3 thay đổi quan trọng về thuế GTGT đối với hàng nông sản sơ chế và các doanh nghiệp có phát sinh hoàn thuế cần lưu ý?

3 thay đổi quan trọng về thuế GTGT đối với hàng nông sản sơ chế và các doanh nghiệp có phát sinh hoàn thuế cần lưu ý?

Trước đó, vào ngày 26/11/2024, Quốc Hội đã ban hành Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2025.

Tuy nhiên, vào ngày 11/12/2025, Quốc Hội lại tiếp tục thông qua Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025, sửa đổi một số Điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026.

Theo đó, dưới đây là 3 thay đổi quan trọng về thuế GTGT đối với hàng nông sản sơ chế và các doanh nghiệp có phát sinh hoàn thuế cần lưu ý:

[1] Bãi bỏ quy định người bán phải nộp thuế người mua mới được hoàn thuế tại điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 bị bãi bỏ bởi khoản 3 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025.

Theo đó, quy định này có thể hiểu đơn giản rằng khi một doanh nghiệp hoàn thuế thì bên người bán của họ phải nộp đủ tiền thuế rồi thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế.

Trong thực tế, việc đối tác thanh toán hay nộp thuế như thế nào là một việc rất khó kiểm soát. Do đó, gây ra nhiều khó khăn, vướng mắt cho những doanh nghiệp phát sinh hoàn thuế. Do đó mà Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 đã bãi bỏ quy định này.

[2] Về hàng nông sản, cây trồng, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế

Theo đó, Trước ngày 01/7/2025 thì được quy định theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (văn bản hết hiệu lực). Khi đó, ở khâu thương mại khi doanh nghiệp hay hợp tác xã mua lại những sản phẩm nông sản, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế của người sản xuất ra và sau đấy bán lại cho bên hợp tác xác hay doanh nghiệp khác thì không phải kê khai tính thuế GTGT nhưng vẫn được phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Từ ngày 01/7/2025, khi Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực thi hành thì lại bãi bỏ quy định cũ trước đây của Luật Thuế giá trị gia tăng 2008. Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định thì ở khâu thương mại của doanh nghiệp hay hợp tác xã bán cho doanh nghiệp hay hợp tác xã thì lúc này phải kê khai tính thuế GTGT 5%.

Tuy nhiên, sau khi xem xét tình hình thực tế thì Quốc Hội cũng đã có sự chỉnh sửa. Cụ thể tại khoản 1 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 được sửa đổi bởi điểm a khoản 1 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 cho phép doanh nghiệp, hợp tác xã quay trở lại quy định trước đó. Nghĩa là bên lĩnh vực thương mại cũng sẽ không phải kê khai tính thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

[3] Đồng bộ liên quan tới hộ kinh doanh/cá nhân kinh doanh

Từ năm 2026, ngưỡng doanh thu được miễn thuế của hộ kinh doanh tính theo phương pháp tỷ lệ trên doanh thu sẽ từ 500 triệu/năm trở xuống. Quy định này được đề cập tại Điều 7 Luât Thuế thu nhập cá nhân 2025.

Do đó, tại khoản 25 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 cũng đã được sửa đổi bởi điểm b khoản 1 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 để đảm bảo đồng bộ quy định với Luât Thuế thu nhập cá nhân 2025.

Như vậy, đối với hộ kinh doanh/cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 500 triệu trở xuống được miễn thuế GTGT và thuế TNCN.

3 thay đổi quan trọng về thuế GTGT đối với hàng nông sản sơ chế và các doanh nghiệp có phát sinh hoàn thuế cần lưu ý? (Hình từ Internet)

Khấu trừ thuế GTGT đối với khoản thanh toán trả chậm như thế nào?

Căn cứ theo khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định như sau:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

...

2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 của Luật này. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài;

b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ;

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung cấp dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (nếu có). Chính phủ quy định về điều kiện khấu trừ đối với trường hợp xuất khẩu hàng hóa qua sàn thương mại điện tử ở nước ngoài và một số trường hợp đặc thù khác.

...

