Chi nhánh khấu trừ thuế TNCN khi người lao động có thêm thu nhập tại công ty chủ quản như thế nào?

Chi nhánh khấu trừ thuế TNCN khi người lao động có thêm thu nhập tại công ty chủ quản như thế nào?

Căn cứ tại khoản 2 Điều 50 Nghị định 253/2026/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế TNCN như sau:

Khấu trừ thuế

...

2. Tổ chức, cá nhân trả tiền lương, tiền công, tiền thù lao, tiền chi khác cho cá nhân cư trú không ký hợp đồng hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng (bao gồm cả trường hợp trả tiền lương, thu nhập khác cho người lao động đã chấm dứt hợp đồng lao động) mà mức chi trả thu nhập từ 05 triệu đồng/lần trở lên thì phải khấu trừ thuế và nộp số thuế đã khấu trừ của cá nhân theo tỷ lệ 10% trên thu nhập trước khi trả thu nhập cho cá nhân. Trường hợp mức chi trả thu nhập dưới 05 triệu đồng/lần thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập được khấu trừ thuế theo tỷ lệ 10% khi cá nhân có yêu cầu.

Trường hợp cá nhân chỉ có thu nhập thuộc đối tượng phải khấu trừ thuế theo tỷ lệ nêu trên nhưng ước tính tổng mức thu nhập chịu thuế của cá nhân sau khi giảm trừ gia cảnh chưa đến mức phải nộp thuế thì cá nhân có thu nhập làm cam kết (theo mẫu ban hành kèm theo văn bản hướng dẫn về quản lý thuế) gửi tổ chức trả thu nhập để tổ chức trả thu nhập làm căn cứ tạm thời chưa khấu trừ thuế thu nhập cá nhân. Cá nhân làm cam kết phải chịu trách nhiệm về bản cam kết của mình, trường hợp phát hiện có sự gian lận sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và pháp luật liên quan khác.

Căn cứ vào cam kết của cá nhân, tổ chức trả thu nhập không khấu trừ thuế. Kết thúc năm tính thuế, tổ chức trả thu nhập vẫn phải tổng hợp danh sách và thu nhập của những cá nhân chưa đến mức khấu trừ thuế theo mẫu ban hành kèm theo văn bản hướng dẫn về quản lý thuế và nộp cho cơ quan thuế.

Đối với cá nhân cư trú ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần theo quy định tại khoản 1 Điều này, kể cả trường hợp cá nhân ký hợp đồng từ 03 tháng trở lên tại nhiều nơi.

...

Căn cứ tại Điều 50 Nghị định 253/2026/NĐ-CP quy định quyết toán thuế TNCN như sau:

Quyết toán thuế

1. Tổ chức, cá nhân trả thu nhập; cá nhân cư trú có thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm quyết toán thuế theo năm, trừ các trường hợp sau:

a) Cá nhân có số thuế phải nộp nhỏ hơn số thuế đã nộp trong kỳ tính thuế mà không có yêu cầu hoàn thuế hoặc bù trừ thuế vào kỳ sau;

b) Cá nhân có thêm thu nhập ở nơi khác mà phần thu nhập này bình quân tháng trong năm không quá 15 triệu đồng đã được tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ 10% trên thu nhập quy định tại khoản 2 Điều 50 của Nghị định này thì không phải quyết toán thuế đối với phần thu nhập này.

Trường hợp cá nhân lựa chọn quyết toán thuế trực tiếp với cơ quan thuế thì hệ thống thông tin quản lý thuế sẽ hỗ trợ tổng hợp tất cả các nguồn thu nhập từ tiền lương, tiền công phát sinh trong năm tính thuế và được trừ số thuế đã được tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trong năm tính thuế.

...

Căn cứ khoản 1 Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn khai thuế TNCN như sau:

Khai thuế thu nhập cá nhân

1. Khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:

a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai theo quý và quyết toán năm như sau:

a.1) Trường hợp khai theo quý: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý;

a.2) Trường hợp khai quyết toán năm:

a.2.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho các cá nhân có ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế, không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế;

a.2.2) Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới do tổ chức cũ thực hiện sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc tổ chức cũ và tổ chức mới trong cùng một hệ thống thì tổ chức mới có trách nhiệm quyết toán thay theo ủy quyền của cá nhân đối với cả phần thu nhập do tổ chức cũ chi trả và thu lại chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ đã cấp cho người lao động (nếu có).

...

