Công văn 5557/CT-CS hướng dẫn về bù trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như thế nào?

Công văn 5557/CT-CS hướng dẫn về bù trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như thế nào?

Căn cứ khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định như sau:

Hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc hoàn thuế đối với xuất khẩu được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác;

b) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Kỳ hoàn thuế được xác định từ kỳ tính thuế giá trị gia tăng có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa khấu trừ hết liên tục chưa được hoàn thuế đến kỳ tính thuế có đề nghị hoàn thuế.

Số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (bao gồm số thuế giá trị gia tăng đầu vào hạch toán riêng được và số thuế giá trị gia tăng đầu vào được xác định theo tỷ lệ nêu trên) nếu sau khi bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Số thuế giá trị gia tăng được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không vượt quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu của kỳ hoàn thuế. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được xác định cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nhưng chưa được hoàn do vượt quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu của kỳ hoàn thuế trước được khấu trừ vào kỳ tính thuế tiếp theo để xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu kỳ hoàn thuế tiếp theo.

...

Bên cạnh đó tại khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP có nội dung như sau:

Hoàn thuế đối với đầu tư

1. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại Điều này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.

Trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho Ban Quản lý dự án, chi nhánh trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh, tổ chức kinh tế, chi nhánh cùng kỳ tính thuế (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều này. Khi dự án đầu tư, giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư đã hoàn thành, trường hợp tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh không tiếp tục quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh mà do chủ dự án đầu tư trực tiếp quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc giao cho cơ sở kinh doanh khác quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bàn giao số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết của dự án đầu tư để bàn giao cho chủ dự án đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh được giao quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh để tiếp tục kê khai, khấu trừ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh vào kỳ tính thuế tiếp theo ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng phải chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư, chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động sản xuất, kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải nộp lại số thuế giá trị gia tăng đã được hoàn của dự án đầu tư vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế; đối với số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

...

Theo đó, căn cứ các quy định nêu trên đồng thời tham khảo Công văn 5557/CT-CS năm 2026 TẢI VỀ do Cục Thuế ban hành ngày 04/8/2026 hướng dẫn về chính sách thuế GTGT đối với dự án đầu tư cụ thể như sau:

- Trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập Ban Quản lý dự án và giao cho Ban Quản lý dự án trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT thì Ban Quản lý dự án được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.

- Ban Quản lý dự án phải bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh cùng kỳ tính thuế (nếu có).

- Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo quy định tại khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ. Việc khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư thực hiện theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Công văn 5557/CT-CS hướng dẫn về bù trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như thế nào?

Các trường hợp phải phân bổ thuế GTGT theo Nghị định 252/2026 quy định ra sao?

Căn cứ vào điểm a khoản 2 Điều 15 Nghị định 252/2026/NĐ-CP có quy định người nộp thuế thực hiện phân bổ thuế GTGT phải nộp trong các trường hợp sau:

(1) Hoạt động kinh doanh xổ số điện toán;

(2) Hoạt động xây dựng theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân hoặc quy định của pháp luật về xây dựng, có giá trị công trình xây dựng theo hợp đồng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng từ 01 tỷ đồng trở lên (trừ hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan, tư vấn, khảo sát, thiết kế, kế toán, bảo hiểm);

(3) Hoạt động chuyển nhượng bất động sản, trừ hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ);

(4) Đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) và cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà, trừ trường hợp phân bổ của người nộp thuế là doanh nghiệp siêu nhỏ theo quy định của pháp luật về hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa;

(5) Nhà máy thủy điện nằm trên nhiều địa bàn cấp tỉnh;

(6) Hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau; trường hợp cơ sở kinh doanh kinh doanh dịch vụ viễn thông mua hàng hóa, dịch vụ để đầu tư tập trung cho toàn hệ thống hạ tầng viễn thông thì được lựa chọn phân bổ số thuế giá trị gia tăng đầu vào cho các chi nhánh theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Lưu ý, các quy định tại mục (2), (3), (4), (5), (6) thực hiện đến hết 31/12/2026 theo khoản 2 Điều 74 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế gồm những gì?

Căn cứ theo khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế như sau:

- Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp có nhiệm vụ và quyền hạn sau: ban hành quyết định kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra; bãi bỏ quyết định kiểm tra; chỉ đạo đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong quyết định kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025; tạm dừng, tạm hoãn, gia hạn thời hạn kiểm tra; quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế theo thẩm quyền hoặc kết luận kiểm tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra hoặc kiến nghị người có thẩm quyền kết luận, ban hành các quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế; chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật đối với trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền;

- Trưởng đoàn kiểm tra có nhiệm vụ, quyền hạn sau: tổ chức, chỉ đạo các thành viên đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung quyết định kiểm tra; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại khoản 2 Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025; quyết định việc niêm phong tài liệu, hàng hóa (nếu có) của đối tượng kiểm tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; lập biên bản kiểm tra thuế, biên bản kiểm tra thuế xác định rõ hành vi vi phạm hành chính thì biên bản kiểm tra thuế của cơ quan thuế được xác định là biên bản vi phạm hành chính; báo cáo người ra quyết định kiểm tra về kết quả kiểm tra;

- Thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra thuế có nhiệm vụ, quyền hạn sau: thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của trưởng đoàn kiểm tra thuế; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế được trưởng đoàn phân công thực hiện kiểm tra; báo cáo kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao với trưởng đoàn kiểm tra thuế.