Hướng dẫn xử lý thuế GTGT nộp thừa khi nhập khẩu từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86/2026/TT-BTC
Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.
Theo khoản 1 Điều 44 Thông tư 86 2026 TT BTC, khi nộp hồ sơ xử lý thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp sẽ theo quy định tại Điều 7 Thông tư 86 2026 TT BTC.
Hướng dẫn xử lý thuế GTGT nộp thừa khi nhập khẩu từ ngày 01 7 2026 theo Thông tư 86 2026 TT BTC:
(1) Hồ sơ xử lý thuế GTGT nộp thừa
- Hồ sơ đề nghị xử lý thuế GTGT nộp thừa bao gồm công văn đề nghị hoàn trả tiền thuế theo Tải về Mẫu số 2 tại Phụ lục II Thông tư 86 2026 TT BTC và các chứng từ, tài liệu có liên quan theo quy định.
- Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa theo Tải về Mẫu số 04 tại Phụ lục I Thông tư 86 2026 TT BTC và chứng từ, tài liệu có liên quan.
(2) Trách nhiệm của người nộp thuế
- Người nộp thuế khai chỉ tiêu thông tin hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế nộp thừa theo mục (1) và gửi đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Trường hợp chưa khai báo được chỉ tiêu theo quy định, người nộp thuế nộp bản chụp được ký số các chứng từ, tài liệu liên quan đến chỉ tiêu chưa khai báo được cho cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, người nộp thuế gửi hồ sơ giấy đến cơ quan hải quan.
(3) Trách nhiệm của cơ quan hải quan
- Cơ quan hải quan nơi phát sinh tiền thuế nộp thừa tiếp nhận và xử lý hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố thì cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ giấy;
- Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế về việc không tiếp nhận hồ sơ đối với trường hợp hồ sơ không đúng đối tượng theo Mẫu số 3 tại Phụ lục II Thông tư 86 2026 TT BTC hoặc thông báo về việc bổ sung hồ sơ theo Mẫu số 7 tại Phụ lục II Thông tư này. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 05 hoặc Mẫu số 06 tại Phụ lục I Thông tư 86 2026 TT BTC.
- Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được thông báo của cơ quan hải quan, người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chưa đủ cơ sở xem xét, xử lý hồ sơ theo Mẫu số 02 Phụ lục I hoặc Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư 86 2026 TT BTC.
(4) Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ
- Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện, Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế nộp thừa ban hành quyết định hoàn tiền thuế nộp thừa qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
- Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn tiền thuế nộp thừa, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư 86 2026 TT BTC gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Trường hợp hồ sơ giấy hoặc Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan chưa có chức năng ký số, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thu nộp thừa theo Mẫu số 07 tại Phụ lục I Thông tư 86 2026 TT BTC hoặc thông báo hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn tiền thuế nộp thừa theo Mẫu số 02 tại Phụ lục I Thông tư này gửi người nộp thuế.
- Thời hạn giải quyết hồ sơ xử lý tiền thuế nộp thừa không bao gồm thời gian người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan hải quan.
Trên đây là Hướng dẫn xử lý thuế GTGT nộp thừa khi nhập khẩu từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86 2026 TT BTC. Xem chi tiết trình tự xử lý tiền thuế được hoàn tại Điều 8 Thông tư này.
Lưu ý: Trường hợp hồ sơ hoàn thuế nộp thừa đã nộp trước ngày 01/7/2026 thì tiếp tục thực hiện theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ.
Hướng dẫn xử lý thuế GTGT nộp thừa khi nhập khẩu từ ngày 01/7/2026 theo Thông tư 86 2026 TT BTC (hình từ internet)
Kiểm tra sau hoàn thuế được quy định ra sao?
Căn cứ theo Điều 12 Thông tư 86/2026/TT-BTC, kiểm tra sau hoàn thuế được quy định như sau:
(1) Thẩm quyền kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước
- Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn;
- Thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế theo quy định pháp luật.
(2) Trình tự thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế
Thực hiện theo quy định tại Điều 39 Thông tư này.
(3) Xử lý kết quả kiểm tra
- Trường hợp kết luận kiểm tra xác định người nộp thuế đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan đã ban hành quyết định hoàn thuế lưu kết luận kiểm tra vào hồ sơ hoàn thuế, cập nhật kết quả kiểm tra vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
- Trường hợp kết luận kiểm tra xác định số tiền thuế đã hoàn lớn hơn số tiền thuế được hoàn hoặc xác định không đủ điều kiện hoàn, cơ quan hải quan ban hành quyết định thu hồi hoàn theo quy định.
Trường hợp cơ quan kiểm tra không phải là cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế thì kiến nghị cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế để thu hồi hoàn theo quy định và xử lý nghĩa vụ tài chính phát sinh theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo với các cơ quan có liên quan về việc thu hồi hoàn để xử lý các thủ tục có liên quan.
- Trường hợp kết luận kiểm tra xác định số tiền thuế đã hoàn ít hơn số tiền thuế được hoàn, người nộp thuế có đề nghị thực hiện hoàn số tiền thuế còn lại thì cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế theo quy định.
Bài viết này có hữu ích không?
- - Nội dung nêu trên là phần giải đáp, tư vấn của chúng tôi dành cho khách hàng của THƯ VIỆN PHÁP LUẬT. Nếu quý khách còn vướng mắc, vui lòng gửi về Email [email protected];
- - Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo;
- - Điều khoản được áp dụng có thể đã hết hiệu lực tại thời điểm bạn đang đọc;
- - Mọi ý kiến thắc mắc về bản quyền của bài viết vui lòng liên hệ qua địa chỉ mail [email protected];
