Công văn 16646/DON-QLDN2 hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện nhiều giai đoạn như thế nào?

Công văn 16646/DON-QLDN2 hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện nhiều giai đoạn như thế nào?

Ngày 27/8/2026, Thuế tp Đồng Nai ban hành Công văn 16646/DON-QLDN2 năm 2026 tải về hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện nhiều giai đoạn như sau:

Trường hợp công ty khi triển khai thực hiện dự án nếu tiến độ thực hiện không đúng như tiến độ thời gian đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thì công ty phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định tại khoản 3 Điều 33 Luật đầu tư 2025.

Trường hợp Công ty đáp ứng đủ điều kiện theo quy định tại Điều 30 Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì Công ty thực hiện kê khai thuế GTGT và hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 của Chính phủ và Thông tư 89/2026/TT-BTC ngày 30/06/2026 của Bộ Tài chính.

Đề nghị Công ty căn cứ tình hình thực tế, khai thuế chính xác, trung thực, đầy đủ và nộp hồ sơ thuế đúng hạn; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của hồ sơ thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 20 Nghị định 252/2026/NĐ-CP ngày 30/06/2026 của Chính phủ.

Xem chi tiết tại Công văn 16646 DON QLDN2 tải về hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện nhiều giai đoạn

Công văn 16646 DON QLDN2 hướng dẫn về hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư thực hiện nhiều giai đoạn như thế nào? (Hình từ Internet)

Hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư gồm giấy tờ gì?

Tại điểm b khoản 1 Điều 46 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư gồm giấy tờ sau đây:

Chủ đầu tư dự án hoặc Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới được chủ đầu tư giao quản lý và kê khai, hoàn thuế đối với dự án đầu tư gửi các tài liệu sau:

- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 02/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC có kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn;

Tại đây

- Phụ lục đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01-8/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

Tải về

- Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục chấp thuận chủ trương đầu tư, Quyết định thành lập dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư đối với trường hợp không phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Đối với dự án có công trình xây dựng:

+ Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc hợp đồng cho thuê đất theo từng phần của dự án hoặc của cả dự án;

Trường hợp dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc theo phương thức đối tác công tư theo hình thức hợp đồng xây dựng – kinh doanh – chuyển giao không có các giấy tờ quy định tại điểm này thì được sử dụng bản sao biên bản bàn giao đất hoặc biên bản bàn giao mặt bằng của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

+ Bản sao Giấy phép xây dựng đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy phép xây dựng theo quy định của pháp luật về xây dựng;

- Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ;

- Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: bản sao Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận về kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện;

- Bản sao: Quyết định thành lập Ban quản lý dự án, Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho Ban quản lý dự án (đối với trường hợp giao cho Ban quản lý dự án khai thuế, hoàn thuế); Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho chi nhánh (đối với trường hợp giao cho chi nhánh khai thuế, hoàn thuế); Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư cho tổ chức kinh tế mới khai thuế, hoàn thuế;

- Người nộp thuế chỉ phải nộp các giấy tờ quy định tại các điểm b.3, b.4, b.5, b.6 và điểm b.7 khoản này đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế lần đầu hoặc khi có thay đổi, bổ sung.

Phương pháp khấu trừ thuế GTGT quy định như thế nào?

Tại Điều 20 Nghị định 181/2025/NĐ-CP có quy định về phương pháp khấu trừ thuế GTGT như sau:

- Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ.

- Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.

- Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đó.

- Trường hợp sử dụng hóa đơn ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ giá tính thuế giá trị gia tăng xác định theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

- Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế đối với trường hợp mua dịch vụ và đáp ứng điều kiện khấu trừ quy định tại Mục 1, Mục 2 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Trong đó, chứng từ nộp thuế đối với trường hợp mua dịch vụ thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 3 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, khoản 3 Điều 4 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.