Có hoàn thuế GTGT nếu một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro không?

Có hoàn thuế GTGT nếu một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro không?

Căn cứ tại điểm b.2 khoản 1 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định như sau:

Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Xác định số thuế được hoàn:

a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn:

a.1) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn;

a.2) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước:

...

b.2) Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định có một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế có rủi ro cao trong quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Đối với một phần số tiền đề nghị hoàn thuế Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định không có rủi ro cao thì cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.1 và điểm b.3 khoản này.

...

Theo đó, đối với hồ sơ thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định chỉ một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro cao, cơ quan thuế thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Phần còn lại không có rủi ro cao tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn thuế trước.

Ngoài ra, Công văn 6936/CT-QLTT năm 2026 Tải trong đó Cục Thuế hướng dẫn nội dung về hoàn thuế GTGT như sau:

Đối với trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro:

- Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định.

- Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện. Việc một phần số tiền có rủi ro không làm toàn bộ số tiền đề nghị hoàn bị dừng xử lý.

- Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ và xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn theo kết quả kiểm tra, rà soát.

Có hoàn thuế GTGT nếu một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro không? (Hình từ Internet)

Hồ sơ nào thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT?

Theo quy định tại khoản 1 Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở NNT là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp như sau:

(1) Hồ sơ hoàn thuế lần đầu theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

- Trường hợp hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế giá trị gia tăng bao gồm:

+ Hoàn thuế đối với dự án đầu tư theo từng dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

+ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

+ Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam.

- Trường hợp hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học theo quy định của pháp luật về thuế tiêu thụ đặc biệt.

(2) Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;

(3) Hồ sơ hoàn thuế hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế sau:

- Hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn tiền viện trợ quốc tế khẩn cấp để cứu trợ và khắc phục hậu quả thiên tai tại Việt Nam;

+ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

- Một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế áp dụng đối với các trường hợp hoàn thuế:

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với xuất khẩu;

+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với cơ sở kinh doanh sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%;

+ Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng sinh học.

(4) Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết đối với doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Điều kiện hoàn thuế GTGT năm 2026 cần đáp ứng những gì?

Căn cứ theo Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định điều kiện hoàn thuế GTGT cụ thể như sau:

Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Mục 3 Chương 3 Nghị định 181/2025/NĐ-CP phải đáp ứng điều kiện sau đây:

(1) Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại các Điều 29, Điều 30, Điều 31, Điều 32 Nghị định 181/2025/NĐ-CP phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.

(2) Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định tại Mục 2 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP và không thuộc trường hợp quy định tại khoản 15 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP

(3) Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế được xác định như sau:

- Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, người bán đã nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo quy định và không còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.

- Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định.

- Trường hợp xác định người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế người bán chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng hoặc còn nợ tiền thuế giá trị gia tăng.

(4) Tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế, cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định tại Mục 3 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP và tuân thủ các quy định về khai thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng và gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận.

Cơ quan thuế phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước hoặc kiểm tra trước hoàn thuế và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.