Không giải trình hồ sơ thuế theo yêu cầu, doanh nghiệp có thể bị ấn định thuế đúng không?

Không giải trình hồ sơ thuế theo yêu cầu, doanh nghiệp có thể bị ấn định thuế đúng không?

Căn cứ theo khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 2025 quy định các trường hợp ấn định thuế như sau:

Ấn định thuế

...

2. Các trường hợp ấn định thuế của cơ quan thuế:

a) Không đăng ký thuế; không khai thuế; không nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế hoặc khai thuế không đầy đủ, trung thực, chính xác về căn cứ tính thuế;

b) Hồ sơ khai thuế đã nộp nhưng không xác định được các yếu tố làm cơ sở xác định căn cứ tính thuế hoặc có xác định được các yếu tố làm cơ sở xác định căn cứ tính thuế nhưng không tự tính được số tiền thuế phải nộp;

c) Không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ, trung thực, chính xác số liệu trên sổ kế toán để xác định nghĩa vụ nộp thuế;

d) Không xuất trình sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu cần thiết liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp trong thời hạn quy định;

đ) Không chấp hành quyết định kiểm tra thuế theo quy định;

...

Đồng thời, căn cứ theo khoản 3 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định về kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế như sau:

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

...

3. Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế:

a) Cơ quan thuế thực hiện rà soát, đối chiếu, so sánh, phân tích hồ sơ thuế có rủi ro cao về thuế với cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, quy định pháp luật về thuế mà có dấu hiệu khai sai, không chính xác cần làm rõ liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, số tiền thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì cơ quan thuế ban hành thông báo (lần 1) theo mẫu số 01/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này về việc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo về việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, người nộp thuế phải giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Việc giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có thể được thực hiện trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc theo phương thức làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử hoặc gửi văn bản giải trình qua dịch vụ bưu chính;

b) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh nội dung khai thuế là chính xác hoặc có những nội dung cần làm rõ thêm thì cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2 theo mẫu số 02/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này về việc người nộp thuế có thể tiếp tục giải trình, bổ sung thêm thông tin, tài liệu. Thời hạn giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ khai thuế là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2. Cơ quan thuế thông báo người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế được kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;

c) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu được lưu cùng hồ sơ thuế;

d) Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ thuế trước khi giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (lần 1 hoặc lần 2) mà chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận; Tờ khai bổ sung, hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin được lưu cùng hồ sơ thuế;

đ) Hết thời hạn theo thông báo lần 2 của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định; trong trường hợp không đủ căn cứ ấn định số thuế phải nộp, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro;

...

Theo quy định trên, doanh nghiệp có thể bị cơ quan thuế ấn định thuế nếu không thực hiện giải trình, bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu và đáp ứng điều kiện để ấn định thuế theo quy định. Cụ thể, quá trình như sau:

- Bước 1: Cơ quan thuế yêu cầu giải trình: Khi rà soát hồ sơ thuế có rủi ro cao và phát hiện dấu hiệu khai sai, không chính xác liên quan đến số tiền thuế phải nộp, được miễn, giảm, hoàn hoặc còn được khấu trừ, cơ quan thuế ban hành thông báo lần 1 yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Người nộp thuế có 10 ngày làm việc để thực hiện.

- Bước 2: Có thể giải trình lần 2: Nếu đã giải trình, bổ sung nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh số thuế đã khai là đúng hoặc còn nội dung cần làm rõ, cơ quan thuế ban hành thông báo lần 2.

Người nộp thuế tiếp tục có 10 ngày làm việc để giải trình, cung cấp thêm tài liệu hoặc khai bổ sung hồ sơ thuế. Cơ quan thuế yêu cầu giải trình, bổ sung không quá 02 lần đối với mỗi hồ sơ khai thuế.

- Bước 3: Không giải trình hoặc không chứng minh được số thuế đã khai: Hết thời hạn theo thông báo lần 2 mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc đã giải trình, khai bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, thì cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp nếu có đủ căn cứ ấn định.

Trường hợp không đủ căn cứ để ấn định số thuế, cơ quan thuế có thể ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hoặc làm cơ sở xây dựng kế hoạch kiểm tra theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Như vậy, việc ấn định được thực hiện khi hết thời hạn giải trình theo thông báo lần 2 và cơ quan thuế có đủ căn cứ để ấn định theo quy định.

Đồng thời, việc không nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế là một trong các trường hợp cơ quan thuế được ấn định thuế.

Không giải trình hồ sơ thuế theo yêu cầu, doanh nghiệp có thể bị ấn định thuế đúng không? (Hình từ Internet)

Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở hộ người nộp thuế là bao lâu?

Căn cứ khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 quy định về kiểm tra thuế như sau:

Kiểm tra thuế

...

3. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:

...

d) Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày. Thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày. Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.

...

Bên cạnh đó, ngày 14/08/2026, Cục Thuế đã có Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026 về Quy trình kiểm tra thuế. Tại khoản 2 Điều 27 Quyết định 1161/QĐ-CT năm 2026 quy định cụ thể thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh như sau:

Kiểm tra tại trụ sở Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh

...

2. Thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

a) Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra khi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn ghi trong Quyết định kiểm tra thuế.

e) Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.

b) Căn cứ phân công công việc của trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện các công việc theo phân công của trưởng đoàn kiểm tra. Căn cứ phân công công việc của từng thành viên đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra được quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế không có trên hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành thuế. Thành viên đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra, đối chiếu các nội dung đã phân tích, đánh giá rủi ro và các nội dung thuộc phạm vi Quyết định kiểm tra với các hồ sơ tài liệu thu thập khi kiểm tra.

...

Như vậy, căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thì thời hạn kiểm tra là 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra. Trường hợp cần thiết có thể gia hạn 1 lần nhưng không quá 20 ngày.

Khi nào người nộp thuế bị kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan thuế theo?

Căn cứ khoản 2 Điều 87 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định các trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế như sau:

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

1. Nguyên tắc kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế.

2. Người nộp thuế có hồ sơ thuế được phân loại rủi ro cao thuộc trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, trừ trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin để phân loại hồ sơ thuế và lập danh sách người nộp thuế có hồ sơ thuế rủi ro cao để kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế và thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều này.

...

Như vậy, người nộp thuế bị kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế khi được phân loại rủi ro cao, trừ các trường hợp sau đây:

(1) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế;

(2) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế;

(3) Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế;

(4) Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề;

(5) Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền;

(6) Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh;

(7) Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025;

(8) Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế;

(9) Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.