Căn cứ tại Điều 25 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hóa đơn chứng từ nộp thuế như sau:

Hóa đơn, chứng từ nộp thuế

Cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng thay cho phía nước ngoài theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng (bao gồm cả chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ % nhân với doanh thu thay cho phía nước ngoài).

Căn cứ Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Theo đó, tham khảo tại Công văn 5487/CT-CS năm 2025 của Cục Thuế hướng dẫn được khấu trừ thuế GTGT đối với khoản thanh toán trả chậm, trả góp hàng hóa, dịch vụ có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên như sau:

Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng.

Trường hợp sau khi đã kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp thực hiện kê khai khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định.

Như vậy, theo hướng dẫn của Cục Thuế thì cơ sở kinh doanh được phép khấu trừ thuế GTGT đối với các khoản thanh toán trả chậm có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt sau khi điều chỉnh giảm.

Hóa đơn hoàn trả hàng sẽ ghi theo thuế suất thuế GTGT của hóa đơn xuất bán?

Căn cứ theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi điểm a khoản 3 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP thì khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ người bán phải lập hóa đơn có đầy đủ nội dung để giao cho người mua kể cả trường hợp hàng hóa dịch vụ đó là hàng hóa dùng để khuyến mại, quảng cáo hay biếu tặng.

Bên cạnh đó, căn cứ theo quy định tại Điều 10 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định về các nội dung bắt buộc phải có trên hóa đơn thì thuế suất là một trong những nội dung mà người bán phải ghi rõ tại thời điểm lập hóa đơn bán hàng giao. Theo đó khi lập hóa đơn thì hàng hóa sẽ được ghi và áp dụng mức thuế suất thuế GTGT theo quy định tại thời điểm bán hàng.

Đồng thời, căn cứ theo quy định tại điểm c khoản 4 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP được sửa đổi bởi khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP quy định về việc thay thế, điều chỉnh hóa đơn điện tử như sau:

Thay thế, điều chỉnh hóa đơn điện tử

...

4. Hóa đơn để điều chỉnh hóa đơn điện tử đã lập trong một số trường hợp như sau:

...

c) Xử lý hóa đơn điện tử trong trường hợp trả lại hàng hoá, dịch vụ:

c.1) Trường hợp trả lại hàng hóa: Trường hợp người mua trả lại toàn bộ hoặc một phần hàng hóa (bao gồm cả trường hợp đổi hàng làm thay đổi giá trị của hàng hóa đã mua) thì người bán lập hóa đơn điều chỉnh, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận về việc người mua lập hóa đơn khi trả lại hàng hóa thì người mua lập hóa đơn điện tử giao cho người bán; người bán, người mua thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định khi bán hàng hóa.

c.2) Trường hợp hàng hoá là tài sản thuộc diện phải đăng ký quyền sử dụng, quyền sở hữu theo quy định của pháp luật và tài sản đã được đăng ký theo tên người mua thì khi trả lại hàng hoá đảm bảo phù hợp với pháp luật liên quan, nếu người mua là đối tượng sử dụng hoá đơn điện tử thì người mua thực hiện lập hoá đơn trả lại hàng cho người bán.

...

Theo đó thì khi lập hóa đơn trả lại hàng hóa không có quy định nào yêu cầu phải điều chỉnh mức thuế suất thuế GTGT theo mức thuế suất tại thời điểm hiện tại.

Ngoài ra căn cứ theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về phương pháp khấu trừ thuế GTGT như sau:

Phương pháp khấu trừ thuế

1. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ.

...

Theo quy định trên thì số thuế áp dụng theo phương pháp khấu trừ ở đầu ra phải bằng với số thuế GTGT ở khâu đầu vào. Theo đó dẫn đến việc mức thuế suất ở hai khâu phải đồng nhất kéo theo việc trả lại hàng hóa cũng phỉ áp dụng mức thuế suất cũ để thực hiện kê khai thuế.

Như vậy, từ những quy định trên thì khi xuất hóa đơn hoàn trả hàng hóa mức thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn hoàn trả phải được ghi đồng nhất theo mức thuế suất thuế GTGT khi bán ra.