị khuôn, cân bằng mặt khuôn bằng giọt nước, gắn lược vào khuôn, sau đó đổ agaroza vào khuôn đạt độ dày khoảng 3 mm đến 5 mm. Để
đông tự nhiên ở nhiệt độ phòng. Gỡ lược, đặt bảng thạch vào trong máng điện di, các giếng của bảng thạch
phải ở phía gần điện cực âm. Đổ dung dịch TBE đậm đặc 0,5 lần cho đến khi ngập
bảng thạch trước khi cho mẫu vào để điện di.
5.6.5.4 Nhuộm ngoài
Sau khi điện di, ngâm bảng thạch vào
dung dịch etidi bromua 10 mg/ml (5 µl hoà tan trong 100 ml nước cất). Dung dịch này phải bao phủ toàn bộ bảng
thạch. Lắc nhẹ trong khoảng 20 min. Sau đó, vớt bảng thạch ra khỏi dung dịch
nhuộm, rửa với nước cất trong 10 min để loại bỏ dung dịch nhuộm còn dư trên bề
mặt bảng thạch.
6 Thiết bị và dụng cụ
Sử dụng các thiết bị, dụng
cụ của phòng thử nghiệm vi sinh thông thường và cụ thể như sau:
6.1
Bộ nghiền mẫu vô trùng.
6.2 Máy ly tâm, có thể hoạt động với tốc độ
tối đa trên 12 000 r/min.
6.3 Máy luân nhiệt.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
6.5 Bàn đọc kết quả với tia UV bước sóng 302 nm hoặc
thiết bị chụp ảnh để lưu kết quả.
6.6 Micropipet, dung tích 10 µl; 20 µl; 100
µl; 1000 µl.
6.7 Ống nghiệm đáy côn (ống Eppendorf), dung tích 1,5 ml và 0,2 ml.
6.8 Ðầu típ các loại, có đầu lọc với thể tích
không lớn hơn 10 µl.
6.9 Khuôn, khay, lược dùng để tạo bảng thạch.
6.10 Ống lọc tinh, có 2 lớp màng lọc, có thể chứa 700
µl dịch mẫu.
6.11 Ống góp, dùng bọc ngoài ống lọc tinh.
7. Cách tiến hành
7.1 Chuẩn bị mẫu
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.1.2 Đối với mẫu tôm bố mẹ: lượng mẫu dùng cho mỗi phản ứng từ
100 mg đến 200 mg cuống mắt hoặc một phần chân bơi.
7.1.3 Đối với mẫu tôm thương phẩm: lượng mẫu dùng cho mỗi phản ứng từ
100 mg đến 200 mg phiến mang tôm, chân bơi, chân bò, cơ hoặc khoảng 100 µl dịch
bạch huyết của tôm.
7.1.4 Yêu cầu đối với mẫu để phân
tích: mẫu tôm còn
sống và bảo quản trong cồn 95 % ngay sau khi lấy. Thể tích cồn sử dụng để bảo
quản không nên nhỏ hơn 3 lần thể tích mẫu cần phân tích. Sau khi cố định, mẫu
được lưu giữ ở nhiệt độ khoảng từ 25 oC đến 30 oC trong 1
tuần lễ. Khi cần bảo quản mẫu lâu hơn nữa phải thay cồn mới.
7.2 Tách chiết DNA
Có thể sử dụng một trong hai phương
pháp tách chiết DNA sau:
7.2.1 Sử dụng dung dịch đệm ly trích
(5.2.1)
7.2.1.1 Cho khoảng 100 mg đến 200 mg mẫu tôm
(7.1) cho vào ống nghiệm đáy côn có thể tích 1,5 ml, bổ sung 500 µl dung dịch đệm ly trích (5.2.1),
nghiền nhuyễn mẫu.
7.2.1.2 Ủ mẫu ở 95 oC trong 10
min.
7.2.1.3 Ly tâm với tốc độ 12 000 r/min
trong 10 min.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.2.1.5 Thêm 400 µl etanol 95 %.
7.2.1.6 Trộn nhanh bằng máy trộn rung
(vortex), ly tâm với tốc độ 12 000 r/min trong 5 min.
7.2.1.7 Gạn bỏ dung dịch etanol, giữ lại
cặn.
7.2.1.8 Làm khô cặn DNA ở nhiệt độ phòng.
7.2.1.9 Hoà tan phần cặn trên với dung dịch
DEPC (5.6.4) hoặc dung
dịch đệm TE (5.3).
7.2.2 Sử dụng hệ thống cột ly tâm (5.2.2)
7.2.2.1 Cho khoảng 100 mg đến 200 mg mẫu
tôm (7.1) vào ống nghiệm đáy côn 1,5 ml, bổ sung 200 µl dung dịch đệm ly giải
mô, nghiền mẫu với chày nghiền vô trùng.
