Có phải lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thay thế khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế không?

Có phải lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thay thế khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế không?

Ngày 07/9/2026, Thuế tỉnh Vĩnh Long ban hành Công văn 3042/VLO-QLDN1 năm 2026 Tải về hướng dẫn chính sách thuế TNCN đối với khoản thu hồi tiền lương chi vượt nguồn.

Theo đó, căn cứ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Khai thuế, khoản thu khác; tính thuế, khoản thu khác; khấu trừ thuế

...

5. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra;

c) Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án;

...

Căn cứ Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác:

Khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác

1. Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế và quy định tại Điều này. Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế bảo đảm xác định đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế nhưng không làm thay đổi hiệu lực của các kết luận, quyết định xử lý qua thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền.

...

6. Người nộp thuế khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế, khoản thu khác có sai, sót thuộc các trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 3, 4 và 5 Điều này như sau:

a) Người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a, b, c khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế thực hiện khai bổ sung cho kỳ phát sinh sai, sót. Trường hợp việc khai bổ sung làm tăng số thuế, khoản thu khác phải nộp hoặc giảm số thuế, khoản thu khác đã được miễn, giảm, hoàn thì người nộp thuế phải nộp đủ số tiền phải nộp tăng thêm hoặc số tiền đã được miễn, giảm, hoàn và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có); trường hợp việc khai bổ sung làm giảm số thuế, khoản thu khác phải nộp thì người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp và xử lý số tiền thuế, khoản thu khác nộp thừa (nếu có) theo quy định. Trường hợp việc khai bổ sung làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau thì người nộp thuế khai số thuế chênh lệch tăng, giảm vào kỳ phát hiện sai, sót. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

...

b) Người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm d và điểm đ khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế thực hiện theo quy định tại điểm a khoản này và bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

...

Căn cứ điểm 2 Phụ lục II Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế (ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC như sau:

Trường hợp khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung hồ sơ khai thuế của quý có sai, sót tương ứng, không phân biệt đã nộp hay chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế.

Căn cứ Điều 42 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp, nộp thừa như sau:

Xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp, nộp thừa

...

2. Đối với khoản đã nộp, nộp thừa không gắn với mã định danh khoản phải nộp (ID) thì được xử lý bù trừ như sau:

a) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản nợ đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục), cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính;

b) Bù trừ khoản đã nộp, nộp thừa với khoản thu phát sinh đã được cấp mã định danh khoản phải nộp (ID) của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục), cùng cơ quan thuế quản lý thu và cùng địa bàn hành chính;

...

đ) Tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a, điểm b khoản này. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng (=) số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ (-) số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân;

...

3. Người nộp thuế có số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi chung là khoản nộp thừa) sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại khoản 1, khoản 2 Điều này mà không còn khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả theo quy định tại mục 2 Chương V Thông tư này.

...

Căn cứ Điều 20 Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định về xử lý chứng từ điện tử đã lập như sau:

Xử lý chứng từ điện tử đã lập

1. Trường hợp sai về các nội dung trên chứng từ như tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc các nội dung khác nhưng không sai về mã số thuế, số tiền ghi trên chứng từ thì tổ chức lập chứng từ điện tử thông báo cho bên nhận chứng từ điện tử về việc chứng từ đã lập sai và không phải lập lại chứng từ. Tổ chức lập chứng từ điện tử thông báo với cơ quan thuế về chứng từ đã lập sai theo Mẫu số 04/SS-CTĐT Phụ lục III kèm theo Thông tư này.

2. Các trường hợp chứng từ điện tử đã lập sai ngoài các trường hợp quy định tại khoản 1 Điều này thì tổ chức lập chứng từ điện tử thay thế cho chứng từ điện tử đã lập sai.

Căn cứ các quy định nêu trên đồng thời tham khảo Công văn 3042/VLO-QLDN1 năm 2026 Tải về hướng dẫn như sau:

Như vậy, căn cứ các quy định trên, trường hợp phát hiện hồ sơ khai thuế có sai sót phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp thì phải lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho cá nhân tự quyết toán hoặc đơn vị có trách nhiệm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thay thế cho chứng từ đã lập sai về số tiền.

Chứng từ khấu trừ thuế TNCN đã lập sai thực hiện xử lý theo quy định tại khoản 2 Điều 20 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Có phải lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thay thế khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế không?

Các trường hợp sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo Nghị định 254?

Căn cứ khoản 7 Điều 3 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định 7 hành vi được xem là sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ như sau:

(1) Sử dụng hóa đơn, chứng từ tẩy xóa, sửa chữa không đúng quy định;

(2) Sử dụng hóa đơn, chứng từ khống (hóa đơn, chứng từ đã ghi các chỉ tiêu, nội dung nghiệp vụ kinh tế nhưng việc mua bán hàng hóa, dịch vụ không có thật một phần hoặc toàn bộ);

(3) Sử dụng hóa đơn phản ánh không đúng giá trị thực tế phát sinh hoặc lập hóa đơn khống, lập hóa đơn giả;

(4) Sử dụng hóa đơn có sự chênh lệch về giá trị hàng hóa, dịch vụ hoặc sai lệch các tiêu thức bắt buộc giữa các liên của hóa đơn (đối với hóa đơn giấy đã phát hành, sử dụng trong giai đoạn trước khi chuyển sang hóa đơn điện tử);

(5) Sử dụng hóa đơn để quay vòng khi vận chuyển hàng hóa trong khâu lưu thông hoặc dùng hóa đơn của hàng hóa, dịch vụ này để chứng minh cho hàng hóa, dịch vụ khác;

(6) Sử dụng hóa đơn, chứng từ của tổ chức, cá nhân khác (trừ hóa đơn của cơ quan thuế và trường hợp được ủy nhiệm lập hóa đơn) để hợp thức hóa hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc hàng hóa, dịch vụ bán ra;

(7) Sử dụng hóa đơn, chứng từ mà cơ quan thuế hoặc cơ quan công an hoặc các cơ quan chức năng khác đã kết luận là sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ.

Trên chứng từ khấu trừ thuế TNCN có cần chữ ký của người chi trả thu nhập không?

Căn cứ vào khoản 1 Điều 23 Nghị định 254/2026/NĐ-CP có quy định về nội dung chứng từ khấu trừ thuế TNCN như sau:

Nội dung chứng từ

1. Đối với chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

a) Tên chứng từ khấu trừ thuế; ký hiệu mẫu chứng từ khấu trừ thuế, ký hiệu chứng từ khấu trừ thuế, số thứ tự chứng từ khấu trừ thuế;

b) Tên, địa chỉ, mã số thuế của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập;

c) Tên, địa chỉ, số điện thoại, mã số thuế của cá nhân nhận thu nhập (nếu cá nhân đã có mã số thuế), hoặc số định danh cá nhân;

d) Quốc tịch (nếu người nộp thuế không thuộc quốc tịch Việt Nam);

đ) Khoản thu nhập, thời điểm trả thu nhập, tổng thu nhập chịu thuế, khoản đóng bảo hiểm bắt buộc; khoản từ thiện, nhân đạo, khuyến học; số thuế đã khấu trừ;

e) Ngày, tháng, năm lập chứng từ khấu trừ thuế;

g) Họ tên, chữ ký của người trả thu nhập.

Trường hợp sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử thì chữ ký trên chứng từ điện tử là chữ ký số.

...

Như vậy, trên chứng từ khấu trừ thuế TNCN có cần chữ ký của người trả thu nhập. Trường hợp sử dụng chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân điện tử thì chữ ký trên chứng từ điện tử là chữ ký số.