Nguyên tắc mới trong hoàn thuế GTGT đối với hồ sơ có rủi ro?

Nguyên tắc mới trong hoàn thuế GTGT đối với hồ sơ có rủi ro?

Vừa qua, Cục Thuế đã ban hành Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 hướng dẫn về việc thực hiện thống nhất một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế GTGT

>> Tải về Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 <<

Tại Công văn này, Cục Thuế đã yêu cầu cơ quan thuế các cấp quán triệt thực hiện và hướng dẫn người nộp thuế áp dụng thống nhất các quy định trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) như sau:

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cần phân biệt rõ:

- Thông tin, cảnh báo rủi ro;

- Kết quả Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế;

- Kết quả kiểm tra, xác minh xác định người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm.

Thông tin, cảnh báo rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng là dữ liệu đầu vào phục vụ đánh giá, phân loại rủi ro, lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh; không đồng nghĩa với giao dịch không phát sinh trên thực tế, hóa đơn không hợp pháp hoặc số thuế GTGT đầu vào tương ứng không đủ điều kiện hoàn.

Công tác phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định hồ sơ, số tiền cần yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo quy định tại Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC và tiêu chí quản lý rủi ro.

Việc hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn được xác định có rủi ro không đồng nghĩa với việc người nộp thuế không được hoàn thuế. Cơ quan thuế căn cứ kết quả phân loại để yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc thực hiện kiểm tra, xác minh đối với phần có rủi ro theo quy định. Chỉ khi có đủ căn cứ xác định người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm thì cơ quan thuế thực hiện không hoàn, thu hồi số tiền đã hoàn và xử lý theo quy định.

Đồng thời, xử lý hồ sơ hoàn thuế theo kết quả phân loại như sau:

- Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước:

+ Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ có rủi ro trong quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

+ Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn thuế trước và được hoàn khi đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Trường hợp Hệ thống xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì chỉ xem xét, xử lý đối với phần số tiền có rủi ro, không chuyển toàn bộ số tiền đề nghị hoàn sang diện kiểm tra trước hoàn, trừ trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định của pháp luật.

+ Cơ quan thuế không chờ kết quả kiểm tra, xác minh phần số tiền có rủi ro mới giải quyết phần số tiền còn lại nếu phần số tiền này đã đủ điều kiện giải quyết theo trình tự hoàn thuế trước.

+ Đối với phần số tiền thuộc diện kiểm tra trước hoàn, nội dung yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, kiểm tra, xác minh phải gắn với nội dung, giao dịch, hóa đơn và phần số tiền cần làm rõ; không mở rộng phạm vi chỉ vì phát sinh cảnh báo rủi ro tại một chủ thể trong chuỗi cung ứng, trừ trường hợp trong quá trình kiểm tra, xác minh phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro hoặc thuộc trường hợp phải kiểm tra theo quy định.

- Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế:

Cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ theo quy định tại Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 48, Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC; trên cơ sở kết quả kiểm tra, xác minh xác định rõ số tiền đủ điều kiện được hoàn, số tiền không được hoàn và số tiền chưa đủ điều kiện được hoàn theo quy định.

Nguyên tắc mới trong hoàn thuế GTGT đối với hồ sơ có rủi ro? (Hình từ Internet)

03 trường hợp được hoàn thuế GTGT không phải nộp hồ sơ khai thuế?

Căn cứ theo khoản 9 Điều 11 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định các trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác như sau:

Các trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác

Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đối với từng loại thuế, khoản thu khác trong các trường hợp sau đây:

...

9. Người nộp thuế thuộc diện được hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng không phải nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng trong các trường hợp sau:

a) Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính (bao gồm cả văn phòng điều hành của nhà thầu chính tại Việt Nam), tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án sử dụng vốn Hỗ trợ Phát triển Chính thức (ODA) không hoàn lại (bao gồm cả văn phòng điều hành của nhà tài trợ hoặc tổ chức quản lý, thực hiện chương trình, dự án do nhà tài trợ chỉ định);

b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ không hoàn lại, tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam;

c) Tổ chức, cá nhân được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam.

...

Như vậy, người nộp thuế thuộc diện được hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế GTGT không phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT trong các trường hợp sau:

Hoàn thuế GTGT xuất khẩu diện kiểm tra trước hoàn thuế trong bao lâu?

Căn cứ vào điểm b khoản 3 Điều 31 Nghị định 252/2026/NĐ-CP có quy định về thời hạn tiếp nhận, giải quyết và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế của cơ quan quản lý thuế như sau:

Thời hạn tiếp nhận, giải quyết và phản hồi thông tin hồ sơ hoàn thuế của cơ quan quản lý thuế

...

2. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế:

a) Đối với trường hợp thuộc diện hoàn thuế trước: chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có thông báo tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế, thông báo số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn thuế (số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn, số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn và chuyển khấu trừ, số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn, không được khấu trừ), thông báo chuyển hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn của người nộp thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định, thông báo hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế không bao gồm thời gian người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế;

b) Đối với trường hợp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế: chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế, thông báo số tiền đề nghị hoàn nhưng không hoàn thuế (số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn, số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn và chuyển khấu trừ, số tiền đề nghị hoàn nhưng không được hoàn, không được khấu trừ), thông báo hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế không bao gồm thời gian người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế.

...

Theo quy định trên, đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT xuất khẩu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế, thông báo số tiền đề nghị hoàn nhưng không hoàn thuế, thông báo hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế.

Như vậy, hoàn thuế GTGT xuất khẩu diện kiểm tra trước hoàn thuế sẽ được cơ quan thuế giải quyết chậm nhất trong 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý vi phạm sau kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế không bao gồm thời gian người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế.