Tổng cục Thuế nhận được công văn số 13/2023/CV-HT ngày 25/7/2023 của Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị đề nghị hướng dẫn chính sách thuế và công văn số 6384/CTKHH-TTKT3 ngày 25/08/2023 của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về việc tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với khoản chi trả lãi vay

Căn cứ khoản 1 và điểm 2.17, điểm 2.18 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính) quy định các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế, trường hợp doanh nghiệp có phát sinh khoản chi trả lãi tiền vay nếu phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật, thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định và không thuộc các khoản chi không được trừ theo quy định tại điểm 2.17, điểm 2.18 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC thì doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Ngoài ra, liên quan đến việc xác định chi phí lãi vay được trừ từ ngày 01/05/2017 (ngày hiệu lực thi hành của Nghị định số 20/2017/NĐ-CP) đến nay, đề nghị Cục Thuế rà soát quan hệ liên kết và giao dịch liên kết (nếu có) để xác định chi phí lãi vay được trừ phù hợp theo từng thời điểm.

2. Về việc tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN đối với thuế thu nhập cá nhân nộp thay cho người lao động

Căn cứ điểm 2.37 khoản 2 Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính) quy định khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế, trường hợp doanh nghiệp ký hợp đồng lao động trong đó có nêu tiền lương, tiền công trả cho người lao động không bao gồm thuế thu nhập cá nhân thì thuế thu nhập cá nhân đối với phần thu nhập từ tiền lương, tiền công của người lao động mà doanh nghiệp đã nộp ngân sách nhà nước được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa căn cứ quy định của pháp luật về thuế và hồ sơ thực tế của đơn vị để thực hiện theo quy định.

3. Về xác định sản lượng tính thuế tài nguyên

Đối với trường hợp sau nổ mìn thu được đá xô bồ, một phần sản lượng đá xô bồ được bán ra ngay sau khi khai thác, phần còn lại được đưa vào xay nghiền thành đá các ly mới bán ra, Tổng cục Thuế đã có công văn số 2778/TCT-CS ngày 06/07/2023 hướng dẫn Cục Thuế tỉnh Quảng Nam và Công ty CP Đầu tư và Xây dựng Thiên An Khương về thuế tài nguyên (bản chụp công văn gửi kèm theo).

Đề nghị Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị nghiên cứu công văn số 2778/TCT-CS nêu trên và mô hình tổ chức khai thác, chế biến, tiêu thụ đá làm vật liệu xây dựng của Công ty để thực hiện kê khai, nộp thuế tài nguyên theo đúng quy định của pháp luật.

4. Về phí bảo vệ môi trường

Theo trình bày của Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị tại văn bản số 13/2023/CV-HT thì:

- Giai đoạn 1: Giai đoạn 2015 - 2020, Công ty không hoạt động theo Luật Khoáng sản mà hoạt động theo phê duyệt của UBND tỉnh Khánh Hòa tại công văn số 8170/UBND-XDNĐ ngày 23/12/2014. Công ty áp dụng nộp mức phí BVMT 60% (mức thu đối với khoáng sản tận thu).

- Giai đoạn 2: Từ ngày 20/11/2020, Công ty đang thực hiện thu hồi khoáng sản theo Đề án đóng cửa mỏ, không khai thác khoáng sản theo Luật Khoáng sản do Giấy phép đã được thu hồi. Công ty áp dụng nộp mức phí BVMT 60% (mức thu đối với khoáng sản tận thu).

Tuy nhiên, đối với hoạt động khai thác tài nguyên của Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị, tại điểm 2 công văn số 2428/STNMT-KSNKTTVBĐHK ngày 16/06/2023, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa có ý kiến như sau:

- Trong giai đoạn 01/01/2015 đến trước ngày 04/07/2018, “Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị thu hồi khoáng sản trong quá trình thi công hạ cốt nền quy hoạch chi tiết được phê duyệt tại dự án Khu nhà ở Hòn Thị. Như vậy, đây là hoạt động khai thác khoáng sản trong dự án đầu tư xây dựng công trình được quy định cụ thể tại Khoản 1 Điều 65 của Luật Khoáng sản năm 2010”.

- Năm 2020, Công ty được UBND tỉnh Khánh Hòa phê duyệt đề án đóng cửa mỏ tại Quyết định số 3127/QĐ-UBND ngày 20/11/2020. Đồng thời có khối lượng đất, đá thu hồi trong quá trình thi công đóng cửa mỏ.

- Hoạt động thu hồi khoáng sản của Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị trong các trường hợp nêu trên: (a) thu hồi khoáng sản trong quá trình thi công hạ cốt nền quy hoạch chi tiết được phê duyệt tại dự án Khu nhà ở Hòn Thị; (b) thu hồi khoáng sản trong quá trình thi công đề án đóng cửa mỏ” không thuộc quy định là “Khai thác tận thu khoáng sản”.

Mức phí bảo vệ môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản thực hiện theo quy định của pháp luật từng thời kỳ tại Thông tư số 158/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính, Nghị định số 164/2016/NĐ-CP và Nghị định số 27/2023/NĐ-CP ngày 31/5/2023 của Chính phủ quy định phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản. Trường hợp Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị có vướng mắc về hoạt động khai thác khoáng sản của Công ty (có nhằm mục đích khai thác khoáng sản hay không, có phải là khai thác tận thu khoáng sản hay không) thì đề nghị Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị liên hệ Sở Tài nguyên và Môi trường để được trả lời cụ thể; trên cơ sở đó, thực hiện kê khai, nộp phí BVMT đối với hoạt động khai thác khoáng sản theo đúng quy định của pháp luật.

Đề nghị Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị liên hệ với Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa, cung cấp hồ sơ, tài liệu và phối hợp với Cục Thuế thực hiện các quyền và nghĩa vụ theo quy định tại Điều 111 Luật Quản lý thuế.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa xử lý theo thẩm quyền theo quy định tại Điều 112 Luật Quản lý thuế.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị và Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa được biết./.