Hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn tiền nộp thừa từ 2026 chi tiết thế nào?

Hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn tiền nộp thừa từ 2026 chi tiết thế nào?

Tại Điều 59 Thông tư 89/2026/TT-BTC, Hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn tiền nộp thừa từ 2026 chi tiết như sau:

[1] Xác định số tiền nộp thừa được hoàn:

- Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn trả khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn trả thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Đối với hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa thuộc diện hoàn trước:

Hệ thống thông tin quản lý thuế rà soát, đối chiếu thông tin trên đề nghị hoàn trả tiền nộp thừa với thông tin quản lý của cơ quan thuế và thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp (nếu có) để xác định số tiền nộp thừa được hoàn trả, thời điểm phát sinh số tiền nộp thừa được hoàn trả theo đúng quy định của pháp luật thuế và pháp luật về quản lý thuế.

+ Trường hợp xác định hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa của người nộp thuế cần yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gửi người nộp thuế.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của cơ quan thuế. Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế (hoặc hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế người nộp thuế không giải trình bổ sung) không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ban hành Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư này. Đối với số thuế đủ điều kiện được hoàn hoặc không thuộc trường hợp yêu cầu giải trình bổ sung, cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.2 khoản này;

+ Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định số tiền đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế thì cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo số tiền đề nghị hoàn không hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện hoàn thuế gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

- Đối với hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế:

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra thuế, kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp kết quả kiểm tra tại Biên bản kiểm tra thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Đối với hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa của người nộp thuế có khoản nộp thừa tại tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp chủ trì tổng hợp nghĩa vụ thuế, số thuế đã nộp ngân sách nhà nước tại trụ sở chính và các tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm k.8 khoản 1, điểm đ khoản 2 Điều 5 Thông tư 89/2026/TT-BTC phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế đã nộp, số tiền thuế nợ hoặc tiền thuế phát sinh theo từng nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên Hệ thống thông tin quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định;

- Trường hợp hoàn trả tiền thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân theo Hiệp định thuế và hoàn trả tiền thuế, khoản thu khác theo Điều ước quốc tế khác, cơ quan thuế xác định khoản thu nhập, khoản thu khác thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thuế hoặc Điều ước quốc tế khác trước khi giải quyết hồ sơ hoàn nộp thừa. Trường hợp xác định người nộp thuế không thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thuế hoặc Điều ước quốc tế khác, cơ quan thuế ban hành Thông báo theo quy định tại điểm đ khoản 6 Điều 82 Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn theo mẫu số 04/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gửi cho người nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Trường hợp xác định khoản thu nhập thuộc diện được miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thuế hoặc Điều ước quốc tế khác, cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Đối với hồ sơ hoàn thuế thu nhập của cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thực hiện tổng hợp số phải nộp, đã khấu trừ, đã nộp của người nộp thuế trong kỳ quyết toán thuế phát sinh tại các cơ quan thuế trên toàn quốc để xác định số tiền nộp thừa theo quyết toán thuế;

- Đối với hồ sơ hoàn thuế khi giải thể, phá sản có số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 4 Điều 3 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế nợ hoặc tiền thuế phát sinh theo từng địa bàn. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định;

- Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định tại điểm b và điểm c khoản 3 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại điểm b.2 khoản 4 Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC sau khi bù trừ với nghĩa vụ của trụ sở chính mà có số nộp thừa thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.

[2] Xác định số tiền thuế phải bù trừ với số tiền nộp thừa được hoàn trả thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hướng dẫn giải quyết hồ sơ hoàn tiền nộp thừa từ 2026 chi tiết thế nào? (Hình từ Internet)

Hồ sơ hoàn tiền nộp thừa được phân loại ra sao?

Tại Điều 58 Thông tư 89/2026/TT-BTC Phân loại hồ sơ hoàn tiền nộp thừa như sau:

[1] Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa (trừ hoàn nộp nhầm) thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp sau:

- Hồ sơ của người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế;

- Hồ sơ hoàn thuế được xác định có rủi ro cao trong quản lý thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;

- Hồ sơ hoàn thuế đối với doanh nghiệp, tổ chức khi giải thể, phá sản theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều 30 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

[2] Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa của tổ chức, cá nhân nước ngoài thuộc diện miễn thuế, giảm thuế theo Hiệp định thuế và Điều ước quốc tế khác nộp lần đầu thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở cơ quan thuế. Trường hợp người nộp thuế đã nộp hồ sơ hoàn trả tiền thuế nộp thừa lần đầu và nhận được Thông báo không tiếp nhận hồ sơ theo quy định tại Điều 57 Thông tư 89/2026/TT-BTC hoặc chưa nhận được Quyết định hoàn trả tiền thuế nộp thừa theo quy định thì hồ sơ lần đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa kế tiếp vẫn được xác định là hồ sơ hoàn trả tiền thuế nộp thừa lần đầu.

[3] Hồ sơ hoàn trả tiền nộp thừa của các trường hợp không thuộc quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều 58 Thông tư 89/2026/TT-BTC thuộc diện hoàn thuế trước.

Hồ sơ hoàn trả tiền thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công gồm những gì?

Căn cứ theo khoản 1 Điều 56 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn trả tiền thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công gồm:

- Trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện quyết toán cho các cá nhân có uỷ quyền: Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/ĐNXLNT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

- Trường hợp cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế, có số thuế nộp thừa và đề nghị hoàn trên tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì không phải nộp hồ sơ hoàn thuế.