Dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ khai thuế ở đâu?

Dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ khai thuế ở đâu?

Căn cứ theo Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về khai thuế giá trị gia tăng như sau:

Điều 19. Khai thuế giá trị gia tăng

[...]

2. Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế:

[...]

b.4) Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.

Trường hợp dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

[....]

Như vậy, dự án đầu tư thuộc diện hoàn GTGT nộp hồ sơ khai thuế tại:

- Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế GTGT của dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với dự án cùng tỉnh. Riêng người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh, thành phố nơi có dự án đầu tư.

- Đối với dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh khác thì nộp hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.

- Đối với dự án đầu tư trên nhiều tỉnh, nơi nộp hồ sơ phụ thuộc việc có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp quản lý dự án hay không. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế GTGT nộp hồ sơ khai thuế ở đâu? (Hình từ Internet)

Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT rủi ro cao, cơ quan thuế xử lý như thế nào?

Tại khoản 1 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác như sau:

Điều 16. Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, văn bản hướng dẫn thi hành Luật và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Đối với phân loại rủi ro người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế, căn cứ kết quả phân loại tại Điều 13 Thông tư này và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế như sau:

1. Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng.

a) Rủi ro cao:

a.1) Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp quy định tại điểm a.2 Khoản này).

a.2) Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một (01) hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

b) Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

b.1) Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trên cơ sở các quy định pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin do cơ quan thuế quản lý tại Cơ sở dữ liệu, Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế xác định và đưa ra số thuế chưa phát hiện được rủi ro theo quy định.

[....]

Như vậy, đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT rủi ro cao, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác)

Kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện trong thời hạn bao lâu tùy theo mức độ rủi ro?

Căn cứ khoản 4 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định tùy theo mức độ rủi ro, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trên cơ sở kết quả phân loại mức độ rủi ro từ cao xuống thấp, thời hạn cụ thể như sau:

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro cao nhưng không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau quy định tại tiết a.2 điểm a khoản 1 Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC: Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro trung bình: Trong thời hạn 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro thấp: Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế.

Căn cứ tình hình thực tế, yêu cầu quản lý thuế, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trước thời hạn nêu trên.