Trình tự, thủ tục hoàn thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026 quy định ra sao?

Trình tự, thủ tục hoàn thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026 quy định ra sao?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

>>>TẢI VỀ: Thông tư 86/2026/TT-BTC

Căn cứ khoản 6 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định trình tự thủ tục hồ sơ hoàn thuế được thực hiện như sau:

(1) Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước

Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thực hiện kiểm tra, rà soát, đối chiếu thông tin khai báo trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế với thông tin quản lý tại cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan để xác định điều kiện hoàn thuế, số tiền thuế phải hoàn.

- Trường hợp thông tin khai trên hồ sơ hoàn thuế không thống nhất với thông tin quản lý của cơ quan hải quan hoặc cơ quan hải quan cần làm rõ thông tin, hồ sơ thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 7 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 06 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC để người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin.

Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được thông báo của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chưa đủ cơ sở xem xét, xử lý hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm a.3 khoản 6 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC.

- Trường hợp xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại điểm c.2.1 khoản 6 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC;

- Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thôngbáo qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện từ hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo và gửi người nộp thuế theo Mẫu số 02 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC.

(2) Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

- Thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan được giao chức năng xử lý hoàn thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế.

- Nội dung, phương pháp kiểm tra

Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra theo nội dung, phạm vi của quyết định kiểm tra, theo nguyên tắc kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.

+ Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán, phiếu xuất kho, nhập kho hoặc chứng từ thể hiện việc xuất, nhập kho hàng hóa; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã nộp trên Hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan, thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với các thông tin trên Hệ thống liên quan đến tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn;

+ Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 35 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khẩu hao, phương pháp tính khấu hao;

+ Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sự phù hợp giữa định mức người nộp thuế phản ánh trong Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện đề nghị hoàn thuế nhập khẩu theo Mẫu số 15 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC với định mức thực tế sản xuất, sổ sách, chứng từ kế toán, tài liệu kỹ thuật trong quá trình sản xuất có liên quan đến nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu đề nghị hoàn thuế.

Trường hợp chưa có thông tin hoặc dữ liệu cần xác minh về kiểm tra cơ sở sản xuất, cơ quan hải quan kiểm tra cơ sở sản xuất, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất.

+ Kiểm tra các chứng từ, tài liệu, dữ liệu khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Điều 16a Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC, khoản 5 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC;

+ Kết thúc việc kiểm tra, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế được hoàn theo từng loại thuế, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn, lý do không đủ điều kiện hoàn.

Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu được hoàn theo tờ khai hải quan và số tiền thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu được hoàn theo quyết định ấn định thuế.

- Trình tự, thủ tục kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định tại Điều 39 Thông tư 86/2026/TT-BTC.

(3) Xử lý kết quả kiểm tra

- Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo theo Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tửhải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện từ hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo theo Mẫu số 02 tại Phụ lục 1 Thông tư 86/2026/TT-BTC và gửi người nộp thuế;

- Trường hợp kết luận kiểm tra xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế

+ Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế được hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế ban hành quyết định hoàn thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế theo Mẫu số 16 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC và gửi người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có);

+ Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế dã nộp theo quyết định ấn định thuế, việc ban hành quyết định hoàn thuế được thực hiện như sau:

Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo tờ khai hải quan.

Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế.

Trình tự, thủ tục hoàn thuế từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026 quy định ra sao?

Trách nhiệm của cơ quan hải quan đối với hồ sơ, trình tự thủ tục hoàn thuế được quy định ra sao?

Căn cứ khoản 3 Điều 11 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định trách nhiệm của cơ quan hải quan như sau:

- Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế được hoàn hoặc cơ quan hải quan nơi được giao chức năng xử lý hoàn thuế thực hiện tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc tiếp nhận hồ sơ giấy trong trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố;

- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế về việc tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoặc không tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp không thuộc các trường hợp hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện từ hải quan theo Mẫu số 3 tại Phụ lục II Thông tư 86/2026/TT-BTC. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện từ hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 05 tại Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC.

Hàng hóa xuất nhập khẩu nào không phải tính tiền chậm nộp?

Căn cứ điểm e khoản 3 Điều 36 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định không tính tiền chậm nộp đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu như sau:

- Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải thực hiện việc phân tích, phân loại hoặc giám định theo quy định của pháp luật về hải quan nhằm xác định chính xác số tiền thuế phải nộp thì không tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế tăng thêm trong thời gian chờ cơ quan hải quan yêu cầu bổ sung theo kết quả phân tích, phân loại hoặc giám định;

- Hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan theo quy định của pháp luật về trị giá hải quan thì không tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế tăng thêm trong thời gian chưa có giá chính thức;

- Hàng hóa có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan thì không tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế tăng thêm trong thời gian chưa xác định được các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan;

- Trường hợp hàng hóa nhập khẩu bị áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp có hiệu lực trở về trước 90 ngày theo quy định của pháp luật về quản lý ngoại thương: cơ quan hải quan không tính tiền chậm nộp trong thời hạn 90 ngày trở về trước;

- Hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu thuộc các trường hợp quy định tại điểm a, b, c, d và đ khoản 3 Điều 36 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;