7.2.2.2 Tiếp tục thêm 50 µl enzym
proteinaza K, trộn đều dung dịch, ủ các ống nghiệm đáy côn ở 55 oC
trong 1 h.
7.2.2.3 Thêm 200 µl dung dịch đệm liên kết,
trộn đều ngay và đem ủ ở 70 oC trong 10 min.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.2.2.5 Ly tâm các ống nghiệm đáy côn 1,5
ml ở tốc độ cao nhất có thể trong 30 s nhằm loại bỏ mô chưa thủy phân.
7.2.2.6 Chuyển phần dịch nổi sang các ống
nghiệm đáy côn 1,5 ml mới chứa sẵn 100 µl isopropanol. Trộn đều và chuyển toàn
bộ dung dịch sang các ống lọc tinh có gắn ống góp.
7.2.2.7 Ly tâm các ống với tốc độ 8 000 r/min
trong 1 min. Bỏ ống góp chứa phần dung dịch thu được và thay thế bằng ống góp
mới.
7.2.2.8 Thêm 500 µl dung dịch loại bỏ chất
ức chế vào các lọc tinh, ly tâm với tốc độ 8 000 r/min trong 1 min. Bỏ ống góp
chứa phần dung dịch thu được và thay thế bằng góp mới.
7.2.2.9 Thêm 500 µl dung dịch đệm rửa vào
các lọc tinh, ly tâm với tốc độ 8 000 r/min trong 1 min. Bỏ ống góp chứa phần
dung dịch thu được và thay thế bằng góp mới.
7.2.2.10 Lặp lại bước 7.2.2.8 và 7.2.2.9.
7.2.2.11 Ly tâm các ống góp chứa ống lọc
tinh trong 20 s ở tốc độ cao nhất có thể để loại bỏ hoàn toàn dung dịch đệm
rửa.
7.2.2.12 Chuyển các ống lọc tinh sang các
ống nghiệm đáy côn 1,5 ml. Thêm 100 µl dung dịch đệm rửa giải có nhiệt độ 70 oC,
ly tâm với tốc độ 8 000 r/min trong 1 min. Loại bỏ phần ống lọc tinh. Thu được
dung dịch DNA ở các ống nghiệm đáy côn.
CHÚ THÍCH Do nguồn mẫu khác nhau có
hàm lượng DNA không giống nhau, vì vậy cần điều chỉnh nồng độ DNA bằng cách hoà
tan DNA vào các thể tích dung dịch DEPC hoặc dung dịch TE phù hợp theo lượng
DNA thu được. Việc xác định hàm lượng DNA có thể tiến hành bằng cách đo giá trị
mật độ quang (OD) của dịch pha loãng theo tỉ lệ 1:5 (10 µl dịch DNA thu được:
40 µl nước) ở bước sóng 260 nm (OD260) hoặc bằng cách điện di 10 µl
dịch DNA thu được ở nồng độ thạch 1,5 %.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3 Khuếch đại DNA
Để đảm bảo kết quả phân tích có độ
tin cậy cao nên quá trình khuếch đại cần chuẩn bị đầy đủ các yếu tố sau:
a) DNA của mẫu đã biết trước không
có virut IHHNV;
b) DNA của mẫu đã biết trước dương
tính IHHNV (bao gồm mẫu mô, máu hoặc plasmid); DNA mẫu trắng (nước cất hai
lần).
7.3.1 Mẫu
1 µl dịch chiết DNA cho vào ống chứa
hỗn hợp phản ứng khuếch đại PCR (5.4.1 hoặc 5.4.2).
7.3.2 Mẫu kiểm chứng dương tính
1 µl mẫu kiểm chứng dương tính cho
vào một chứa hỗn hợp phản ứng khuếch đại PCR (5.4.1 hoặc 5.4.2).
7.3.3 Mẫu kiểm chứng âm tính
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.3.4 Khuếch đại phản ứng PCR
Sau khi
cho dịch tách chiết mẫu, mẫu kiểm chứng dương tính, mẫu kiểm chứng âm tính vào
ống chứa hỗn hợp phản ứng khuếch đại PCR đã được đánh dấu, đậy nắp ống thật
chặt, ly tâm nhẹ để dung dịch tụ hết xuống đáy ống không còn dính trên thành
ống. Đặt các ống chứa hỗn hợp phản ứng khuếch đại PCR vào máy luân nhiệt thực
hiện phản ứng theo chương trình sau:
Số chu kỳ
Nhiệt độ, oC
Thời gian
1
95
5 min
35
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
30 s
55
30 s
72
1 min
1
72
5 min
Giữ ở 4 oC
cho đến khi phân tích.
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.4.1 Cho 5 đến 7 µl dung dịch đệm tải mẫu
(5.6.3) vào các ống sản phẩm khuếch đại (7.3.4) trộn đều.
