Quy trình kiểm tra, phân loại hồ sơ thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC ra sao?

Quy trình kiểm tra, phân loại hồ sơ thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC?

Căn cứ Điều 71 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định như sau:

- Hồ sơ thuế được phân loại thành 03 mức độ rủi ro: Rủi ro thấp, rủi ro trung bình, rủi ro cao.

- Kiểm tra hồ sơ thuế theo quy trình sau:

- Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế mà có nội dung khai không chính xác, khai thiếu hoặc có những nội dung cần làm rõ liên quan đến số thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 1) theo mẫu số 01/KTT về việc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

- Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu, người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc bằng văn bản (bản giấy hoặc bằng phương thức điện tử).

- Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp tại cơ quan thuế thì cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

>> Cập nhật mới: Thông tư 80/2021/TT-BTC hiện nay đã hết hiệu lực và đã được thay thế bằng Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Theo đó, tại khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về quy trình kiểm tra tại trụ sở cơ qua thuế hiện nay như sau:

(1) Cơ quan thuế thực hiện rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao về thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế mà có dấu hiệu khai sai, không chính xác cần làm rõ liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 1) theo mẫu số 01/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC về việc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua dịch vụ bưu chính;

(2) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm thì cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2 theo mẫu số 02/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC về việc người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, bổ sung thêm thông tin, tài liệu. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;

(3) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu được lưu cùng hồ sơ thuế;

(4) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ thuế trước khi giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; Tờ khai bổ sung, hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế;

(5) Hết thời hạn theo thông báo lần 2 của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro;

(6) Kết thúc việc rà soát nội dung giải trình, cơ quan thuế lập Biên bản làm việc theo mẫu số 03/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này;

(7) Trường hợp qua rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế và thông tin, tài liệu giải trình (lần 1, lần 2) của người nộp thuế mà có đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm, nội dung vi phạm, số tiền dự kiến truy thu và xử lý vi phạm thì cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế theo mẫu số 04/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp cần bổ sung thêm thông tin, tài liệu làm căn cứ xử lý vi phạm, cơ quan thuế yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung, phạm vi kiểm tra đã xác định có rủi ro vi phạm nêu trên.

Lưu ý: Trình tự, thủ tục kiểm tra theo Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thực hiện theo khoản 7 Điều 88 Thông tư này. Thời hạn kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, Đoàn kiểm tra và người nộp thuế ký Biên bản kiểm tra theo mẫu số 05/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Quy trình kiểm tra, phân loại hồ sơ thuế theo Thông tư 80/2021/TT-BTC?

(hình ảnh từ Internet)

Kết quả kiểm tra quy trình thuế được xử lý thế nào?

Căn cứ khoản 4 Điều 71 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định như sau:

Kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế

...

4. Xử lý kết quả kiểm tra

a) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế.

b) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 2) theo mẫu số 03/KTT về việc người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc tự giác khai bổ sung hồ sơ khai thuế và người nộp thuế tự chịu trách nhiệm đối với nội dung khai bổ sung. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lần đối với mỗi cuộc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.

c) Hết thời hạn theo thông báo (lần 2) của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

d) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu (lần 2) mà cơ quan thuế đủ căn cứ xác định hành vi vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế lập biên bản vi phạm hành chính, xử lý theo quy định.

Chính vì vậy, sau khi người nộp thuế đã giải trình và bổ sung thông tin cho cơ quan thuế nếu được cơ quan thuế chấp thuận thì hồ sơ giải trình sẽ lưu cùng hồ sơ thuế.

Trường hợp nếu cơ quan thuế không chấp thuận việc giải trình thì người nộp thuế tiếp tục thực hiện giải trình lần 2.

Lưu ý: thời hạn giải trình cho người nộp thuế là 10 ngày làm việc kể từ khi nhận được thông báo về việc giải trình.

>> Cập nhật mới: Theo điểm g khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về xử lý kết quả kiểm tra thuế như sau:

(1) Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo kết quả kiểm tra với lãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt. Trường hợp kết quả kiểm tra không xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo mẫu số 17/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC;

(2) Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.

Trình tự, thủ tục và thời hạn ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn, chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt thực hiện hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra thực hiện theo quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật tố tụng hình sự, các văn bản hướng dẫn thi hành và Nghị định của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn.