Hóa đơn mua vào trước thời điểm cấp giấy chứng nhận đầu tư có được khấu trừ, hoàn thuế GTGT?

Hóa đơn mua vào trước thời điểm cấp giấy chứng nhận đầu tư có được khấu trừ, hoàn thuế GTGT?

Căn cứ khoản 1 Điều 33 Luật Đầu tư 2020 quy định hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư do nhà đầu tư đề xuất:

Hồ sơ, nội dung thẩm định đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư

1. Hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án đầu tư do nhà đầu tư đề xuất bao gồm:

a) Văn bản đề nghị thực hiện dự án đầu tư, gồm cả cam kết chịu mọi chi phí, rủi ro nếu dự án không được chấp thuận;

b) Tài liệu về tư cách pháp lý của nhà đầu tư;

c) Tài liệu chứng minh năng lực tài chính của nhà đầu tư gồm ít nhất một trong các tài liệu sau: báo cáo tài chính 02 năm gần nhất của nhà đầu tư; cam kết hỗ trợ tài chính của công ty mẹ; cam kết hỗ trợ tài chính của tổ chức tài chính; bảo lãnh về năng lực tài chính của nhà đầu tư; tài liệu khác chứng minh năng lực tài chính của nhà đầu tư;

d) Đề xuất dự án đầu tư gồm các nội dung chủ yếu sau: nhà đầu tư hoặc hình thức lựa chọn nhà đầu tư, mục tiêu đầu tư, quy mô đầu tư, vốn đầu tư và phương án huy động vốn, địa điểm, thời hạn, tiến độ thực hiện, thông tin về hiện trạng sử dụng đất tại địa điểm thực hiện dự án và đề xuất nhu cầu sử dụng đất (nếu có), nhu cầu về lao động, đề xuất hưởng ưu đãi đầu tư, tác động, hiệu quả kinh tế - xã hội của dự án, đánh giá sơ bộ tác động môi trường (nếu có) theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường.

Trường hợp pháp luật về xây dựng quy định lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thì nhà đầu tư được nộp báo cáo nghiên cứu tiền khả thi thay cho đề xuất dự án đầu tư;

đ) Trường hợp dự án đầu tư không đề nghị Nhà nước giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích sử dụng đất thì nộp bản sao giấy tờ về quyền sử dụng đất hoặc tài liệu khác xác định quyền sử dụng địa điểm để thực hiện dự án đầu tư;

e) Nội dung giải trình về công nghệ sử dụng trong dự án đầu tư đối với dự án thuộc diện thẩm định, lấy ý kiến về công nghệ theo quy định của pháp luật về chuyển giao công nghệ;

g) Hợp đồng BCC đối với dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BCC;

h) Tài liệu khác liên quan đến dự án đầu tư, yêu cầu về điều kiện, năng lực của nhà đầu tư theo quy định của pháp luật (nếu có).

...

Căn cứ khoản 2 Điều 38 Luật Đầu tư 2020 quy định thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:

Thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

...

2. Đối với dự án đầu tư không thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư quy định tại các điều 30, 31 và 32 của Luật này, nhà đầu tư được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư nếu đáp ứng các điều kiện sau đây:

a) Dự án đầu tư không thuộc ngành, nghề cấm đầu tư kinh doanh;

b) Có địa điểm thực hiện dự án đầu tư;

c) Dự án đầu tư phù hợp với quy hoạch quy định tại điểm a khoản 3 Điều 33 của Luật này;

d) Đáp ứng điều kiện về suất đầu tư trên một diện tích đất, số lượng lao động sử dụng (nếu có);

đ) Đáp ứng điều kiện tiếp cận thị trường đối với nhà đầu tư nước ngoài.

...

Căn cứ khoản 1 Điều 4 Nghị định 175/2024/NĐ-CP quy định về trình tự đầu tư xây dựng:

Trình tự đầu tư xây dựng

1. Trình tự thực hiện đầu tư xây dựng theo quy định tại khoản 1 Điều 50 của Luật Xây dựng năm 2014 được quy định cụ thể như sau:

a) Giai đoạn chuẩn bị dự án gồm các công việc: lập đề xuất chương trình, dự án sử dụng vốn vay ODA và vốn vay ưu đãi nước ngoài (nếu có); lập, thẩm định Báo cáo nghiên cứu tiền khả thi đầu tư xây dựng hoặc Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư để quyết định hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư (nếu có); khảo sát xây dựng phục vụ lập dự án; lập, thẩm định, phê duyệt quy hoạch theo pháp luật về quy hoạch đô thị và nông thôn làm cơ sở lập dự án; lập, thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi đầu tư xây dựng hoặc Báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng để phê duyệt dự án, quyết định đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác liên quan đến chuẩn bị dự án;

b) Giai đoạn thực hiện dự án gồm các công việc: chuẩn bị mặt bằng xây dựng, rà phá bom mìn (nếu có); khảo sát xây dựng phục vụ thiết kế triển khai sau thiết kế cơ sở; lập, thẩm định, phê duyệt thiết kế, dự toán xây dựng; cấp giấy phép xây dựng (đối với công trình theo quy định phải có giấy phép xây dựng); ký kết hợp đồng xây dựng; thi công xây dựng công trình; giám sát thi công xây dựng; tạm ứng, thanh toán khối lượng hoàn thành; vận hành, chạy thử; nghiệm thu hoàn thành công trình xây dựng; quyết toán hợp đồng xây dựng; giám sát, đánh giá dự án đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác liên quan đến thực hiện dự án;

c) Giai đoạn kết thúc xây dựng gồm các công việc: quyết toán hợp đồng xây dựng, quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành, xác nhận hoàn thành công trình; bàn giao công trình đưa vào sử dụng; bảo hành công trình xây dựng, bàn giao các hồ sơ liên quan; giám sát, đánh giá dự án đầu tư xây dựng; các công việc cần thiết khác.