7.4.2 Hút khoảng 5 ml đến 7 ml
từ các ống (7.4.1): mẫu kiểm chứng âm tính, mẫu kiểm chứng dương tính, thang
DNA chuẩn, các mẫu vào mỗi giếng trên bảng thạch. Trình tự hút mẫu cho vào
giếng: mẫu kiểm chứng âm tính, mẫu thử, mẫu kiểm chứng dương tính, thang DNA
chuẩn.
7.4.3 Điện di ở hiệu điện thế 100 V đến
120 V. Sau khi nối điện, quan sát bong bóng khí từ hai phía của điện cực.
CHÚ THÍCH Dung dịch đệm tải mẫu gồm
hai thành phần màu: màu xanh đậm là chỉ thị bromphenol blue; màu xanh nhạt là
chỉ thị xylen cyanol. Khi quan sát thấy màu xanh đậm của thuốc nhuộm cách giếng
khoảng 2/3 chiều dài bảng gel agaroza, dừng quá trình điện di.
Để đảm bảo kết quả phân tích có độ
tin cậy cao, cần tiến hành điện di mẫu kiểm chứng âm tính, mẫu kiểm chứng dương
tính, thang DNA chuẩn, mẫu phân tích.
7.4.4 Nhuộm etidi bromua bảng thạch (chỉ áp dụng cho nhuộm ngoài)
Xem 5.6.5.4.
7.5 Đọc kết quả
7.5.1 Đọc kết quả
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
7.5.1.2 Đọc kết quả bằng thiết bị chuyên
dùng (Geldoc): Để bảng gel vào buồng đọc gel và đọc theo chương trình được cài sẳn trong máy tính.
7.5.2 Đối chiếu các vạch sáng của mẫu với
các vạch sáng từ mẫu kiểm chứng dương tính, mẫu kiểm chứng âm tính và thang DNA
để đưa ra kết luận.
7.5.3 Cách đọc kết quả
Đọc kết
quả điện di theo trình tự như sau:
Kết quả điện di
Giếng
Vạch 831 bp
Vạch 309 bp
Kết quả
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Phân vạch rõ ràng và sáng theo
kích thước sử dụng
Điện di tốt
Mẫu kiểm chứng dương tính [+]
Có
Có
Hỗn hợp phản ứng PCR tốt
Không
Có
Chấp nhận được
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Không
Mẫu kiểm chứng dương tính hỏng,
enzym hỏng
Có
Không
Không chấp nhận kết quả
Mẫu kiểm chứng âm tính [-]
Không
Không
Không ngoại nhiễm
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Có
Bị ngoại nhiễm
Có
không
Không
Có
Mẫu thử
Có
Có
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Không
Có
Có IHHNV
Không
Không
Không có IHHNV
Có
Không
Không có IHHNV, có đoạn DNA của
tôm tương đồng với DNA của IHHNV
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
Theo phần
diễn giải các kết quả, ghi lại phát hiện hoặc không phát hiện virut IHHNV trong
phần mẫu thử.
8.1 Kết quả âm tính
Kết quả
được coi là âm tính khi:
– phát
hiện vạch sáng của mẫu kiểm chứng dương tính;
– không
phát hiện vạch sáng của mẫu kiểm chứng âm tính;
– thang
DNA phân vạch rõ ràng theo kích thước sử dụng.
– mẫu phân
tích không có vạch DNA đích.
8.2 Kết quả dương tính
Kết quả
được coi là dương tính khi:
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
– không
phát hiện vạch sáng của mẫu kiểm chứng âm tính;
– thang
DNA phân vạch rõ ràng theo kích thước sử dụng.
– mẫu phân
tích xuất hiện vạch DNA đích.
8.3 Kết quả nghi ngờ
Khi thử
nghiệm cho kết quả nghi ngờ (không phát hiện vạch sáng ở mẫu kiểm chứng dương tính,
phát hiện vạch sáng của mẫu kiểm chứng âm tính hoặc thang DNA không phân vạch
rõ ràng...), thì phải tiến hành phân tích lại.
9. Báo cáo thử nghiệm
Báo cáo thử nghiệm phải ghi rõ:
– thông tin cần thiết để nhận biết
đầy đủ về mẫu thử;
– phương pháp lấy mẫu đã sử dụng
(nếu có);
...
...
...
Bạn phải
đăng nhập hoặc
đăng ký Thành Viên
TVPL Pro để sử dụng được đầy đủ các tiện ích gia tăng liên quan đến nội dung TCVN.
Mọi chi tiết xin liên hệ:
ĐT: (028) 3930 3279 DĐ: 0906 22 99 66
– chi tiết thao tác không quy định
trong tiêu chuẩn này, hoặc tùy ý lựa chọn, cùng với các chi tiết bất thường
khác có thể ảnh hưởng tới kết quả (nếu có);
– kết quả thử nghiệm thu được;
– báo cáo
kết quả cũng phải nêu rõ nếu các phép thử tiếp theo được thực hiện bởi phòng
thử nghiệm chuẩn, hoặc nếu đã thực hiện thì nêu kết quả thu được.

