Sáp nhập công ty là gì? Sau khi sáp nhập công ty có được hoàn thuế GTGT chưa được khấu trừ hết không?

Sáp nhập công ty là gì?

Theo quy định tại khoản 1 Điều 201 Luật Doanh nghiệp 2020, một hoặc một số công ty (sau đây gọi là công ty bị sáp nhập) có thể sáp nhập vào một công ty khác (sau đây gọi là công ty nhận sáp nhập) bằng cách chuyển toàn bộ tài sản, quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp sang công ty nhận sáp nhập, đồng thời chấm dứt sự tồn tại của công ty bị sáp nhập.

Theo đó, điểm c khoản 2 Điều 201 Luật Doanh nghiệp 2020 quy định sau khi công ty nhận sáp nhập đăng ký doanh nghiệp, công ty bị sáp nhập chấm dứt tồn tại; công ty nhận sáp nhập được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ, các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và nghĩa vụ tài sản khác của công ty bị sáp nhập. Các công ty nhận sáp nhập đương nhiên kế thừa toàn bộ quyền, nghĩa vụ, và lợi ích hợp pháp của các công ty bị sáp nhập theo hợp đồng sáp nhập.

Như vậy, sáp nhập là quá trình mà một hoặc một số công ty chuyển toàn bộ tài sản, quyền, nghĩa vụ và lợi ích hợp pháp sang một công ty khác. Trong quá trình này, công ty bị sáp nhập sẽ chấm dứt sự tồn tại.

Công ty nhận sáp nhập sẽ được hưởng toàn bộ quyền lợi hợp pháp mà công ty bị sáp nhập đã có. Đồng thời, công ty nhận sáp nhập cũng phải chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ, khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và các nghĩa vụ tài sản khác của công ty bị sáp nhập. Điều này đảm bảo rằng không có quyền lợi hay nghĩa vụ nào bị bỏ sót trong quá trình sáp nhập.

Sáp nhập công ty là gì? Sau khi sáp nhập công ty có được hoàn thuế GTGT chưa được khấu trừ hết không? (Hình từ Internet)

Sau khi sáp nhập công ty có được hoàn thuế GTGT chưa được khấu trừ hết không?

Liên quan đến vấn đề này, căn cứ tại Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC được sửa đổi bởi khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC quy định:

Đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT

...

5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn. Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.

Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế; đối với số thuế GTGT chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.

...

Như vậy, sau khi sáp nhập, công ty vẫn có quyền được hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) chưa được khấu trừ hết theo quy định của pháp luật.

Cập nhật mới: Hiện hành, Thông tư 219/2013/TT-BTC hiện nay được thay thế bởi Thông tư 69/2025/TT-BTC từ ngày 01 tháng 7 năm 2025.

Căn cứ theo Điều 15 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về các trường hợp được hoàn thuế GTGT như sau:

Hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc hoàn thuế đối với xuất khẩu được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác;

b) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ tiêu thụ nội địa thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Kỳ hoàn thuế được xác định từ kỳ tính thuế giá trị gia tăng có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa khấu trừ hết liên tục chưa được hoàn thuế đến kỳ tính thuế có đề nghị hoàn thuế.

...

4. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi giải thể, phá sản có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Trường hợp tổ hợp tác nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế chuyển đổi thành hợp tác xã thì hợp tác xã được kế thừa số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết của tổ hợp tác để khấu trừ, hoàn thuế theo quy định.

...

Theo đó, từ ngày 01/7/2025, đã bãi bỏ việc hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chấm dứt hoạt động.

Chỉ cho phép hoàn thuế giá trị gia tăng khi giải thể, phá sản có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Có phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước để được hoàn thuế GTGT không?

Theo khoản 1 Điều 31 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định:

Hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động

1. Trường hợp thuộc diện cơ quan thuế phải kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế và Chương VIII Thông tư này thì người nộp thuế không phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Mục này.

...

Dẫn chiếu đến điểm g khoản 1 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019 quy định, việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện trong trường hợp sáp nhập doanh nghiệp và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền, trừ trường hợp giải thể, chấm dứt hoạt động mà cơ quan thuế không phải thực hiện quyết toán thuế theo quy định của pháp luật.

Như vậy, căn cứ theo các quy định trên, công ty sau khi sáp nhập thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT thì không phải gửi Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước.

Cơ quan thuế sẽ căn cứ kết quả kiểm tra tại Kết luận hoặc Quyết định xử lý và các tài liệu kiểm tra khác để xác định số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện hoàn thuế và thực hiện giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định.

Cập nhật mới: Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/7/2026, riêng quy định tại Điều 13 và việc sử dụng hóa đơn điện tử của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh tại Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.