Công văn 4356/TCS13-NVDTPC hướng dẫn giải quyết hoàn thuế GTGT có rủi ro như thế nào?

Công văn 4356/TCS13-NVDTPC hướng dẫn giải quyết hoàn thuế GTGT có rủi ro như thế nào?

Thuế cơ sở 13 tỉnh Thanh Hóa đã có Công văn 4356/TCS13-NVDTPC ngày 21/09/2026 hướng dẫn một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT.

>> Tải về Công văn 4356/TCS13-NVDTPC năm 2026

Theo đó, để doanh nghiệp thuận lợi trong thực hiện và phối hợp với cơ quan thuế, ngày 18/9/2026 Cục Thuế đã có Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 hướng dẫn thống nhất một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT có rủi ro, cụ thể như sau:

(1) Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế:

Thông tin, cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng là thông tin phục vụ quản lý rủi ro, rà soát và xác minh. Cảnh báo rủi ro không tự động đồng nghĩa với việc giao dịch của doanh nghiệp mua hàng không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Việc xác định hồ sơ hoàn thuế, phần số tiền đề nghị có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo tiêu chí quản lý rủi ro và quy định tại Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Điều 48 và Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

(2) Trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi rо:

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế thì cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định.

Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Việc một phần số tiền có rủi ro không làm toàn bộ số tiền đề nghị hoàn bị dừng xử lý.

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định, cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ và xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn theo kết quả kiểm tra, rà soát.

(3) Trường hợp người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro:

Việc người bán, nhà cung cấp cấp hai hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động là thông tin để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết; không phải là căn cứ để cơ quan thuế kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.

Cơ quan thuế xem xét trên cơ sở hồ sơ, hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp, tỉnh có thật của giao dịch và việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế áp dụng tại kỳ hoàn thuế, thời điểm phát sinh giao dịch. Trường hợp qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không có thật, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi gian lận, thông đồng, sử dụng hóa đơn không hợp pháp thì xử lý theo quy định pháp luật.

Công văn 4356/TCS13-NVDTPC hướng dẫn giải quyết hoàn thuế GTGT có rủi ro như thế nào? (Hình từ Internet)

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT là các hồ sơ nào?

Tại khoản 1 Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp như sau:

(1) Hồ sơ hoàn thuế lần đầu theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

- Trường hợp hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế giá trị gia tăng bao gồm:

+ Hoàn thuế đối với dự án đầu tư theo từng dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

+ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

+ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam.

- Trường hợp hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học theo quy định của pháp luật về thuế tiêu thụ đặc biệt.

(2) Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;

(3) Hồ sơ hoàn thuế hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

- Hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam;

+ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

- Một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

(4) Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết đối với doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Mức độ rủi ro trong quản lý thuế là gì?

Theo Điều 3 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định như sau:

Giải thích từ ngữ

Trong Thông tư này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:

...

4. Chỉ số tiêu chí đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế là các chỉ tiêu thông tin mang giá trị cụ thể của tiêu chí đánh giá, phân loại tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế.

5. Đánh giá và phân loại mức độ tuân thủ pháp luật thuế là việc phân tích thông tin, dữ liệu để xác định mức độ chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế và sắp xếp người nộp thuế vào các nhóm tuân thủ khác nhau.

6. Mức độ rủi ro là thước đo phản ánh khả năng xảy ra và mức độ ảnh hưởng của hành vi không tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế đối với việc thực hiện nghĩa vụ thuế và công tác quản lý thuế của cơ quan thuế.

...

Như vậy, mức độ rủi ro là thước đo phản ánh khả năng xảy ra và mức độ ảnh hưởng của hành vi không tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế đối với việc thực hiện nghĩa vụ thuế và công tác quản lý thuế của cơ quan thuế.