Công văn 5557/CT-CS về chính sách khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Ban Quản lý dự án thực hiện ra sao?

Công văn 5557/CT-CS về chính sách khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Ban Quản lý dự án thực hiện ra sao?

Ngày 4/8/2026 Cục thuế đã có Công văn 5557/CT-CS về hính sách thuế giá trị gia tăng gửi Thuế tỉnh Quảng Ngãi.

TẢI VỀ

Theo đó tại khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

Điều 15. Hoàn thuế giá trị gia tăng

[...]

2. Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại khoản này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư;

b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp sau đây:

b1) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật về đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động, trừ dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật về đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

b2) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản (không bao gồm dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí quy định tại điểm a khoản này) và dự án đầu tư sản xuất sản phẩm là tài nguyên, khoáng sản khai thác đã chế biến thành sản phẩm khác quy định tại khoản 23 Điều 5 của Luật này.

Tại khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hoàn thuế GTGT đối với đầu tư như sau:

Điều 30. Hoàn thuế đối với đầu tư

1. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành. Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại Điều này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư.

Trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập tổ chức kinh tế mới hoặc giao cho Ban Quản lý dự án, chi nhánh trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh, tổ chức kinh tế, chi nhánh cùng kỳ tính thuế (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Điều này. Khi dự án đầu tư, giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư đã hoàn thành, trường hợp tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh không tiếp tục quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh mà do chủ dự án đầu tư trực tiếp quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh hoặc giao cho cơ sở kinh doanh khác quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh thì tổ chức kinh tế mới thành lập, Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải bàn giao số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết của dự án đầu tư để bàn giao cho chủ dự án đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh được giao quản lý, vận hành hoạt động sản xuất, kinh doanh để tiếp tục kê khai, khấu trừ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh vào kỳ tính thuế tiếp theo ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng phải chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư, chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động sản xuất, kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải nộp lại số thuế giá trị gia tăng đã được hoàn của dự án đầu tư vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật về quản lý thuế; đối với số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Đồng thời tại điểm d khoản 2 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP (hết hiệu lực ngày 1/7/2026) quy định về hồ sơ khai thuế như sau:

Điều 7. Hồ sơ khai thuế

[...]

2. Hồ sơ khai thuế tương ứng với từng loại thuế, người nộp thuế, phù hợp vơi phương pháp tính thuế, kỳ tính thuế (tháng, quý, năm, từng lần phát sinh hoặc quyết toán). Trường hợp cùng một loại thuế mà người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh thì thực hiện khai chung trên một hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp sau:

[...]

d) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư thành lập Ban Quản lý dự án và giao cho Ban Quản lý dự án trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng thì Ban Quản lý dự án được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Ban Quản lý dự án phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện của cơ sở kinh doanh cùng kỳ tính thuế (nếu có).

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ.

Việc khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thực hiện theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

*Bài viết Công văn 5557 CT CS về chính sách khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Ban Quản lý dự án thực hiện.

Công văn 5557 CT CS về chính sách khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Ban Quản lý dự án thực hiện ra sao? (Hình từ Inetrnet)

Thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng được quy định ra sao?

Căn cứ tại Điều 8 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng như sau:

[1] Thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:

- Đối với hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua hoặc thời điểm lập hóa đơn, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền;

- Đối với dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung cấp dịch vụ hoặc thời điểm lập hóa đơn cung cấp dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

[2] Thời điểm xác định thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ sau đây do Chính phủ quy định:

- Hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu;

- Dịch vụ viễn thông;

- Dịch vụ kinh doanh bảo hiểm;

- Hoạt động cung cấp điện, hoạt động sản xuất điện, nước sạch;

- Hoạt động kinh doanh bất động sản;

- Hoạt động xây dựng, lắp đặt và hoạt động dầu khí.

Việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT nghiêm cấm thực hiện những hành vi nào?

Căn cứ tại Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT như sau:

[1] Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.

[2] Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.

[3] Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.

[4] Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.

[5] Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.

[6] Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.

[7] Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

[8] Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

*Nội dung Công văn 5557 CT CS về chính sách khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Ban Quản lý dự án thực hiện ra sao?