Theo đó, tại Công văn 5464/KHH-QLDN1 năm 2026 Tải về hướng dẫn chi nhánh khấu trừ thuế TNCN khi người lao động chỉ có thêm thu nhập tại công ty chủ quản như sau:

- Chi nhánh ký hợp đồng lao động trên 03 tháng với cá nhân, công ty chủ quản đã khấu trừ thuế TNCN theo tỷ lệ 10% trên thu nhập trước khi trả thu nhập cho cá nhân và phần thu nhập này bình quân tháng trong năm không quá 15 triệu đồng thì Chi nhánh thực hiện khấu trừ thuế TNCN theo Biểu thuế lũy tiến từng phần. Chi nhánh quyết toán thuế thay theo ủy quyền của cá nhân theo quy định tại Điều 50, 51 Nghị định 253/2026/NĐ-CP.

- Chi nhánh không ký hợp đồng hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng với cá nhân, Chi nhánh chi trả thu nhập từ 05 triệu đồng/lần trở lên thì Chi nhánh phải khấu trừ thuế và nộp số thuế đã khấu trừ của cá nhân theo tỷ lệ 10% trên thu nhập trước khi trả thu nhập cho cá nhân, trừ trường hợp cá nhân có văn bản cam kết theo quy định tại khoản 2 Điều 50 Nghị định 253/2026/NĐ-CP.

Chi nhánh khấu trừ thuế TNCN khi người lao động có thêm thu nhập tại công ty chủ quản như thế nào? (Hình từ Internet)

Thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN đối với cá nhân ký hợp đồng lao động trên 3 tháng?

Căn cứ vào Điều 24 Nghị định 254/2026/NĐ-CP có quy định về thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN như sau:

Thời điểm lập chứng từ

1. Tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, thời điểm thu thuế, phí, lệ phí, tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí, phải lập chứng từ, biên lai giao cho người nộp thuế, phí, lệ phí trừ các trường hợp quy định tại khoản 2, khoản 3 và khoản 4 Điều này.

2. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân không phải lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

3. Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập lập chứng từ khấu trừ thuế cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc lập một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một năm tính thuế khi cá nhân yêu cầu. Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên, tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ lập một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế.

4. Đối với thu nhập của nhà đầu tư cá nhân phát sinh từ hoạt động chuyển nhượng chứng khoán, đầu tư vốn, chuyển nhượng tài sản mã hóa, chuyển nhượng vàng miếng, thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại, thu nhập từ trúng thưởng, thừa kế, quà tặng trong trường hợp khoản thu nhập này đã được tổ chức chi trả hoặc tổ chức khấu trừ thuế thực hiện khấu trừ, nộp thuế thu nhập cá nhân tại nguồn thì tổ chức chi trả hoặc tổ chức khấu trừ thuế không phải lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

5. Thời điểm ký số trên chứng từ là thời điểm tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, tổ chức thu thuế, phí, lệ phí điện tử sử dụng chữ ký số để ký trên chứng từ điện tử được hiển thị theo định dạng ngày, tháng, năm của năm dương lịch.

Theo quy định trên, thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN đối với cá nhân ý hợp đồng lao động trên 3 tháng là lập một chứng từ khấu trừ thuế trong một năm tính thuế.

Kỳ tính thuế TNCN được xác định như thế nào?

Căn cứ theo Điều 66 Nghị định 253/2026/NĐ-CP quy định xác định kỳ tính thuế TNCN như sau:

(1) Đối với cá nhân cư trú kỳ tính thuế được xác định như sau:

- Kỳ tính thuế theo năm dương lịch đối với thu nhập từ kinh doanh, thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân.

+ Trường hợp trong 01 năm dương lịch, cá nhân đáp ứng điều kiện là cá nhân cư trú thì kỳ tính thuế được tính theo năm dương lịch.

+ Trường hợp trong 01 năm dương lịch, cá nhân có mặt tại Việt Nam dưới 183 ngày nhưng tính trong 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên có mặt tại Việt Nam là từ 183 ngày trở lên thì kỳ tính thuế đầu tiên được xác định là 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên có mặt tại Việt Nam. Từ năm thứ hai, thì kỳ tính thuế căn cứ theo năm dương lịch nếu cá nhân đáp ứng điều kiện là cá nhân cư trú trong năm dương lịch và việc xác định số thuế còn phải nộp trong năm tính thuế thứ 2 cụ thể như sau:

Trong đó:

- Số thuế phải nộp của năm tính thuế thứ 2 = Thu nhập tính thuế của năm tính thuế thứ 2 x Thuế suất

- Số thuế tính trùng được trừ được xác định như sau:

- Kỳ tính thuế theo từng lần phát sinh thu nhập áp dụng đối với thu nhập từ đầu tư vốn; thu nhập từ chuyển nhượng vốn, bao gồm cả thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản; thu nhập từ trúng thưởng; thu nhập từ tiền bản quyền; thu nhập từ nhượng quyền thương mại; thu nhập từ nhận thừa kế, quà tặng; thu nhập khác.

(2) Đối với cá nhân không cư trú, kỳ tính thuế được xác định như sau:

Kỳ tính thuế đối với cá nhân không cư trú được tính theo từng lần phát sinh thu nhập.