...

Căn cứ khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về hoàn thuế đối với đầu tư.

Hoàn thuế giá trị gia tăng

...

2. Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

...

Căn cứ khoản 1, khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng

1. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất, hàng hóa bị hao hụt tự nhiên do tính chất lý hóa trong quá trình vận chuyển. Cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh các trường hợp tổn thất không được bồi thường để khấu trừ thuế. Trường hợp pháp luật có quy định về định mức hao hụt tự nhiên thì cơ sở kinh doanh được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa thực tế hao hụt tự nhiên không vượt quá định mức hao hụt theo quy định, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của số lượng hàng hóa vượt định mức hao hụt không được khấu trừ thuế.

2. Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa (bao gồm cả tài sản cố định), dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ tính thuế. Trong đó:

...

Căn cứ Điều 30, Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hoàn thuế đối với đầu tư, điều kiện hoàn thuế GTGT.

Thực tế, Cục thuế ban hành Công văn 7019/CT-QLNT Tải về hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.

- Về nguyên tắc, trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng, trường hợp hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, có số thuế GTGT đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế GTGT và có hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định pháp luật quản lý thuế thì được xem xét giải quyết hoàn thuế đối với dự án đầu tư.

- Ngoài ra, khoản 4 Điều 3 Luật Đầu tư 2020, khoản 2 Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP không quy định thời điểm cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư làm căn cứ để xác định thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư.

- Trường hợp công ty có hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào phát sinh trước thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nếu công ty cung cấp được đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh hàng hóa, dịch vụ mua vào thực tế phục vụ cho việc chuẩn bị và thực hiện dự án đầu tư theo quy định pháp luật về đầu tư, số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào đáp ứng điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định pháp luật thuế GTGT thì được xem xét khấu trừ và hoàn thuế đối với dự án đầu tư theo quy định.

Hóa đơn mua vào trước thời điểm cấp giấy chứng nhận đầu tư có được khấu trừ, hoàn thuế GTGT?

Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư gồm những giấy tờ gì?

Căn cứ điểm b khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

Chủ đầu tư dự án hoặc Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới được chủ đầu tư giao quản lý và kê khai, hoàn thuế đối với dự án đầu tư gửi các tài liệu sau:

- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 02/GTGT Tải về Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn;

- Phụ lục đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01-8/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư, Quyết định thành lập dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư đối với trường hợp không phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Đối với dự án có công trình xây dựng:

+ Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc hợp đồng cho thuê đất theo từng phần của dự án hoặc của cả dự án;

Trường hợp dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc theo phương thức đối tác công tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao không có các giấy tờ quy định tại điểm này thì được sử dụng bản sao biên bản bàn giao đất hoặc biên bản bàn giao mặt bằng của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

+ Bản sao Giấy phép xây dựng đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy phép xây dựng theo quy định của pháp luật về xây dựng;

- Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

- Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: bản sao Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

- Bản sao: Quyết định thành lập Ban quản lý dự án, Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho Ban quản lý dự án (đối với trường hợp giao cho Ban quản lý dự án khai thuế, hoàn thuế); Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho chi nhánh (đối với trường hợp giao cho chi nhánh khai thuế, hoàn thuế); Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho tổ chức kinh tế mới khai thuế, hoàn thuế;

- Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại các điểm b.3, b.4, b.5, b.6 và điểm b.7 khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

Nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế gồm những gì?

Căn cứ theo khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về nhiệm vụ và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong kiểm tra thuế như sau:

- Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp có nhiệm vụ và quyền hạn sau: ban hành quyết định kiểm tra; điều chỉnh quyết định kiểm tra; bãi bỏ quyết định kiểm tra; chỉ đạo đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong quyết định kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025; tạm dừng, tạm hoãn, gia hạn thời hạn kiểm tra; quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế theo thẩm quyền hoặc kết luận kiểm tra hoặc thông báo kết quả kiểm tra hoặc kiến nghị người có thẩm quyền kết luận, ban hành các quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế; chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để tiến hành thanh tra đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật đối với trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự; giải quyết khiếu nại, tố cáo theo thẩm quyền;

- Trưởng đoàn kiểm tra có nhiệm vụ, quyền hạn sau: tổ chức, chỉ đạo các thành viên đoàn kiểm tra thực hiện đúng nội dung quyết định kiểm tra; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; áp dụng biện pháp quy định tại khoản 2 Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025; quyết định việc niêm phong tài liệu, hàng hóa (nếu có) của đối tượng kiểm tra khi có căn cứ cho rằng có vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế; lập biên bản kiểm tra thuế, biên bản kiểm tra thuế xác định rõ hành vi vi phạm hành chính thì biên bản kiểm tra thuế của cơ quan thuế được xác định là biên bản vi phạm hành chính; báo cáo người ra quyết định kiểm tra về kết quả kiểm tra;

- Thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra thuế có nhiệm vụ, quyền hạn sau: thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của trưởng đoàn kiểm tra thuế; yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu, giải trình về vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra thuế được trưởng đoàn phân công thực hiện kiểm tra; báo cáo kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao với trưởng đoàn kiểm tra thuế.